Flux de travail simplifié pour un séquençage à ultra-haut débit
Le kit de préparation de banque FlexPrepTM UHT de Twist offre une alternative NGS aux technologies traditionnelles basées sur des microréseaux pour les études de population, l’agrigénomique et d’autres applications à ultra-haut débit. En combinant la technologie Normalization by LigationTM (NBL) de Twist avec des méthodes de fragmentation enzymatique, le kit permet une normalisation intégrée des échantillons pour une large gamme d’entrées d’ADN, réduisant ainsi le coût et la complexité des étapes de traitement des échantillons types. Le codage précoce des échantillons par codes-barres permet un regroupement en aval de 12 échantillons distincts dans une même réaction pour un flux de travail plus fluide et efficace.
Découvrez l’approche de Twist vis-à-vis du séquençage ultra-haut débit
Réservé à l’utilisation dans le cadre de la recherche. Ne pas utiliser dans les procédures diagnostiques ou cliniques.
*sur la base d’un flux de travail 8 puits à 96 puits
Consultez les spécifications et les données du produit derrière notre kit de préparation de banque à débit le plus élevé.
Découvrez comment FlexPrep permet le génotypage humain à haut débit et en quoi il est comparable aux matrices.
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Découvrez les résultats d’une comparaison entre un panel de capture Twist combiné à FlexPrep et un réseau bovin de 70 000 dans notre note d’application.
FAQ
Flux de travail simplifié pour un séquençage à ultra-haut débit
Le kit de préparation de banque FlexPrepTM UHT de Twist offre une alternative NGS aux technologies traditionnelles basées sur des microréseaux pour les études de population, l’agrigénomique et d’autres applications à ultra-haut débit. En combinant la technologie Normalization by LigationTM (NBL) de Twist avec des méthodes de fragmentation enzymatique, le kit permet une normalisation intégrée des échantillons pour une large gamme d’entrées d’ADN, réduisant ainsi le coût et la complexité des étapes de traitement des échantillons types. Le codage précoce des échantillons par codes-barres permet un regroupement en aval de 12 échantillons distincts dans une même réaction pour un flux de travail plus fluide et efficace.
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Réservé à l’utilisation dans le cadre de la recherche. Ne pas utiliser dans les procédures diagnostiques ou cliniques.
*sur la base d’un flux de travail 8 puits à 96 puits
FAQ
Le Kit de préparation de banque Twist FlexPrepTM UHT adopte une nouvelle approche de Normalization by LigationTM qui élimine la nécessité d’une quantification des échantillons préalable et intermédiaire, fluidifiant ainsi votre flux de travail de séquençage.
Les réactions de fragmentation et de ligature sont préparées dans un puits par échantillon. Les adaptateurs utilisés lors de la ligature contiennent des codes-barres en ligne permettant de regrouper tous les 12 puits sur une ligne d’une plaque de 96 puits. Les pools individuels sont préparés avec des indices (UDI) ajoutés par PCR pour un démultiplexage au niveau du pool. Le débit de séquençage peut être optimisé en traitant jusqu’à 1 152 échantillons en un seul cycle de séquençage à partir d’un même kit FlexPrep. Ce surcroît d’efficacité peut donner lieu à des économies en termes de coûts et de consommables.
Normalisation de la profondeur de lecture NGS avec une entrée de masse d’ADN variable. Le pourcentage du nombre total de lectures identifiées pour chaque banque est calculé après un démultiplexage unique à index double et codes-barres en ligne. La moyenne avec normalisation parfaite est estimée à 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT génère des banques hautement complexes présentant une couverture uniforme après enrichissement ciblé. En association avec les panels personnalisés de Twist, FlexPrep propose une couverture ajustable pour les SNP, les k-mers, les variants structurels ainsi que d’autres domaines d’intérêt génomiques. Du matériel enrichi a été sous-échantillonné pour une moyenne de couverture de 75x. Les paramètres d’enrichissement ciblé de Picard sont indiqués.
Enrichissement ciblé à l’aide d’un 96-plexEntrée de masse d’ADNg de 30 ng à 300 ng dans la préparation de banque |
|
Paramètres pour une couverture cible brute de 75x |
Moyenne +/- écart type |
Bases sélectionnéesCouverture moyenne de la cibleChimèresPénalité de base Fold-80Bases couvertes à 10XBases couvertes à 20XBases couvertes à 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
*Méthode utilisée : 96 banques ont été préparées avec de l’ADN génomique (ADNg) humain (NA12878) grâce au Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT et au protocole d’enrichissement ciblé FlexPrep par 96-plex avec un panel personnalisé de 800 kb avant séquençage sur le système Illumina NextSeq 550. Huit pools de banque de 12 échantillons chacun ont été générés avec une entrée de masse variable comprise entre 30 ng et 300 ng dans chaque pool de banque. **Kits standards basés sur des flux de travail utilisant une fragmentation enzymatique avant ligature et PCR. ***Tous tableaux, figures et graphiques selon les données internes de Twist de septembre 2024. Aux fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans les procédures diagnostiques ou cliniques.
Le Kit de préparation de banque Twist FlexPrepTM UHT adopte une nouvelle approche de Normalization by LigationTM qui élimine la nécessité d’une quantification des échantillons préalable et intermédiaire, fluidifiant ainsi votre flux de travail de séquençage.
Les réactions de fragmentation et de ligature sont préparées dans un puits par échantillon. Les adaptateurs utilisés lors de la ligature contiennent des codes-barres en ligne permettant de regrouper tous les 12 puits sur une ligne d’une plaque de 96 puits. Les pools individuels sont préparés avec des indices (UDI) ajoutés par PCR pour un démultiplexage au niveau du pool. Le débit de séquençage peut être optimisé en traitant jusqu’à 1 152 échantillons en un seul cycle de séquençage à partir d’un même kit FlexPrep. Ce surcroît d’efficacité peut donner lieu à des économies en termes de coûts et de consommables.
Normalisation de la profondeur de lecture NGS avec une entrée de masse d’ADN variable. Le pourcentage du nombre total de lectures identifiées pour chaque banque est calculé après un démultiplexage unique à index double et codes-barres en ligne. La moyenne avec normalisation parfaite est estimée à 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT génère des banques hautement complexes présentant une couverture uniforme après enrichissement ciblé. En association avec les panels personnalisés de Twist, FlexPrep propose une couverture ajustable pour les SNP, les k-mers, les variants structurels ainsi que d’autres domaines d’intérêt génomiques. Du matériel enrichi a été sous-échantillonné pour une moyenne de couverture de 75x. Les paramètres d’enrichissement ciblé de Picard sont indiqués.
Enrichissement ciblé à l’aide d’un 96-plexEntrée de masse d’ADNg de 30 ng à 300 ng dans la préparation de banque |
|
Paramètres pour une couverture cible brute de 75x |
Moyenne +/- écart type |
Bases sélectionnéesCouverture moyenne de la cibleChimèresPénalité de base Fold-80Bases couvertes à 10XBases couvertes à 20XBases couvertes à 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
*Méthode utilisée : 96 banques ont été préparées avec de l’ADN génomique (ADNg) humain (NA12878) grâce au Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT et au protocole d’enrichissement ciblé FlexPrep par 96-plex avec un panel personnalisé de 800 kb avant séquençage sur le système Illumina NextSeq 550. Huit pools de banque de 12 échantillons chacun ont été générés avec une entrée de masse variable comprise entre 30 ng et 300 ng dans chaque pool de banque. **Kits standards basés sur des flux de travail utilisant une fragmentation enzymatique avant ligature et PCR. ***Tous tableaux, figures et graphiques selon les données internes de Twist de septembre 2024. Aux fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans les procédures diagnostiques ou cliniques.
FlexPrep pour la génomique des populations humaines
Capable de traiter de grandes cohortes de manière efficace et rentable, FlexPrep est conçu pour répondre aux besoins uniques des études d’association pangénomique (GWAS), de la recherche sur la diversité génétique et d’autres projets génomiques à haut débit.
Bien que de nombreux programmes PopGen aient facilement adopté les technologies NGS, de nouveaux outils comme FlexPrep maximisent les capacités de débit accrues des plates-formes de séquençage actuelles, réduisant ainsi le coût par point de données.
Avantages du NGS (séquençage nouvelle génération) par rapport aux plateformes traditionnelles pour les études de sélection de variants
| Séquençage de nouvelle génération (NGS) avec FlexPrep | La norme du séquençage nouvelle génération (NGS) | |
|---|---|---|
| Débit | Jusqu’à 1 152 échantillons dans une seule séquence ; prend en charge l’enrichissement 96 plex | Traite généralement une banque par puits avec un multiplexage limité |
| Complexité du flux de travail | La normalisation par ligature permet l’entrée d’ADN de 30 à 300 ng – aucune normalisation requise | Des étapes plus préliminaires et intermédiaires, notamment la quantification et la normalisation |
| Utilisation des consommables | La mise en commun des échantillons réduit de 12 fois l’utilisation des pointes et des réactifs. | L’utilisation accrue de pointes et de réactifs entraîne une augmentation des déchets et des coûts. |
Séquençage
Element Biosciences
En s’appuyant sur le kit d’hybridation Trinity Freestyle™, FlexPrep maximise les capacités de débit des séquenceurs Element. Ce flux de travail combine les gains de temps du flux de travail simple de FlexPrep avec les délais plus rapides de la chimie d’enrichissement Trinity sur séquenceur.
Enrichissement ciblé
Panel de génotypage humain 600k de Twist
Panel de génotypage - Génotypage humain 600k de Twist atteint une concordance élevée avec les données de l’array. Concordance de non-référence (Non-Reference Concordance, NRC) à l’échelle du génome obtenue après imputation de toutes les données (séquençage ou réseaux) au panel de référence d’imputation Gencove v6.1.
Analyse
Gencove
Pour rationaliser les études de génomique de la population humaine, Twist s’est associée à Gencove. Associez le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ aux puissants outils d’analyse de Gencove pour bénéficier d’un appel de variants hautement fiable grâce à une couverture de séquençage réduite. Vous bénéficiez ainsi d’une efficacité et d’un débit optimisés, ce qui vous permet de générer des informations précieuses à partir des données de génotypage, avec une précision exceptionnelle et des coûts de séquençage réduits.
Consultez les spécifications et les données du produit derrière notre kit de préparation de banque à débit le plus élevé.
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FlexPrep pour la génomique des populations humaines
Capable de traiter de grandes cohortes de manière efficace et rentable, FlexPrep est conçu pour répondre aux besoins uniques des études d’association pangénomique (GWAS), de la recherche sur la diversité génétique et d’autres projets génomiques à haut débit.
Bien que de nombreux programmes PopGen aient facilement adopté les technologies NGS, de nouveaux outils comme FlexPrep maximisent les capacités de débit accrues des plates-formes de séquençage actuelles, réduisant ainsi le coût par point de données.
Avantages du NGS (séquençage nouvelle génération) par rapport aux plateformes traditionnelles pour les études de sélection de variants
| Séquençage de nouvelle génération (NGS) avec FlexPrep | La norme du séquençage nouvelle génération (NGS) | |
|---|---|---|
| Débit | Jusqu’à 1 152 échantillons dans une seule séquence ; prend en charge l’enrichissement 96 plex | Traite généralement une banque par puits avec un multiplexage limité |
| Complexité du flux de travail | La normalisation par ligature permet l’entrée d’ADN de 30 à 300 ng – aucune normalisation requise | Des étapes plus préliminaires et intermédiaires, notamment la quantification et la normalisation |
| Utilisation des consommables | La mise en commun des échantillons réduit de 12 fois l’utilisation des pointes et des réactifs. | L’utilisation accrue de pointes et de réactifs entraîne une augmentation des déchets et des coûts. |
Séquençage
Element Biosciences
En s’appuyant sur le kit d’hybridation Trinity Freestyle™, FlexPrep maximise les capacités de débit des séquenceurs Element. Ce flux de travail combine les gains de temps du flux de travail simple de FlexPrep avec les délais plus rapides de la chimie d’enrichissement Trinity sur séquenceur.
Enrichissement ciblé
Panel de génotypage humain 600k de Twist
Panel de génotypage - Génotypage humain 600k de Twist atteint une concordance élevée avec les données de l’array. Concordance de non-référence (Non-Reference Concordance, NRC) à l’échelle du génome obtenue après imputation de toutes les données (séquençage ou réseaux) au panel de référence d’imputation Gencove v6.1.
Analyse
Gencove
Pour rationaliser les études de génomique de la population humaine, Twist s’est associée à Gencove. Associez le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ aux puissants outils d’analyse de Gencove pour bénéficier d’un appel de variants hautement fiable grâce à une couverture de séquençage réduite. Vous bénéficiez ainsi d’une efficacité et d’un débit optimisés, ce qui vous permet de générer des informations précieuses à partir des données de génotypage, avec une précision exceptionnelle et des coûts de séquençage réduits.
Consultez les spécifications et les données du produit derrière notre kit de préparation de banque à débit le plus élevé.
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FlexPrep pour l’agrigénomique
Contrairement aux micropuces traditionnellement utilisées pour les études d’agrigénomique, FlexPrep bénéficie d’un coût faible, d’un contenu flexible et de capacités de débit élevé qui permettent une plate-forme unique pour le génotypage, la découverte de marqueurs et la cartographie fine. Par rapport à la préparation de banque standard, les améliorations du flux de travail telles que l’auto-normalisation sur tous les types d’échantillons permettent à FlexPrep de s’attaquer à de grands projets agrigénomiques tels que la sélection de précision, la sélection génomique et les tests de parenté.
Avantages des NGS par rapport aux plateformes traditionnelles pour l’agrigénomique
| Séquençage de nouvelle génération (NGS) avec FlexPrep | Puces à ADN | |
|---|---|---|
| Exhaustivité des données | Résolution complète des paires de bases sur le génome ou dans des régions sélectionnées | Limitée aux variantes présélectionnées ; peu adaptée à la détection de nouvelles variantes. |
| Personnalisation du contenu | Des panels faciles à personnaliser avec un délai d’exécution court : ciblez n’importe quel gène, région ou espèce. | Le contenu est fixe ou semi-personnalisé ; les modifications nécessitent une refonte et une nouvelle fabrication |
| Coût et rendement | Coût par échantillon inférieur à grande échelle grâce au multiplexage (jusqu’à 1152 échantillons par séquençage) | Les coûts sont mal adaptés aux programmes de grande envergure ou à plusieurs espèces. |
Twist Workflow pour l'agronomie
Extraction
Kit de purification d’ADN Twist
Le module et kit de purification de l’ADN Twist simplifie la préparation des échantillons en intégrant directement les échantillons difficiles et « sales » dans la préparation de banque FlexPrep. Conçu à partir d’une chimie d’extraction innovante en un seul lavage, le kit élimine le cycle traditionnel de liaison-lavage-élution, ce qui rend la manipulation plus rapide, réduit l’utilisation de consommables et simplifie le flux de travail.
Vendu sous forme de flux de travail groupé avec FlexPrep, le kit Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP simplifie l’extraction de l’ADN sans compromettre la qualité.
Séquençage
Element Biosciences
En s’appuyant sur le kit d’hybridation Trinity Freestyle™, FlexPrep maximise les capacités de débit des séquenceurs Element. Ce flux de travail combine les gains de temps du flux de travail simple de FlexPrep avec les délais plus rapides de la chimie d’enrichissement sur séquenceur que Trinity a rendus possibles.
Analyse
Curio Genomics
Développez vos recherches en agrigénomique avec le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ pour le séquençage à faible couverture et Curio Genomics pour des analyses rationalisées. La préparation de banque flexible de Twist s’intègre parfaitement à la plate-forme de Curio Genomics, qui assure un traitement à haut débit et une imputation efficace pour un génotypage rentable sur de grandes populations.
Gencove
Associez le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ aux puissants outils d’analyse de Gencove pour bénéficier d’un appel de variants hautement fiable grâce à une couverture de séquençage réduite. Vous bénéficiez ainsi d’une efficacité et d’un débit optimisés, ce qui vous permet de générer des informations précieuses à partir des données de génotypage, avec une précision exceptionnelle et des coûts de séquençage réduits.
Rationalisez la préparation des échantillons et traitez vos échantillons sales grâce à un flux de travail d’extraction et de préparation de banque transparent.
Découvrez comment FlexPrep permet le génotypage humain à haut débit et en quoi il est comparable aux matrices.
Découvrez les résultats d’une comparaison entre un panel de capture Twist combiné à FlexPrep et un réseau bovin de 70 000 dans notre note d’application.
FlexPrep pour l’agrigénomique
Contrairement aux micropuces traditionnellement utilisées pour les études d’agrigénomique, FlexPrep bénéficie d’un coût faible, d’un contenu flexible et de capacités de débit élevé qui permettent une plate-forme unique pour le génotypage, la découverte de marqueurs et la cartographie fine. Par rapport à la préparation de banque standard, les améliorations du flux de travail telles que l’auto-normalisation sur tous les types d’échantillons permettent à FlexPrep de s’attaquer à de grands projets agrigénomiques tels que la sélection de précision, la sélection génomique et les tests de parenté.
Avantages des NGS par rapport aux plateformes traditionnelles pour l’agrigénomique
| Séquençage de nouvelle génération (NGS) avec FlexPrep | Puces à ADN | |
|---|---|---|
| Exhaustivité des données | Résolution complète des paires de bases sur le génome ou dans des régions sélectionnées | Limitée aux variantes présélectionnées ; peu adaptée à la détection de nouvelles variantes. |
| Personnalisation du contenu | Des panels faciles à personnaliser avec un délai d’exécution court : ciblez n’importe quel gène, région ou espèce. | Le contenu est fixe ou semi-personnalisé ; les modifications nécessitent une refonte et une nouvelle fabrication |
| Coût et rendement | Coût par échantillon inférieur à grande échelle grâce au multiplexage (jusqu’à 1152 échantillons par séquençage) | Les coûts sont mal adaptés aux programmes de grande envergure ou à plusieurs espèces. |
Twist Workflow pour l'agronomie
Extraction
Kit de purification d’ADN Twist
Le module et kit de purification de l’ADN Twist simplifie la préparation des échantillons en intégrant directement les échantillons difficiles et « sales » dans la préparation de banque FlexPrep. Conçu à partir d’une chimie d’extraction innovante en un seul lavage, le kit élimine le cycle traditionnel de liaison-lavage-élution, ce qui rend la manipulation plus rapide, réduit l’utilisation de consommables et simplifie le flux de travail.
Vendu sous forme de flux de travail groupé avec FlexPrep, le kit Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP simplifie l’extraction de l’ADN sans compromettre la qualité.
Séquençage
Element Biosciences
En s’appuyant sur le kit d’hybridation Trinity Freestyle™, FlexPrep maximise les capacités de débit des séquenceurs Element. Ce flux de travail combine les gains de temps du flux de travail simple de FlexPrep avec les délais plus rapides de la chimie d’enrichissement sur séquenceur que Trinity a rendus possibles.
Analyse
Curio Genomics
Développez vos recherches en agrigénomique avec le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ pour le séquençage à faible couverture et Curio Genomics pour des analyses rationalisées. La préparation de banque flexible de Twist s’intègre parfaitement à la plate-forme de Curio Genomics, qui assure un traitement à haut débit et une imputation efficace pour un génotypage rentable sur de grandes populations.
Gencove
Associez le kit de préparation de banque UHT FlexPrep™ aux puissants outils d’analyse de Gencove pour bénéficier d’un appel de variants hautement fiable grâce à une couverture de séquençage réduite. Vous bénéficiez ainsi d’une efficacité et d’un débit optimisés, ce qui vous permet de générer des informations précieuses à partir des données de génotypage, avec une précision exceptionnelle et des coûts de séquençage réduits.
Rationalisez la préparation des échantillons et traitez vos échantillons sales grâce à un flux de travail d’extraction et de préparation de banque transparent.
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Fiche produit
Webinaire
Webinaire
Une plate-forme pangénomique rentable pour l’imputation du génotype, la cartographie des QTL et le support d’élevage
Note d’application
Note d’application
Génotypage agrigénomique complet et rentable sur de grandes populations reproductrices
Note d’application
Génotypage d’échantillons bovins préparés avec les flux de travail de préparation de banque et d’enrichissement ciblé Twist FlexPrep™
Note d’application
Flux de travail UHT Twist FlexPrep automatisé sur la station de travail Revvity Sciclone G3 NGSx
Note d’application
Multiplexage ultra-haute capacité avec le flux de travail UHT Twist FlexPrep automatisé sur Hamilton NGS STAR
Guide/conseils
Guide/conseils
Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT : Guide de démultiplexage des échantillons
Protocole
Protocole
Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT avec fragmentation enzymatique et Twist UDI Primers
Document technique
Document technique
Fiche d’information : kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT
Affiche
Affiche
Génotypage d’échantillons de tissus animaux et végétaux à l’aide d’une préparation de banque NGS à haut débit avec extraction simplifiée
Affiche
Développement d’un système de capture hybride optimisé pour l’enrichissement ciblé des échantillons bovins
Affiche
Génotypage d’échantillons de tissus bovins à l’aide d’un flux de travail de préparation de banque NGS multiplexée à haut débit
Vidéos
Vidéos
Résolution des problèmes avec Twist : les bonnes pratiques pour la préparation de banque FlexPrep UHT
Article
Webinaire
Une plate-forme pangénomique rentable pour l’imputation du génotype, la cartographie des QTL et le support d’élevage
Guide/conseils
Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT : Guide de démultiplexage des échantillons
Protocole
Kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT avec fragmentation enzymatique et Twist UDI Primers
Document technique
Fiche d’information : kit de préparation de banque Twist FlexPrep UHT
Affiche
Génotypage d’échantillons de tissus animaux et végétaux à l’aide d’une préparation de banque NGS à haut débit avec extraction simplifiée
Affiche
Développement d’un système de capture hybride optimisé pour l’enrichissement ciblé des échantillons bovins
Affiche
Génotypage d’échantillons de tissus bovins à l’aide d’un flux de travail de préparation de banque NGS multiplexée à haut débit
Note d’application
Génotypage agrigénomique complet et rentable sur de grandes populations reproductrices
Vidéos
Résolution des problèmes avec Twist : les bonnes pratiques pour la préparation de banque FlexPrep UHT
Note d’application
Génotypage d’échantillons bovins préparés avec les flux de travail de préparation de banque et d’enrichissement ciblé Twist FlexPrep™
Note d’application
Flux de travail UHT Twist FlexPrep automatisé sur la station de travail Revvity Sciclone G3 NGSx
Note d’application
Multiplexage ultra-haute capacité avec le flux de travail UHT Twist FlexPrep automatisé sur Hamilton NGS STAR
