Ici nous nous sommes efforcés de relever les défis liés à l’analyse de méthylation par séquençage ciblée en exploitant la haute qualité de la synthèse d’olioligonucléotides, des solutions de capture et des méthodes reposant sur les données de Twist qui ont permis la création de panels hautement uniformes. À l’aide du tout nouvel algorithme de conception de référence spécifique à la méthylation et du protocole d’analyse de méthylation par séquençage ciblé de Twist, nous démontrons les mesures de haute performance de panels de différentes tailles. Nous nous appuyons sur les données et les leçons tirées des résultats pour mettre en œuvre des capacités de conception par défaut présentant différents niveaux de rigueur. Si les réseaux sont toujours largement utilisés dans la détection de méthylation, les panels d’enrichissement ciblé de haute qualité constituent une alternative intéressante aux conceptions avec réseaux statiques pour explorer des cibles de méthylation dynamiques ou spécifiques à une cellule, ou des cibles mal comprises trouvées dans des régions non codantes plus insaisissables avec une résolution à paire de bases unique.