Le nouveau RNA Exome panel de Twist utilise une nouvelle stratégie de conception tenant compte des exons pour cibler les isoformes codant pour des protéines connues et permettre la découverte de nouveaux gènes de fusion. Nous avons évalué la performance du panel, en montrant que les abondances relatives des transcrits sont préservées après la capture hybride. Nous avons également amélioré l’efficacité du séquençage et démontré la capacité de capturer de nouvelles variantes structurelles, telles que les fusions d’ARN courantes dans les cancers. Nous discutons de notre approche bio-informatique pour évaluer la performance de capture d’ARN et des défis dans l’analyse des expériences de séquençage de l’ARN.

Dans cet atelier, vous découvrirez des clients qui utilisent la solution optimisée Twist d’analyse de méthylation par séquençage pour étudier les changements épigénétiques chez l’homme. Découvrez comment ils ont conçu et optimisé leurs flux de travail, comment ils explorent les changements épigénétiques en tant que prédicteurs de maladies et pourquoi ils ont choisi les solutions Twist pour leurs recherches.

La maladie résiduelle minime/moléculaire (MRD) désigne un petit nombre de cellules tumorales qui peuvent subsister chez un patient après une intervention thérapeutique. La détection de ces résidus et le suivi de leur nombre constituent un marqueur pronostique prometteur pour identifier les individus présentant un risque de récidive ou nécessitant une thérapie adjuvante. En raison du faible taux d’ADNc présent dans les échantillons obtenus pendant la rémission, la sensibilité des analyses MRD doit être élevée. En outre, chaque individu présentant un ensemble différent de variants somatiques, des solutions personnalisées de détection sont nécessaires. Ainsi, des analyses NGS personnalisées avec une sensibilité et une spécificité élevées sont requises pour le diagnostic MRD. Afin de répondre à ce besoin et évaluer précisément la MRD, Twist a mis au point les panels MRD Rapid 500. Ce produit permet aux clients de concevoir, de fabriquer et d’expédier des panels MRD entièrement personnalisés (jusqu’à 500 cibles) en six jours seulement. Afin de démontrer la sensibilité de détection des panels Rapid 500 MRD de Twist, nous avons conçu cinq panels MRD personnalisés qui ciblent spécifiquement les variants somatiques trouvés dans les cancers du sein, du poumon, du col de l’utérus, du mélanome et du carcinome à cellules rénales. Chacun de ces panels MRD a été conçu pour inclure 197 cibles, avec 3 à 5 variants par origine tissulaire et une sélection de mutations passagères. Les séquences de sondes de chaque panel ont été conçues pour incorporer l’allèle variant dans l’ensemble d’échantillons testés. Pour créer l’ensemble d’échantillons, nous avons mélangé des séquences de variants synthétiques avec de l’ADNg fragmenté de la lignée cellulaire (NA12878) pour former un spécimen artificiel qui se rapproche du profil de l’ADN tumoral acellulaire circulant. Cinq niveaux de fréquence ont été créés avec des fréquences moyennes d’allèles variants (VAF) de 0 % (WT), 0,01 %, 0,05 %, 0,1 % et 2 %. Libraries were prepared with UMI adapters and target enrichment was performed using the MRD panels.    With a sequencing depth of 80,000x, variant calling results revealed that an average of 20 SNV targets can be detected with confidence in the 0.01% VAF samples for each MRD panel, clearly distinguishable from the WT control samples. En plus de démontrer la précision de l’appel de variants en ciblant l’allèle alternatif, nous montrons l’utilité de cibler un grand nombre de variants pour la détection d’une signature de MRD à des niveaux très bas (par exemple, 0,01 % de VAF).   En résumé, les panels MRD Rapid 500 de Twist ont montré une détection à haute sensibilité de mutations somatiques à très basse fréquence.