コドン最適化

野生型タンパク質の発現を維持するために：

• レアコドン（コドン頻度が 8% 未満のもの）の使用は避けます。
• 得られた配列の最初の 48 塩基対に強いヘアピン構造（ΔG < －8）がないことを確認します。
• 含まないように依頼された酵素切断部位がないか、二本鎖の両方を確認します。
• 強いシグマ 70 結合部位を作らないようにすることで、発現配列の内部にプロモーター配列を導入することを避けます。
• リボソームと強く結合する部位となる配列（GGAGG や TAAGGAG）は避けます。
• ターミネーター配列（TTTTT や AAAAA）となる配列は避けます。

遺伝子合成の成功率を高めるために：

• 20 塩基対より長い反復配列は導入しない。
• 10 塩基以上のホモポリマー配列を避ける。
• 全体的な GC 含量が 25% 未満または 65% 超、局所領域（50 bp）の GC 含量が 35% 未満または 65% 超になるような配列を避ける。

なお、コドン最適化は合成の成功率を上げることに有効であり、タンパク質の発現向上には有効ではありません。

現在のところ「Impossible」と判定された遺伝子の合成はできません。当社のアルゴリズムが遺伝子を「Impossible」と判定する要因はいくつかあり、遺伝子配列ごとに特定のパラメータが用いられています。当社のアルゴリズムは、機械学習を用いて開発された独自のものです。機械学習に加えて、当社のアルゴリズムは以下の要素も考慮します。

• GC 含量（25 ～ 65%）
• 最大ホモポリマー長（< 10 塩基対）
• 低い相同性

上記を組み合わせた結果として、特定の遺伝子配列が「Impossible」と判定されます。

当社ウェブサイト上でのコドン最適化に対応している生物種の一覧：

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

ご希望の生物種が見当たらない場合は、[email protected] までお問い合わせください。

野生型タンパク質の発現を維持するために：

• レアコドン（コドン頻度が 8% 未満のもの）の使用は避けます。
• 得られた配列の最初の 48 塩基対に強いヘアピン構造（ΔG < －8）がないことを確認します。
• 含まないように依頼された酵素切断部位がないか、二本鎖の両方を確認します。
• 強いシグマ 70 結合部位を作らないようにすることで、発現配列の内部にプロモーター配列を導入することを避けます。
• リボソームと強く結合する部位となる配列（GGAGG や TAAGGAG）は避けます。
• ターミネーター配列（TTTTT や AAAAA）となる配列は避けます。

遺伝子合成の成功率を高めるために：

• 20 塩基対より長い反復配列は導入しない。
• 10 塩基以上のホモポリマー配列を避ける。
• 全体的な GC 含量が 25% 未満または 65% 超、局所領域（50 bp）の GC 含量が 35% 未満または 65% 超になるような配列を避ける。

なお、コドン最適化は合成の成功率を上げることに有効であり、タンパク質の発現向上には有効ではありません。

現在のところ「Impossible」と判定された遺伝子の合成はできません。当社のアルゴリズムが遺伝子を「Impossible」と判定する要因はいくつかあり、遺伝子配列ごとに特定のパラメータが用いられています。当社のアルゴリズムは、機械学習を用いて開発された独自のものです。機械学習に加えて、当社のアルゴリズムは以下の要素も考慮します。

• GC 含量（25 ～ 65%）
• 最大ホモポリマー長（< 10 塩基対）
• 低い相同性

上記を組み合わせた結果として、特定の遺伝子配列が「Impossible」と判定されます。

当社ウェブサイト上でのコドン最適化に対応している生物種の一覧：

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

ご希望の生物種が見当たらない場合は、[email protected] までお問い合わせください。