コドン最適化

We have moved beyond simple codon frequency tables. Our new algorithm prioritizes biological expression by focusing on:

• mRNA Stability
• Secondary Structure
• Ribosome Processivity

製造可能性のパラメータをコア最適化から切り離し、主にタンパク質発現に焦点を当てています。しかし、アルゴリズムが製造可能なソリューションを見つけられない場合、極度に複雑な局所領域を自動的に修正しようとします。発現プロファイルへの影響を最小限に抑えながらこれを行います。

Important: 可能な限り最適な DNA 組成になるよう最適化していますが、タンパク質の発現は多因子的で、DNA 配列は、最終的な収量に影響を与える多くの変数の一つに過ぎません。

現在のところ「Impossible」と判定された遺伝子の合成はできません。当社のアルゴリズムが遺伝子を「Impossible」と判定する要因はいくつかあり、遺伝子配列ごとに特定のパラメータが用いられています。当社のアルゴリズムは、機械学習を用いて開発された独自のものです。機械学習に加えて、当社のアルゴリズムは以下の要素も考慮します。

• GC 含量（25 ～ 65%）
• 最大ホモポリマー長（< 10 塩基対）
• 低い相同性

上記を組み合わせた結果として、特定の遺伝子配列が「Impossible」と判定されます。

Twist supports over 150 organisms, including most frequently used organisms such as E. coli, human, CHO, mouse and yeast.