Twist 96-Plex ライブラリ調製キット

本キットは、バッチごとに最大 96 サンプルまで扱えるように構成されています。「A」プレートの空のウェルは、後のバッチのために取っておくことができないので、プレートの充填が不完全である場合、費用対効果が悪くなります。

一度に処理するサンプルが 96 個に満たない場合は、プレートの残りをサンプルレプリカで埋めていただくと、シーケンシング結果に対する信頼性がさらに向上するのでお勧めできます。

本キットは Illuminaのプラットフォームに対応しています。シングルエンドまたはペアエンドのシーケンシングを目的とした、全長 Illuminaアダプター付きの二本鎖ライブラリを調製することができます。現時点では、最終ライブラリに他のシーケンス技術との互換性はありません。

当社の96Plexキットの使用期限は、製造日から1年間となります。

はい。この場合、プレートを識別する6塩基のIllumina small RNA TruSeq i7 indexは読み取れません。インデックスリードを行わないか、“--use-bases-mask”オプションを使用して、6ntインデックスリードを無視します。これにより、全シーケンスランのFASTQが 1 セットとなるはずです。詳しくは、デマルチプレックスガイドをご覧ください。

TruSeqアダプター配列は、Illumina bcl2fastq2/bclconvertプレートレベルのデマルチプレックス中のアダプタートリミングに使用する必要があります。fgbio demuxツールを使用すると、サンプルレベルのデマルチプレックス時に、R1のインラインバーコードとリードの合成ランダムのトリミングが可能になります。

現時点では、ボックスやコンポーネントを個別に購入することはできません。

このキットには、「A」反応時に使用するプライマープレートが２枚含まれています。高 GC プレートには >50% の GC 含量向けに調整されたランダムプライマーが使用され、低 GC プレートには <50% の GC 含量向けに調整されたプライマーが使用されています。それらのプレートのうちどちらかを使用して、または 40 ～ 60% の GC 含量向けにそれらを 1 : 1 の割合で組み合わせて、ワークフローを最適化できます。

現時点ではありません。

ご使用のシーケンシングプラットフォームに推奨される、デフォルトの充填濃度を使用してください。モル比は、Agilent Bioanalyzerからのメインターゲットピークのレンジ分析で決定します。モードピークサイズやデフォルトのモル比推定値ではなく、定量値に基づいて希釈してください。

Twist 96-Plex ライブラリのデマルチプレックスは、標準的なプロセスとは異なります。個々のサンプルのバーコードは、標準のi5位置ではなく、R1の一部として並んでいます。このため、Illuminのbcl2fastq2およびBCLconvertツールは、個々のサンプルバーコードを認識しません。代わりに、シングルi7インデックスに基づいて、デマルチプレックス時にすべてのウェルをシングルプレートレベルのFASTQファイルにまとめます。

このため、96-Plexのユーザーは、2段階のデマルチプレックス処理を行う必要があります。まず、サイクルごとのBCLファイルをプレートレベルのFASTQに変換した後、プレートレベルのFASTQファイルをサンプル固有のFASTQファイルに変換する必要があります。サンプル単位のFASTQを作成するには、オープンソースのソフトウェアであるfgbio DemuxFastqsを使用するようお勧めします。詳しくは、Twistホームページのデマルチプレックスガイドをご覧ください。

The Twist 96-Plex Library Preparation Kit can be found on Twist’s eCommerce site.  In the SARS application, search for either 104951 or 104950; this will bring up the Twist 96-Plex Library Preparation Kit, 4x96 samples ($4,300) or 10x96 samples ($9,600).

本キットには、最大 960 個のシーケンサー対応ライブラリを調製するために必要な試薬がすべて含まれています。ただし、ピペットチップ、マグネットスタンド、EDTA などの一般的な実験器具や試薬はお客様のほうでご用意いただく必要があります。完全なリストはプロトコルに記載されています。

また、デマルチプレックスのための計算リソースをご準備ください。Twist は、サンプルのデマルチプレックスを実行するためのガイドをご提供しています。

2種類のキットサイズ構成を用意しています。

1つ目のキットは960サンプルまで対応し、96ウェルプレート10枚分の反応液が含まれています。このキットは一度に全て使用する必要はありませんが、1回のシーケンスランにつき、最低1枚のプレートを使用することをお勧めします。

Our newest configuration is a 4x96 configuration kit that can do 384 samples. This kit offers the same workflow and per-sample cost benefits as the 10x96 kit, but provides a lower overall price and sample volume that may be more suitable for new customers looking to try out the product or for customers with discrete projects involving less than 960 samples. 

Twistのウェブサイトには、プロダクトシート、プロトコル、デマルチプレックスガイドへのリンクなど、より詳細な製品情報が掲載されています。

はい。ただし、デマルチプレックスは、各ライブラリタイプごとに独立して行う必要があります。具体的な方法については、デマルチプレックスガイドを参照してください。

推奨投入量は50ngで、最終的に約200ngのライブラリを生成できます。このアウトプットは、使用するビーズサイズの選択条件により異なります。インプットには高分子量DNAを推奨します。このキットでは、FFPE などの劣化したサンプルは避けていただくようお勧めします。

96-Plexライブラリ調製プロトコルは、Twistのホームページで入手できます。

インデックスホッピングのメカニズムはアダプターのスワッピングに関連しており、96-Plexライブラリはインラインバーコードを利用していることから、その影響を受ける可能性は低いと思われます。さらに、ライブラリ作成時の最終的なビーズによるサイズ選択ステップでは、最終ライブラリに含まれるフリーアダプターを最小限に抑える必要があります。

本キットは、バッチごとに最大 96 サンプルまで扱えるように構成されています。「A」プレートの空のウェルは、後のバッチのために取っておくことができないので、プレートの充填が不完全である場合、費用対効果が悪くなります。

一度に処理するサンプルが 96 個に満たない場合は、プレートの残りをサンプルレプリカで埋めていただくと、シーケンシング結果に対する信頼性がさらに向上するのでお勧めできます。

本キットは Illuminaのプラットフォームに対応しています。シングルエンドまたはペアエンドのシーケンシングを目的とした、全長 Illuminaアダプター付きの二本鎖ライブラリを調製することができます。現時点では、最終ライブラリに他のシーケンス技術との互換性はありません。

当社の96Plexキットの使用期限は、製造日から1年間となります。

はい。この場合、プレートを識別する6塩基のIllumina small RNA TruSeq i7 indexは読み取れません。インデックスリードを行わないか、“--use-bases-mask”オプションを使用して、6ntインデックスリードを無視します。これにより、全シーケンスランのFASTQが 1 セットとなるはずです。詳しくは、デマルチプレックスガイドをご覧ください。

TruSeqアダプター配列は、Illumina bcl2fastq2/bclconvertプレートレベルのデマルチプレックス中のアダプタートリミングに使用する必要があります。fgbio demuxツールを使用すると、サンプルレベルのデマルチプレックス時に、R1のインラインバーコードとリードの合成ランダムのトリミングが可能になります。

現時点では、ボックスやコンポーネントを個別に購入することはできません。

このキットには、「A」反応時に使用するプライマープレートが２枚含まれています。高 GC プレートには >50% の GC 含量向けに調整されたランダムプライマーが使用され、低 GC プレートには <50% の GC 含量向けに調整されたプライマーが使用されています。それらのプレートのうちどちらかを使用して、または 40 ～ 60% の GC 含量向けにそれらを 1 : 1 の割合で組み合わせて、ワークフローを最適化できます。

現時点ではありません。

ご使用のシーケンシングプラットフォームに推奨される、デフォルトの充填濃度を使用してください。モル比は、Agilent Bioanalyzerからのメインターゲットピークのレンジ分析で決定します。モードピークサイズやデフォルトのモル比推定値ではなく、定量値に基づいて希釈してください。

Twist 96-Plex ライブラリのデマルチプレックスは、標準的なプロセスとは異なります。個々のサンプルのバーコードは、標準のi5位置ではなく、R1の一部として並んでいます。このため、Illuminのbcl2fastq2およびBCLconvertツールは、個々のサンプルバーコードを認識しません。代わりに、シングルi7インデックスに基づいて、デマルチプレックス時にすべてのウェルをシングルプレートレベルのFASTQファイルにまとめます。

このため、96-Plexのユーザーは、2段階のデマルチプレックス処理を行う必要があります。まず、サイクルごとのBCLファイルをプレートレベルのFASTQに変換した後、プレートレベルのFASTQファイルをサンプル固有のFASTQファイルに変換する必要があります。サンプル単位のFASTQを作成するには、オープンソースのソフトウェアであるfgbio DemuxFastqsを使用するようお勧めします。詳しくは、Twistホームページのデマルチプレックスガイドをご覧ください。

The Twist 96-Plex Library Preparation Kit can be found on Twist’s eCommerce site.  In the SARS application, search for either 104951 or 104950; this will bring up the Twist 96-Plex Library Preparation Kit, 4x96 samples ($4,300) or 10x96 samples ($9,600).

本キットには、最大 960 個のシーケンサー対応ライブラリを調製するために必要な試薬がすべて含まれています。ただし、ピペットチップ、マグネットスタンド、EDTA などの一般的な実験器具や試薬はお客様のほうでご用意いただく必要があります。完全なリストはプロトコルに記載されています。

また、デマルチプレックスのための計算リソースをご準備ください。Twist は、サンプルのデマルチプレックスを実行するためのガイドをご提供しています。

2種類のキットサイズ構成を用意しています。

1つ目のキットは960サンプルまで対応し、96ウェルプレート10枚分の反応液が含まれています。このキットは一度に全て使用する必要はありませんが、1回のシーケンスランにつき、最低1枚のプレートを使用することをお勧めします。

Our newest configuration is a 4x96 configuration kit that can do 384 samples. This kit offers the same workflow and per-sample cost benefits as the 10x96 kit, but provides a lower overall price and sample volume that may be more suitable for new customers looking to try out the product or for customers with discrete projects involving less than 960 samples. 

Twistのウェブサイトには、プロダクトシート、プロトコル、デマルチプレックスガイドへのリンクなど、より詳細な製品情報が掲載されています。

はい。ただし、デマルチプレックスは、各ライブラリタイプごとに独立して行う必要があります。具体的な方法については、デマルチプレックスガイドを参照してください。

推奨投入量は50ngで、最終的に約200ngのライブラリを生成できます。このアウトプットは、使用するビーズサイズの選択条件により異なります。インプットには高分子量DNAを推奨します。このキットでは、FFPE などの劣化したサンプルは避けていただくようお勧めします。

96-Plexライブラリ調製プロトコルは、Twistのホームページで入手できます。

インデックスホッピングのメカニズムはアダプターのスワッピングに関連しており、96-Plexライブラリはインラインバーコードを利用していることから、その影響を受ける可能性は低いと思われます。さらに、ライブラリ作成時の最終的なビーズによるサイズ選択ステップでは、最終ライブラリに含まれるフリーアダプターを最小限に抑える必要があります。