カスタムパネル提出ツール

カスタムパネル作成に必要な情報を入力・提出することで、ハイブリダイゼーションベースのターゲットエンリッチメント用のカスタムパネルを作成できます。遺伝子シンボル、ゲノム座標、SNPなど、プローブに用いることが可能な配列を対象とした設計をサポートします。

お客様の設計について質問がある場合に当社チームからご連絡できるよう、連絡先をご入力ください。入力が完了したら「Submit（提出）」をクリックして、設計のリクエストを当社チームにお送りください。

プローブ配列を FASTA 形式で直接入力し、すべてのプローブが 80 ～ 120 bp の範囲内で同じ鎖長になっていることをご確認ください。

極端な GC 含量や偽遺伝子の存在などによってキャプチャが難しいことがわかっているターゲットは、タイリングを増やすことでメリットが得られる可能性があります。そうしたターゲットに対しては、4X のタイリングをご指定ください。

テンプレート（見本）ファイルをダウンロードし、ターゲットの詳細を入力してから、完成したファイルをインタフェース経由でアップロードしてください。

追加のサポートが必要な場合は、ツール内にあるリンクからサポートチームにお問い合わせください。提出手順をわかりやすく説明するビデオウォークスルーやガイドツアーもご利用いただけます。

Twist パネルのサイズに制限はありません。

遺伝子記号や転写産物のアクセッション ID、ゲノム座標、SNP、プローブ配列を含めることができます。現時点では、遺伝子記号はヒトのリファレンスゲノムにのみ対応しています。

ツールのサイドバーにある「How-to video」へのハイパーリンクを選択し、該当セクションの動画をご覧ください。

お客様の設計リクエストは、当社の熟練バイオインフォマティシャンチームに送られ、個別に評価・設計されます。

各データベースは、遺伝子モデルや転写産物の定義、特定ゲノムのアップデートの差異により、それぞれユニークなアノテーションを備えているためです。すべてをターゲットにすることで、お客様のアプリケーションにとって最も包括的にご関心の領域を含められるよう確保します。

「New Design」（新規の設計）を選択し、パネルにユニークな名前を付けてください。

「Advanced Features（高度な機能）」には、パネルの性能に影響を与える可能性がある反復フィルタリングなどのオプションが含まれており、経験豊富なユーザー向けとなっています。

その場合、「カスタムリファレンスゲノム」を選択し、目的のゲノムへのリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

タイリングとは、ご提出いただいたターゲット内のある特定のヌクレオチドをカバーする異なるプローブの本数を指定するものです。デフォルトの 1X タイリングでは、プローブ同士にオーバーラップがなく、それぞれの標的ヌクレオチドを 1 本のプローブでカバーします。2X タイリングでは、プローブ間にオーバーラップを設けて、各ヌクレオチドを 2 本のプローブでカバーします。エンリッチメントが難しい領域では、タイリングを増やすことを推奨します。

各プローブにユニークなID を付与し、プローブ配列には A、T、C、G の塩基のみを使用してください。

タイリングとは、ご提出いただいたターゲット内のある特定のヌクレオチドをカバーする異なるプローブの本数を指定するものです。デフォルトの 1X タイリングでは、プローブ同士にオーバーラップがなく、それぞれの標的ヌクレオチドを 1 本のプローブでカバーします。2X タイリングでは、プローブ間にオーバーラップを設けて、各ヌクレオチドを 2 本のプローブでカバーします。エンリッチメントが難しい領域では、タイリングを増やすことを推奨します。

ツールのサイドバーにある「Quick tour」へのハイパーリンクを選択し、該当セクションのクイックツアーガイドをご確認ください。

「Genes target」オプションを選択し、「Gene Specific settings」を使ってターゲットとしたい転写産物を入力してください。

提出するターゲットがすべて正確で最終版であることをご確認ください。ご提出前に、必要があれば修正してください。

Twist のターゲットエンリッチメント用プローブは 2 本鎖 DNA で、両鎖をターゲットとするため感度が向上します。また、RNA から作製した cDNA ライブラリからターゲットを濃縮する際にもご使用いただけます。

転写産物データベース（RefSeq、Gencode、CCDS）を選択し、イントロンに追加する塩基を指定し、各遺伝子内でカバーする領域を選択することができます。

「Update Design」（設計の更新）を選択し、新しいパネル名を入力して、前回の TE 番号またはOnline Submission ID と更新内容を入力してください。なお、このツールは前回の設計に含まれていたターゲット情報を取得しない点にご注意ください。

このツールを使って、Twist のチームに対しカスタムパネルの設計に関する要件を送信できます。このツール内で設計が自動生成されるわけではありません。

以前の提出内容を編集するには、メールで送付されたsubmission IDを使用し、ツール内で「Update Design」を選択してください。そのsubmission IDと変更内容を指定する必要があります。

配列のアライメントを補助するようなアンカー SNP のカバレッジが得られるように、そうしたターゲットに対しては 4X のタイリングが求められる場合があります。ただし使用するプローブが、目的の主要遺伝子に対して特異的であることを担保するものではありません。

染色体、開始位置、終了位置を指定の表に入力してください。必要に応じて注釈を追加し、タイリングレベルを指定することも可能です。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

染色体、開始位置、終了位置を入力します。rsID も指定できます。必要に応じてタイリングレベルを指定してください。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet またはオフラインでの受付をご利用ください。こちらから入手可能です。

そのような複雑なターゲットは、事象の性質に応じた高度なプローブ配置戦略を必要とします。最適な標的化を行うには、当社のオフライン提出手順に従ってください。

エクソン中のコーディング領域（デフォルト）、全エクソン（コーディング領域＋UTR領域）、全遺伝子領域（エクソン＋イントロン）、もしくはカスタムの領域などご選択いただけます。

0-based coordinatesでは、配列の最初の位置は 1 ではなく 0 として数えられます。例えば、0-based coordinatesでは染色体の最初のヌクレオチドが位置 0、2 番目が位置 1 というように数えます。これは、最初のヌクレオチドが位置 1 となる1-based coordinatesとは異なります。UCSC Genome Browser をはじめ、多くのバイオインフォマティクスツールがゲノム位置の指定に 0-based coordinatesを採用しています。詳しくはこちらをご覧ください。

既知のあらゆる遺伝子のバリエーションを包括的にカバーするため、すべての転写産物をターゲットにしています。このアプローチにより、考えうるすべてのエクソンやスプライスバリアントをキャプチャーし、下流アプリケーションでの柔軟性を高めるとともに、研究対象の領域を見逃すリスクを低減します。関心のある特定のアイソフォームが知られていない場合や、多様なサンプルタイプや研究目的に対応する場合には、すべての転写産物をターゲットとすることが特に有益です。

デザインに誤りやターゲットの入れ忘れがある場合は、Twistのアカウントマネージャーへ連絡するか、サブミッションIDを添えてcustomersupport@twistbioscience.comにお問い合わせください。その後、提出ツールを通じて改めて設計要件を提出できます。

特定の遺伝子や転写産物についてプロモーターや 5’UTR を含めたいなどの個別要件がある場合は、「Gene Specific settings」をオンにし、「Extras」欄にご入力ください。

カスタムパネル作成に必要な情報を入力・提出することで、ハイブリダイゼーションベースのターゲットエンリッチメント用のカスタムパネルを作成できます。遺伝子シンボル、ゲノム座標、SNPなど、プローブに用いることが可能な配列を対象とした設計をサポートします。

お客様の設計について質問がある場合に当社チームからご連絡できるよう、連絡先をご入力ください。入力が完了したら「Submit（提出）」をクリックして、設計のリクエストを当社チームにお送りください。

プローブ配列を FASTA 形式で直接入力し、すべてのプローブが 80 ～ 120 bp の範囲内で同じ鎖長になっていることをご確認ください。

極端な GC 含量や偽遺伝子の存在などによってキャプチャが難しいことがわかっているターゲットは、タイリングを増やすことでメリットが得られる可能性があります。そうしたターゲットに対しては、4X のタイリングをご指定ください。

テンプレート（見本）ファイルをダウンロードし、ターゲットの詳細を入力してから、完成したファイルをインタフェース経由でアップロードしてください。

追加のサポートが必要な場合は、ツール内にあるリンクからサポートチームにお問い合わせください。提出手順をわかりやすく説明するビデオウォークスルーやガイドツアーもご利用いただけます。

Twist パネルのサイズに制限はありません。

遺伝子記号や転写産物のアクセッション ID、ゲノム座標、SNP、プローブ配列を含めることができます。現時点では、遺伝子記号はヒトのリファレンスゲノムにのみ対応しています。

ツールのサイドバーにある「How-to video」へのハイパーリンクを選択し、該当セクションの動画をご覧ください。

お客様の設計リクエストは、当社の熟練バイオインフォマティシャンチームに送られ、個別に評価・設計されます。

各データベースは、遺伝子モデルや転写産物の定義、特定ゲノムのアップデートの差異により、それぞれユニークなアノテーションを備えているためです。すべてをターゲットにすることで、お客様のアプリケーションにとって最も包括的にご関心の領域を含められるよう確保します。

「New Design」（新規の設計）を選択し、パネルにユニークな名前を付けてください。

「Advanced Features（高度な機能）」には、パネルの性能に影響を与える可能性がある反復フィルタリングなどのオプションが含まれており、経験豊富なユーザー向けとなっています。

その場合、「カスタムリファレンスゲノム」を選択し、目的のゲノムへのリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

タイリングとは、ご提出いただいたターゲット内のある特定のヌクレオチドをカバーする異なるプローブの本数を指定するものです。デフォルトの 1X タイリングでは、プローブ同士にオーバーラップがなく、それぞれの標的ヌクレオチドを 1 本のプローブでカバーします。2X タイリングでは、プローブ間にオーバーラップを設けて、各ヌクレオチドを 2 本のプローブでカバーします。エンリッチメントが難しい領域では、タイリングを増やすことを推奨します。

各プローブにユニークなID を付与し、プローブ配列には A、T、C、G の塩基のみを使用してください。

タイリングとは、ご提出いただいたターゲット内のある特定のヌクレオチドをカバーする異なるプローブの本数を指定するものです。デフォルトの 1X タイリングでは、プローブ同士にオーバーラップがなく、それぞれの標的ヌクレオチドを 1 本のプローブでカバーします。2X タイリングでは、プローブ間にオーバーラップを設けて、各ヌクレオチドを 2 本のプローブでカバーします。エンリッチメントが難しい領域では、タイリングを増やすことを推奨します。

ツールのサイドバーにある「Quick tour」へのハイパーリンクを選択し、該当セクションのクイックツアーガイドをご確認ください。

「Genes target」オプションを選択し、「Gene Specific settings」を使ってターゲットとしたい転写産物を入力してください。

提出するターゲットがすべて正確で最終版であることをご確認ください。ご提出前に、必要があれば修正してください。

Twist のターゲットエンリッチメント用プローブは 2 本鎖 DNA で、両鎖をターゲットとするため感度が向上します。また、RNA から作製した cDNA ライブラリからターゲットを濃縮する際にもご使用いただけます。

転写産物データベース（RefSeq、Gencode、CCDS）を選択し、イントロンに追加する塩基を指定し、各遺伝子内でカバーする領域を選択することができます。

「Update Design」（設計の更新）を選択し、新しいパネル名を入力して、前回の TE 番号またはOnline Submission ID と更新内容を入力してください。なお、このツールは前回の設計に含まれていたターゲット情報を取得しない点にご注意ください。

このツールを使って、Twist のチームに対しカスタムパネルの設計に関する要件を送信できます。このツール内で設計が自動生成されるわけではありません。

以前の提出内容を編集するには、メールで送付されたsubmission IDを使用し、ツール内で「Update Design」を選択してください。そのsubmission IDと変更内容を指定する必要があります。

配列のアライメントを補助するようなアンカー SNP のカバレッジが得られるように、そうしたターゲットに対しては 4X のタイリングが求められる場合があります。ただし使用するプローブが、目的の主要遺伝子に対して特異的であることを担保するものではありません。

染色体、開始位置、終了位置を指定の表に入力してください。必要に応じて注釈を追加し、タイリングレベルを指定することも可能です。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

染色体、開始位置、終了位置を入力します。rsID も指定できます。必要に応じてタイリングレベルを指定してください。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet またはオフラインでの受付をご利用ください。こちらから入手可能です。

そのような複雑なターゲットは、事象の性質に応じた高度なプローブ配置戦略を必要とします。最適な標的化を行うには、当社のオフライン提出手順に従ってください。

エクソン中のコーディング領域（デフォルト）、全エクソン（コーディング領域＋UTR領域）、全遺伝子領域（エクソン＋イントロン）、もしくはカスタムの領域などご選択いただけます。

0-based coordinatesでは、配列の最初の位置は 1 ではなく 0 として数えられます。例えば、0-based coordinatesでは染色体の最初のヌクレオチドが位置 0、2 番目が位置 1 というように数えます。これは、最初のヌクレオチドが位置 1 となる1-based coordinatesとは異なります。UCSC Genome Browser をはじめ、多くのバイオインフォマティクスツールがゲノム位置の指定に 0-based coordinatesを採用しています。詳しくはこちらをご覧ください。

既知のあらゆる遺伝子のバリエーションを包括的にカバーするため、すべての転写産物をターゲットにしています。このアプローチにより、考えうるすべてのエクソンやスプライスバリアントをキャプチャーし、下流アプリケーションでの柔軟性を高めるとともに、研究対象の領域を見逃すリスクを低減します。関心のある特定のアイソフォームが知られていない場合や、多様なサンプルタイプや研究目的に対応する場合には、すべての転写産物をターゲットとすることが特に有益です。

デザインに誤りやターゲットの入れ忘れがある場合は、Twistのアカウントマネージャーへ連絡するか、サブミッションIDを添えてcustomersupport@twistbioscience.comにお問い合わせください。その後、提出ツールを通じて改めて設計要件を提出できます。

特定の遺伝子や転写産物についてプロモーターや 5’UTR を含めたいなどの個別要件がある場合は、「Gene Specific settings」をオンにし、「Extras」欄にご入力ください。