カスタムパネル

カスタムパネル作成に必要な情報を入力・提出することで、ハイブリダイゼーションベースのターゲットエンリッチメント用のカスタムパネルを作成できます。遺伝子シンボル、ゲノム座標、SNPなど、プローブに用いることが可能な配列を対象とした設計をサポートします。

「New Panel」を選択し、パネルに他のパネル名と被らないようパネル名を付けてください。

プローブ配列を FASTA 形式で直接入力し、すべてのプローブが 80 ～ 120 bp の範囲内で同じ鎖長になっていることをご確認ください。

ゲノム座標は BED 形式（染色体、開始、終了）で入力してください。SNP は RSID または BED 形式の座標として入力できます。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

染色体、開始位置、終了位置を入力します。rsID も指定できます。必要に応じてタイリングレベルを指定してください。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

はい、Twist はターゲットメチル化シーケンス解析用のカスタムパネルを設計することができます。こちらでアプリケーションノートをご覧ください。

TE 番号は、既に設計済みのパネル名に含まれています（例：TE-91234567）。Online Submission IDは、提出後に受信する確認メールに記載されています（例：TE-91234567）。

カスタムパネルの標準プローブ長は 120 bp ですが、カスタマイズ（80 bp、100 bp、120 bp など）にも対応しています。ただし、1 つのパネル内のプローブはすべて同じ長さである必要があります。

遺伝子記号、ゲノム座標、SNP、プローブ配列を含めることができます。

各プローブにユニークなID を付与し、プローブ配列には A、T、C、G の塩基のみを使用してください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet またはオフラインでの受付をご利用ください。まず、当社の提出フォームのいずれかをダウンロードし、ターゲットを入力したうえで、お客様情報とともにご提出ください。その後、Twist の担当者がお客様のリクエストについてご連絡いたします。

追加のサポートが必要な場合は、ツール内にあるリンクからサポートチームにお問い合わせください。提出手順をわかりやすく説明するビデオウォークスルーやガイドツアーもご利用いただけます。

希望するリファレンスゲノムが見つからない場合は、カスタムリファレンスゲノムを入力し、設計チームがアクセスできるリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

転写産物データベース（RefSeq、Gencode、CCDS）を選択し、イントロンに追加する塩基を指定し、各遺伝子内でカバーする領域を選択することができます。

「Manual Input（手入力）」を選択し、提供された表に直接要件を入力してください。外部ソースからコピーして貼り付けることもできます。

お客様の設計について質問がある場合に当社チームからご連絡できるよう、連絡先をご入力ください。入力が完了したら「Submit（提出）」をクリックして、設計のリクエストを当社チームにお送りください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet をご利用ください。

希望するリファレンスゲノムが見つからない場合は、カスタムリファレンスゲノムを入力し、設計チームがアクセスできるリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

タイリングとは、プローブ間のオーバーラップ幅を指定するものです。デフォルトは 1X タイリング（オーバーラップなし）ですが、エンリッチメントの難しい領域に対してタイリングを増やす対応が可能です。

染色体、開始位置、終了位置を指定の表に入力してください。必要に応じて注釈を追加し、タイリングレベルを指定することも可能です。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

テンプレートファイルをダウンロードしてターゲットの詳細を入力し、入力したファイルを画面上でアップロードしてください。

提出するターゲットがすべて正確で最終版であることをご確認ください。ご提出前に、必要があれば修正してください。

「Manual Input（手入力）」を選択し、提供された表に直接要件を入力してください。外部ソースからコピーして貼り付けることもできます。

Twist では、SINE/LINE などの反復配列と著しく重複するプローブを除去するフィルターを開発しました。 これらのプローブは不要なオフターゲット領域をキャプチャすることでパネルの性能に悪影響を与える可能性があるため除去する必要があります。「Repeat Filtering Stringency」は、反復配列の多いゲノム要素と重なるプローブをどの程度厳密に除去するかを決めるパラメーターです。「高」、「中」（デフォルト）、「低」の選択肢があり、当社ではデフォルトである「中」を推奨しています。

0 をベースとした座標系では、配列の最初の位置は 1 ではなく 0 として数えられます。例えば、0-based coordinatesでは染色体の最初のヌクレオチドが位置 0、2 番目が位置 1 というように数えます。これは、最初のヌクレオチドが位置 1 となる1-based coordinatesとは異なります。UCSC Genome Browser をはじめ、多くのバイオインフォマティクスツールがゲノム位置の指定に 0-based coordinatesを採用しています。

「Advanced Features（高度な機能）」には、パネルの性能に影響を与える可能性がある反復フィルタリングなどのオプションが含まれており、経験豊富なユーザー向けとなっています。

ゲノム座標は BED 形式（染色体、開始、終了）で入力してください。SNP は RSID または BED 形式の座標として入力できます。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

はい。Twist では、融合遺伝子や SNP のパネルに加えて、ウイルス、MSI（マイクロサテライト不安定性）、構造多型、コピー数多型（CNV）、インデル（挿入／欠損）のパネルも設計できます。

エクソン中のコーディング領域（デフォルト）、全エクソン（コーディング領域＋UTR領域）、全遺伝子領域（エクソン＋イントロン）、もしくはカスタムの領域などご選択いただけます。

TE 番号は、既に設計済みのパネル名に含まれています（例：TE-91234567）。Online Submission IDは、提出後に受け取られた確認メールに記載されています（例：OTE-91234567）。

カスタムパネル作成に必要な情報を入力・提出することで、ハイブリダイゼーションベースのターゲットエンリッチメント用のカスタムパネルを作成できます。遺伝子シンボル、ゲノム座標、SNPなど、プローブに用いることが可能な配列を対象とした設計をサポートします。

「New Panel」を選択し、パネルに他のパネル名と被らないようパネル名を付けてください。

プローブ配列を FASTA 形式で直接入力し、すべてのプローブが 80 ～ 120 bp の範囲内で同じ鎖長になっていることをご確認ください。

ゲノム座標は BED 形式（染色体、開始、終了）で入力してください。SNP は RSID または BED 形式の座標として入力できます。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

染色体、開始位置、終了位置を入力します。rsID も指定できます。必要に応じてタイリングレベルを指定してください。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

はい、Twist はターゲットメチル化シーケンス解析用のカスタムパネルを設計することができます。こちらでアプリケーションノートをご覧ください。

TE 番号は、既に設計済みのパネル名に含まれています（例：TE-91234567）。Online Submission IDは、提出後に受信する確認メールに記載されています（例：TE-91234567）。

カスタムパネルの標準プローブ長は 120 bp ですが、カスタマイズ（80 bp、100 bp、120 bp など）にも対応しています。ただし、1 つのパネル内のプローブはすべて同じ長さである必要があります。

遺伝子記号、ゲノム座標、SNP、プローブ配列を含めることができます。

各プローブにユニークなID を付与し、プローブ配列には A、T、C、G の塩基のみを使用してください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet またはオフラインでの受付をご利用ください。まず、当社の提出フォームのいずれかをダウンロードし、ターゲットを入力したうえで、お客様情報とともにご提出ください。その後、Twist の担当者がお客様のリクエストについてご連絡いたします。

追加のサポートが必要な場合は、ツール内にあるリンクからサポートチームにお問い合わせください。提出手順をわかりやすく説明するビデオウォークスルーやガイドツアーもご利用いただけます。

希望するリファレンスゲノムが見つからない場合は、カスタムリファレンスゲノムを入力し、設計チームがアクセスできるリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

転写産物データベース（RefSeq、Gencode、CCDS）を選択し、イントロンに追加する塩基を指定し、各遺伝子内でカバーする領域を選択することができます。

「Manual Input（手入力）」を選択し、提供された表に直接要件を入力してください。外部ソースからコピーして貼り付けることもできます。

お客様の設計について質問がある場合に当社チームからご連絡できるよう、連絡先をご入力ください。入力が完了したら「Submit（提出）」をクリックして、設計のリクエストを当社チームにお送りください。

現時点では、このオンラインツールは DNA の設計のみに対応しています。RNA またはメチル化の設計には、当社の White Glove Submission Sheet をご利用ください。

希望するリファレンスゲノムが見つからない場合は、カスタムリファレンスゲノムを入力し、設計チームがアクセスできるリンクをご提供ください。そのリファレンスゲノムにアクセス可能であることをお確かめください。

タイリングとは、プローブ間のオーバーラップ幅を指定するものです。デフォルトは 1X タイリング（オーバーラップなし）ですが、エンリッチメントの難しい領域に対してタイリングを増やす対応が可能です。

染色体、開始位置、終了位置を指定の表に入力してください。必要に応じて注釈を追加し、タイリングレベルを指定することも可能です。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

テンプレートファイルをダウンロードしてターゲットの詳細を入力し、入力したファイルを画面上でアップロードしてください。

提出するターゲットがすべて正確で最終版であることをご確認ください。ご提出前に、必要があれば修正してください。

「Manual Input（手入力）」を選択し、提供された表に直接要件を入力してください。外部ソースからコピーして貼り付けることもできます。

Twist では、SINE/LINE などの反復配列と著しく重複するプローブを除去するフィルターを開発しました。 これらのプローブは不要なオフターゲット領域をキャプチャすることでパネルの性能に悪影響を与える可能性があるため除去する必要があります。「Repeat Filtering Stringency」は、反復配列の多いゲノム要素と重なるプローブをどの程度厳密に除去するかを決めるパラメーターです。「高」、「中」（デフォルト）、「低」の選択肢があり、当社ではデフォルトである「中」を推奨しています。

0 をベースとした座標系では、配列の最初の位置は 1 ではなく 0 として数えられます。例えば、0-based coordinatesでは染色体の最初のヌクレオチドが位置 0、2 番目が位置 1 というように数えます。これは、最初のヌクレオチドが位置 1 となる1-based coordinatesとは異なります。UCSC Genome Browser をはじめ、多くのバイオインフォマティクスツールがゲノム位置の指定に 0-based coordinatesを採用しています。

「Advanced Features（高度な機能）」には、パネルの性能に影響を与える可能性がある反復フィルタリングなどのオプションが含まれており、経験豊富なユーザー向けとなっています。

ゲノム座標は BED 形式（染色体、開始、終了）で入力してください。SNP は RSID または BED 形式の座標として入力できます。0-basedの座標になっていることをご確認ください。

はい。Twist では、融合遺伝子や SNP のパネルに加えて、ウイルス、MSI（マイクロサテライト不安定性）、構造多型、コピー数多型（CNV）、インデル（挿入／欠損）のパネルも設計できます。

エクソン中のコーディング領域（デフォルト）、全エクソン（コーディング領域＋UTR領域）、全遺伝子領域（エクソン＋イントロン）、もしくはカスタムの領域などご選択いただけます。

TE 番号は、既に設計済みのパネル名に含まれています（例：TE-91234567）。Online Submission IDは、提出後に受け取られた確認メールに記載されています（例：OTE-91234567）。