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Twist Multiplexed Gene Fragments とは

Twist Multiplexed Gene Fragments are double stranded gene fragment sequences of up to 500 base pairs in length that are delivered as a pool instead of one fragment per well matrix. このように断片がプールされた形式のため、プライム編集、CRISPR をベースとした極めて複雑な機能スクリーニング、ペプチドおよびタンパク質工学、抗体探索、超並列レポーターアッセイ（MPRA）などのハイスループットスクリーニングアプリケーションが可能になります。これらのアプリケーションでは、断片 1 本あたりのコストが、目的とするバリアント数に対して障害となる場合があります。
Multiplexed Gene Fragments are synthesized from user defined sequences in lengths of up to 500 base pairs per gene. These user-defined sequences are initially synthesized into oligo pools of up to 500 nucleotides in length and are then amplified in double-stranded DNA, and delivered as multiplexed gene fragments that have been carefully analyzed to ensure >90% of genes in the pool are the correct length. 本製品は、迅速かつハイスループットなスクリーニング用途に最適化されています。

特長

カスタム対応

  • これまでにない設計の選択肢で合成可能な、大規模な断片プール
  • 最大鎖長 500 bp でハイスループットスクリーニングを実現

業界をリードする高品質な遺伝子断片

業界をリードする高品質な遺伝子断片

  • 低エラー率でプール品質を最大化
  • 鎖長や GC 含量に左右されない均一性

柔軟性

柔軟性

  • プール内の正確な配列を完全に制御
  • コード領域を拡張

500 塩基対の Multiplexed Gene Fragments を用いた AI ガイド型開発プログラムにより抗体配列をコード

ベイカー研究室が、マルチプレックス化した遺伝子断片と RFDiffusion をどのように活用し、新規抗体バインダー デノボを発見したのかご覧ください。

アプリケーションノートはこちら

Multiplexed Gene Fragments のプール

Twist の Multiplexed Gene Fragments のプールは、ご注文いただいたすべての配列を包括的に網羅し、より的確で合理的なスクリーニングのために、バリアント構築に対する精密な制御を実現します。
A Multiplexed Gene Fragment pool of dual gRNA variants of 500 bp shows complete fragment representation with minimal dropouts (Fig 1) as does a pool of triple gRNA variants of 450 bp (Fig 2). Lastly, a Multiplexed Gene Fragment pool with variants containing GC content across a wide range including fragments with up to 80% GC shows high representation and minimal bias (Fig 3).

Multiplexed Gene Fragment
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図 1．500 bp の Multiplexed Gene Fragments プールを増幅した際の、マッピングした各 dual gRNA バリアントのリードカウント（X 軸）のグラフ。

 

図
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図 2．450 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際の、マッピングした各 triple gRNA バリアントのリードカウント（X軸）のグラフ。

グラフ
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図 3．鎖長 500 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際の GC プロットを作成したところ、GC 含量が 80% に達する広範な範囲において、バイアスが最小限に抑えられることが示された。X 軸は、GC 含量の異なる 14 グループの配列カテゴリー。Y 軸はリードカウント。

 

製品仕様

収量増幅済み dsDNA、200 ng 以上
納期8 ～ 12 営業日
納品形態乾燥状態の dsDNA（2 mL チューブにプール）
鎖長301 ～ 500 bp
プールサイズ最小・最大の制限なし
均一性90% の配列が平均値の 3 倍以内*
品質管理（QC）フラグメント解析によりプール中の遺伝子の 90% 超が正しい鎖長を持つことを確保
エラー率1：2000 塩基（元のプール合成より、増幅前まで）

*ご利用条件：Standard turnaround time for Multiplexed Gene Fragments is 8-12 business days. これは配列の長さや複雑さによって変動します。Multiplexed Gene Fragment length is up to 500 base pairs, with up to 460 bp allotted for the variable region with a minimum of 40 bp conserved for the primer region. Quality control tests ensure >90% of gene sequences within a pool will be user defined length.


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DNA再懸濁および保存プロトコル
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お客様の声

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Twist の Multiplexed Gene Fragments は、合成の限界を広げつつ、シーケンシング可能な範囲内に収めています。標的にフォーカスした決定論的な方法で配列空間を探索し、タンパク質の結合メカニズムについての包括的な理解を深めることが可能になりました。そのデータを活用して、新しい医薬品の開発につなげたいと考えています。

Pierce Ogden

共同創業者兼 CSO｜Manifold Biosciences Inc.

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私たちは、特定の設計課題に合わせたタンパク質のオーダーメイド合成を目指しています。Twist の 450 bp の Multiplexed Gene Fragments は、酵母ディスプレイを用いたリガンド結合用の候補タンパク質ライブラリをスクリーニングするのに最適な鎖長です。

Jeffrey Chang

大学院生｜Nick Polizzi 研究室（ハーバード大学、Dana Farber Cancer Center）

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制御因子は従来、120 塩基対ライブラリで詳細に研究されてきましたが、実際には、制御因子の多くがそれよりもはるかに長い鎖長を持つことが知られています。Twist の 450 塩基対以上の Multiplexed Gene Fragments を使用することで、特定の種類の細胞における遺伝子発現を促進する、より細かく調整された制御因子を体系的にスクリーニングできるようになりました。

Josh Tycko

博士研究員｜ハーバード大学神経生物学部

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Twist Bioscience本社
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080

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