未開拓の酵素配列空間を開放し、最適な探索を可能に

当社の新規酵素配列は、多様な未培養微生物単細胞ゲノムから同定され、構造予測、構造に基づくクラスタリング及びフィルタリングを基にした機械学習支援モデルを用いて、望ましい特性を持つよう選択されています。このような配列は他のどこにも見つからない可能性が高いです。


トランスアミナーゼ(TA)は、アミンドナーからケトンまたはアルデヒドへのアミン基の転移を触媒する酵素です。プロキラルケトンの立体選択的アミノ化を促進するこの能力は、医薬品製造において有用であり、医薬品有効成分(API)の構成成分としてキラルアミンの需要が高い製薬業界では貴重な存在です。

 

当社は、医薬品製造プロセスに有用な、多種多様な基質にわたって様々な極限条件下で活性を維持する TA 酵素のサブセットを同定し、絞り込みました。

 

当社のスクリーニングキットは、機能面で重要な配列の選択や、これらを下流の酵素工学のリソースと組み合わせることを可能にし、より効率的なタンパク質工学の経路を提供する可能性を秘めています。

スクリーニング用酵素の選定方法

bitBiome bit-GEM データベースは、検索可能で有用性の高い微生物ゲノム配列の主要なリソースです。bit-GEM データベースには、土壌、温泉、海水、鉱山、極限環境等の自然環境から採取したサンプルなど、自然界で最も強力な微生物資源を利用し、bitBiome シングルセルシーケンシングプラットフォームによって取得された膨大な遺伝子配列が含まれています。このシーケンシング法は、より深いゲノムカバレッジを保証し、未培養微生物の発見を可能にします。これらの配列は、公知の領域にある配列との類似性が低いため、その配列空間内で自由に利用することができます。

主な利点

未開拓の酵素配列空間を開放する

  • 事前に活性スクリーニングを行った数千種類の酵素候補物質
  • 配列の多様性の高さで特定のニーズに対応可能
  • 公知ではない新規配列で、自由な操作が可能

エンジニアリングの取り組みを最大化

  • ヒット化合物の同定に必要な新規トランスアミナーゼ変異体を事前に選別してスクリーニング
  • 取り扱いが難しい大きな基質を含む、多様な基質特異性 

専門家に相談可能

  • bitBiome + Twist は、変異体ライブラリの生成、最適化、試験に必要なすべてのリソースを提供
  • お客様の酵素工学の取り組みを支援する専門家に気軽に相談可能

Twist + bitBiome で迅速なスクリーニングを体験

酵素スクリーニング     48 Enzymes for screening

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以下は、前述のさまざまな条件(DMSO の種々の割合、有機溶媒、温度、pH レベル)で、さまざまな基質に対して試験を行った酵素の分析結果です。

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Twist-bitBiome トランスアミナーゼキットの酵素活性プロトコル

bitBiome および Twist Bioscience のトランスアミナーゼ酵素改変

一般情報

当社の酵素は特定の純度基準に対して製造されているわけではありません。細胞残渣や発酵成分から分離するよう努めておりますが、内因性タンパク質や緩衝液の塩成分が含まれる場合があります。これらの成分は、安定性を高めることがあります。

大規模生産前の研究用の酵素には、保存可能期間は設定しておりません。しかし、当社における経験では、-20 ℃ において乾燥状態で保存した場合、ほとんどの酵素は 2 年間安定した状態を保ちます。

本キットに含まれる酵素は高い選択性を示し、通常、(R) と (S) の選択性はほぼ等しくなります。基質が選択性に影響するような特異な構造をとることがあるため、過去の表記(下記の選択性の表を参照)だけに頼るのではなく、すべての酵素をスクリーニングすることをおすすめします。基質中に炭素以外の原子(ハロゲンや硫黄など)が存在すると、カーン・インゴールド・プレローグ順位則による異性体の命名規則により、選択性が逆になる可能性があることに注意することが重要です。プロトコルセクションにある選択性の表をご参照ください。

トランスアミナーゼの安定性と活性は、基質や生成物の違いなど、いくつかの相互依存的な要因によって変化します。以下は、スクリーニング後のさらなる最適化に役立つ性能パラメータを示す標準パラメータ表です。

スクリーニング実験の計画

 

ピルビン酸は、本キットに含まれるほとんどの酵素の一般的なアミン受容体として機能し、反応系について試験するのに最適です。

標準的な反応条件は、25 mM のアミンアクセプター、25 mM の 2-(4-ニトロフェニル)エタン-1-アミン(アミンアクセプター)、100 mM のリン酸カリウム緩衝液(pH 7.4)、および1 mM のピリドキサール-5-リン酸(PLP)などです。

最初は pH7.4 のリン酸カリウム緩衝液でスクリーニングすることをおすすめします。一度ヒット化合物を同定した後は、緩衝液の種類や pH を最適化することができます。選択性は通常 pH に依存しませんが、活性は変化する場合があります。ホウ酸緩衝液は高 pH での性能評価に適しています。

本キットに含まれるほとんどの酵素は、共溶媒として最高 10% v/v の DMSO で安定性を保ちます。

本キットに含まれる酵素は pH 7 ~ 8.5 の範囲で効果的に機能し、pH 9 ~ 10 に耐性を持つものもわずかにあります。pH を 7.0 未満に下げることはおすすめしません。

安定性はそれぞれ異なりますが、一般的に 20 ℃ ~ 60 ℃ の間で機能します。詳細につきましては、標準パラメータ表をご参照ください。

トラブルシューティング

基質が DMSO に可溶で、各バイアルに均等に添加できる場合、反応混合物中の部分的な不溶性は通常問題になりません。

反応時間を長くする、温度を高くする(40 ℃ まで)、基質濃度を高くする、酵素濃度を高くするなどの方法をお試しください。問題が解決しない場合は、Twist®-bitBiome® TA スクリーニングキットについてのご相談または他のオプションについて Twist までお問い合わせください。また、ピルビン酸をアミンアクセプターとしてコントロール反応を行い、反応溶液について確認を行うこともできます。

反応を早めに止めるか、酵素使用量を少なくしてスクリーニングを繰り返すことをご検討ください。繰り返す場合は、DMSO 濃度を 10% v/v 未満に維持します。

反応条件の最適化については、トランスアミナーゼスクリーニングに関する FAQ をご参照ください。

代表的なアミンドナーとして、アラニン、エチルアミン、1- および 2-プロピルアミン、1- および 2-ブチルアミンなどがあります。これらのドナーのケトン型/アルデヒド型は、キラル分離の際、良好なアミンアクセプターとしても機能します。

Refer to our Transaminase Screening FAQs for answers to other questions you may have, or feel free to contact us.

 

一般的なスクリーニングの質問

実験当日に新鮮な溶液を調製することをおすすめします。時間の経過とともに、基質と補酵素の両方が劣化し、反応の全体的なパフォーマンスが低下する可能性があります。溶液の保存と再利用が必要な場合は、遮光して低温で保存してください。さらに、可能な限り新しい溶液に対するパフォーマンスの変化を確認することをお勧めします。

多くの酵素では、反応混合物に 10% v/v の DMSO を加え、温度を 40 ~ 45 ℃ に上げると、基質の溶解性が高まります。各酵素が許容する標準的な条件については、標準パラメータ表をご参照ください。さらに、基質によって異なりますが、pH を上げると溶解性が高まるかもしれません。pH を 7.0 未満に下げることはおすすめしません。基質の溶解が不完全であることを示す反応混合物の白濁は、通常許容され、通常は反応の妨げにはなりません。すべての反応にわたって均等に基質が行き渡るように、基質はそのままか、DMSO(または同様の溶媒を用いた)溶液で加えるのがベストです。

酵素の添加は、他の試薬や溶媒をすべて投入し、pH 調整が完了してから行うのが一般的に最適です。可能であれば、酵素を緩衝液に溶かしてから反応混合物に加えます。試薬の添加順序を変えることで、反応性にプラスにもマイナスにも大きく影響する場合があります。

最適化

基質と生成物が持つ固有の性質(溶解度、pH、温度安定性など)を理解することが極めて重要です。なぜなら、それらは酵素によって変化しない性質だからです。さらに、副反応を促進したり、下流の問題につながったり、基質や生成物と相容れない条件を避けることも重要です。異なる pH レベルで反応性を評価します。(推奨:pH 7.4、9、10。pH 7.4 ではリン酸カリウム緩衝液、pH 9、10 ではホウ酸ナトリウムを使用)。最適な pH が決まったら、反応性に対する温度の影響を調べます(推奨温度範囲:30 ~ 55 °C)。さらに、反応性を最適化するために、より多くの基質を使用して反応を評価することもご検討ください。基質が反応混合物に溶解しない場合、基質の物質移動が制限される可能性があります。このような場合は、可溶化共溶媒の添加をご検討ください。溶媒濃度の許容範囲については、標準パラメータ表をご参照ください。DMSO 以外にも、短鎖アルコール、DMF、THF、アセトニトリルなどの溶媒を検討することができます。

品質管理

当社では、標準的な比色法を用いて、バッチごとに各酵素の活性をチェックしています。これにより、各酵素が当社の活性基準を満たし、お客様のアプリケーションで確実に機能することが保証されます。

当社では、本キットに含まれる特定の酵素の粉末溶解液をバッチごとに測定しています。この測定により、適切な溶解液量が確認され、当社のキットの有効性が保証されます。

環境に対する安全性を確保するため、溶解液粉末中に生きた発現宿主(大腸菌など)が存在しないことを確認しています。このステップは、製品の安全性と完全性を維持するために非常に重要です。

各バッチの保存可能期間を確認するため、厳格な試験を行っています。これにより、当社の酵素キットは、使用期間中、効果的で安定した状態を保つことができます。

溶解液の粉末中に大腸菌のような生きた発現宿主が存在しないことは、潜在的な汚染を防ぎ、使用者および環境に対する安全性を確保するために重要です。

比色法は、特定の基質と反応したときの色の変化に基づいて酵素の濃度を決定するために使用される技術です。酵素活性に関して、信頼性が高く定量可能な測定値が得られるため、使用されています。

バッチが当社の厳しい品質基準を満たさない場合は、販売に供されません。流通を再検討する前に、さらなる分析と問題点への是正措置が行われます。

当社の品質管理プロセスは、検証済みの方法および機器を使用して、訓練を受けた専門家によって実施されます。また、業界標準やベストプラクティスへの継続的な準拠を確保するため、定期的な監査と再検討も行っています。

はい、特定のバッチの詳細な品質管理報告書をご請求いただけます。これらの報告書により、お受け取りになった酵素キットの品質と完全性に関して透明性が得られ、保証されます。

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