Twist FlexPrep UHT Library Preparation Kit

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FlexPrep™ UHT ライブラリ調製キット

超ハイスループットを実現するシンプルなワークフロー

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POPGEN
アグリゲノミクス
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超ハイスループットシーケンシングを実現するシンプルなワークフロー

Twist の FlexPrepTM UHT Library Preparation Kit は、集団研究やアグリゲノミクスなどの超ハイスループットアプリケーション向けに、従来のマイクロアレイをベースとした技術に代わる NGS（次世代シーケンシング）を実現します。Twist の Normalization by LigationTM（NBL）技術と酵素による断片化法を組み合わせたこのキットは、幅広い DNA インプット量に対してサンプルの正規化を行えるため、通常のサンプル処理ステップのコストと複雑性が軽減されます。早い段階でサンプルをバーコーディングすることで、12 個の別々のサンプルを下流で 1 つの反応にプールすることができ、より合理的で効率的なワークフローが可能になります。

Twist の超ハイスループットシーケンシングへのアプローチをご覧ください

Normalization by Ligation（NBL）

調製前のノーマライズステップを削除
途中ステップの定量不要
幅広いインプット範囲（30 ng ～ 300 ng）のサンプルに対応

サンプルの早期プーリングによるコスト削減

ライゲーション反応後、96 サンプルを 8 本のチューブに統合
上流の反応ボリュームを少量化
下流の消耗品を削減

大規模マルチプレックスアッセイが可能な設計

フローセルレーンごとのマルチプレックスに対する制限を超ハイスループットインデックス化により解消
すでにお持ちのラボ設備にて 12 倍の大規模化*
ターゲットエンリッチメント 1 反応あたり 96 サンプルをサポート

研究用途にのみお使いいただけます。診断や臨床用途には使用できません。
*Based on a 8 well vs 96 well workflow

FlexPrep UHT 製品シート

Twist の最もハイスループットなライブラリ調製キットの製品仕様とデータをご覧ください。

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集団ゲノミクス研究用 FlexPrep

FlexPrep が、いかにハイスループットなヒトジェノタイピングを可能にするのかを（そしてアレイとの比較も）ご確認ください。

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アグリゲノミクスのための FlexPrep

FlexPrep と組み合わせた Twist キャプチャパネルと 70k ウシアレイとの比較を本アプリケーションノートでご確認ください。

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FAQ

Normalization by Ligation^TM is Twist’s proprietary technology to eliminate upfront normalization and intermediate quantitation, which allows work with sample batches using a wide range of inputs (30 ng to 300 ng).

Gencove data and internal bovine ear clip data are available. At launch, we support Human and Bovine. Contact Customer Support to access this data.

The recommended input amount is 30 ng - 300 ng, which should produce ≥ 1000 ng of final library with fragment sizes between 400-450 bp. Fragmentation size is dependent upon fragmentation time. For details, please refer to the Twist FlexPrep UHT Library Prep Protocol.

The Twist FlexPrep UHT Library Preparation Kit is compatible with DNA of different quality, where the kit has been tested with FFPE of various quality and degraded DNA. Contact Customer Support if you have additional questions

はい、本キットは 12 サンプル単位で、合計 192 サンプルまで対応しています。本キットは、各バッチで最大 192 および 1,152 サンプルを処理するように構成されています。192 および 1,152 サンプル以下のサンプルを処理したい場合は、プレートの残りをサンプルの複製で埋めることをおすすめします。これにより、シーケンシング結果に対する信頼性がさらに高まります。

正規化の統合でステップを削減

Twist FlexPrep^TM UHT Library Preparation Kit は、Normalization by Ligation^TM という新しい手法を採用しており、 ライブラリ調製前および中間ステップのサンプル定量が不要となり、シーケンシングワークフローが合理化されます。

ワークフローの簡素化

断片化反応とライゲーション反応が、サンプルごとに 1 つのウェルで行われます。The adapters used during ligation contain inline barcodes that allow for the pooling of all 12 wells in a row of a 96-well plate. それぞれのプールは、プールレベルでのデマルチプレックス化用に PCR で追加されたインデックス（UDI）と共に調製されます。Sequencing throughput can be maximized by running up to 1,152 samples in a single sequencing run from one FlexPrep kit. This increased efficiency can translate to cost and consumables savings.

FlexPrep UHT で正規化された収量*

さまざまな DNA インプット量で NGS のリードデプスを正規化しました。各ライブラリで同定された総リード数の割合は、ユニークデュアルインデックスおよびインラインバーコードのデマルチプレックス化を行った後に算出されます。Average with perfect normalization is estimated at 1.04% (100/96).

対象領域で調整可能なカバレッジ*

FlexPrep UHT により、ターゲットエンリッチメント後に均一なカバレッジを持つ複雑性の高いライブラリが調製できます。In combination with Twist Custom Panels, FlexPrep offers tunable coverage of SNPs, k-mers, structural variants, and other genomic areas of interest. 濃縮後のサンプルは平均 75x のカバレッジにダウンサンプリングされています。Picard のうち、主なターゲットエンリッチメント指標を示しています。

Target Enrichment using a 96-plex 30 ng to 300 ng gDNA Mass Input into Library Preparation
Metrics at 75x Raw Target Coverage	平均 ± 標準偏差
Selected Bases	79.22% ± 0.54%
平均ターゲットカバレッジ	32.74 ± 4.78
Chimeras	1.31% ± 0.38%
Fold-80 Base Penalty	1.416 ± 0.044
Covered Bases at 10X	96.06% ± 0.94%
Covered Bases at 20X	85.41% ± 6.36%
Covered Bases at 0X	0.43% ± 0.04%

*使用した方法：96 個のライブラリは、ヒトゲノム DNA（gDNA）（NA12878）から Twist FlexPrep UHT Library Preparation Kit および 800 kb のカスタムパネルを用いた 96-prex での FlexPrep ターゲットエンリッチメントプロトコルを用いて調製され、Illumina NextSeq 550 でシーケンシングを行いました。それぞれ 12 サンプルからなる 8 つのライブラリプールを得ました（各ライブラリプール中のインプットの質量は 30 ng ～ 300 ng の範囲）。**標準キットは、酵素による断片化とその後のライゲーション、そして PCR を用いるワークフローに基づいています。 ***すべてのチャート、図およびグラフは Twist の内部データ（2024 年 9 月）に基づいています。研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。

ヒト集団ゲノミクスのための FlexPrep

With its ability to handle large cohorts efficiently and cost-effectively, FlexPrep is designed to meet the unique needs of genome-wide association studies (GWAS), genetic diversity research, and other high-throughput genomic projects.

多くの集団ゲノミクス（PopGen）プログラムが NGS 技術を速やかに採用してきた一方、FlexPrep のような新しいツールを用いれば、現在のシーケンス解析プラットフォームのスループット能力が最大限に高まり、データポイントあたりの費用が減少します。

バリアントスクリーニング研究に対する FlexPrep を用いた NGS の強みと標準的なプラットフォームとの比較

	NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP	標準的な NGS
スループット	Up to 1,152 samples in a single sequencting rub;supports 96-plex	一般的にウェルあたり 1 ライブラリを有し、限られたマルチプレックス
ワークフローの複雑性	Normalization by Ligation で、30 ～ 300 ng の DNA インプットを使用可能、ノーマライズ不要	定量やノーマライズなど、さらに多くの前段階および中間のステップが必要
消耗品の使用	サンプルのプール化により、チップと試薬の使用を 12 分の 1 に削減	より多くのチップと試薬の使用により、廃棄物と費用が増加

シーケンシング

Element Biosciences-1

FlexPrep は、Trinity Freestyle™ Hybridization Kit を活用し、Element シーケンサーの処理能力を最大化します。このワークフローにより、FlexPrep の簡便なワークフローで時間を節約できるばかりでなく、シーケンサー上で行われる Trinity エンリッチメントケミストリーによって、手を動かさずに済む時間も確保できます。

ターゲットエンリッチメント

Twist Genotyping Panel - Human 600k

Twist Genotyping Panel - Human 600k achieves high concordance with array data. Gencove v6.1 imputation reference パネルに対して、全てのデータポイント（シーケンシングもしくはアレイ）をインピュテーションし、ゲノム全体にわたるリファレンス非一致率（non-reference concordance, NRC）を観察したデータ。

分析

Gencove

For streamlining human population genomics studies, Twist has partnered with Gencove. Gencove の補完パイプラインを組み合わせた FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit は、低シーケンシングカバレッジ下でも高信頼性のバリアントコールを可能にすることで、効率とスループットを最大化します。優れた精度かつ低シーケンシングコストでジェノタイピングデータから価値ある知見が得られます。

FlexPrep UHT 製品シート

Twist の最もハイスループットなライブラリ調製キットの製品仕様とデータをご覧ください。

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集団ゲノミクス研究用 FlexPrep

FlexPrep が、いかにハイスループットなヒトジェノタイピングを可能にするのかを（そしてアレイとの比較も）ご確認ください。

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アグリゲノミクスのための FlexPrep

FlexPrep と組み合わせた Twist キャプチャパネルと 70k ウシアレイとの比較を本アプリケーションノートでご確認ください。

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アグリゲノミクスのための FlexPrep

従来アグリゲノミクス研究で用いられるマイクロアレイと比較して、FlexPrep は低コストでコンテンツの柔軟性が高く、またハイスループット能力があり、単一プラットフォームでジェノタイピングやマーカーの同定、緻密なマッピングなどを可能にします。When compared to standard library preparation, workflow improvements like self-normalization across sample types allows FlexPrep to tackle large agrigenomic projects like precision breeding, genomic selection, and parentage testing.

アグリゲノミクスに対する FlexPrep を用いた NGS の強みと従来のプラットフォームとの比較

	NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP	マイクロアレイ
データ完全性	Comprehensive,base-pair resolution across genome or selected regions	Limited to pre selected variants;not well-suited for novel variant detection.
コンテンツのカスタマイズ	Easily customizable panels with fast TAT - target any genes,regions, or species	Content is fixed or semi-custom;change require redesign and new manufacturing
コストおよびスループット	Lower cost per sample at scale due to multiplexing (up to 1152 samle per )	大規模なプログラムや複数の種にわたる場合、スケールメリットが低い

Twist のアグリゲノミクスワークフロー

抽出

Twist DNA Purification Kit

Twist DNA Purification Kit モジュールは、課題が多い「汚れた」サンプルでも FlexPrep ライブラリ調製に直接取り込むことで、サンプル調製が効率的にできます。革新的なシングルウォッシュ抽出ケミストリーをベースに構築されたこのキットは、従来の結合－洗浄－溶出サイクルをなくし、作業時間、消耗品の使用、ワークフローの複雑さを軽減します。

Sold as a bundled workflow with FlexPrep, the Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP Kit simplifies DNA extraction without compromising quality.

シーケンシング

Element Biosciences

By leveraging the Trinity Freestyle™ Hybridization Kit, FlexPrep maximizes the throughput capabilities of Element sequencers. このワークフローにより、FlexPrep の簡便なワークフローで時間を節約できるばかりでなく、シーケンサー上で行われる Trinity エンリッチメントケミストリーによって、手を動かさずに済む時間も確保できます。

分析

Curio Genomics

Scale your agrigenomics research with FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit for low-pass sequencing and Curio Genomics for streamlined analysis. Twist の柔軟なライブラリ調製は、ハイスループット処理と効率的な補完機能を備えた Curio Genomics のプラットフォームとシームレスに統合され、大規模集団でのコスト効率の高いジェノタイピングを可能にします。

Gencove

Gencove の補完パイプラインを組み合わせた FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit は、低シーケンシングカバレッジ下でも高信頼性のバリアントコールを可能にすることで、効率とスループットを最大化します。優れた精度かつ低シーケンシングコストでジェノタイピングデータから価値ある知見が得られます。