RNA-Seq ライブラリ調製の概要

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). トランスクリプトームライブラリ全体を直接シーケンシングすることで、網羅的な解析が可能となります。また、Twist Target Enrichment パネルを用いた Twist RNA ターゲットエンリッチメントワークフロー(RNA Exome、RNA Fusion、またはカスタム設計 RNAエンリッチメントパネル)へのインプットとしても利用可能です。これらのパネルは、NGS のカバレッジをコーディング領域に集中させることで、単一アッセイで遺伝子発現解析、融合の検出、コーディングバリアントの同定が可能になります。

RNA-Seq ライブラリ調製ワークフロー

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. RNA は断片化された後に cDNA に逆転写され、第 2 鎖合成とポリアデニル化がワンステップで行われるため、手順の効率化と時間の節約が可能です。最後に、Twist の高品質な UMI またはユニバーサルアダプター(UDI)を用いたライゲーションとその後の増幅により、ライブラリが構築されます。

RNA Exome

Twist RNA Exome は Twist RNA Library Prep および Twist Target Enrichment と共に使用することができ、FFPE を含むさまざまなソースから抽出された RNA から、トランスクリプトーム解析データを生成できる信頼性の高いツールです。RNA Exome は、同じ数の遺伝子を検出するのに必要なシーケンシングリードの数を低減しつつ、シグナルを増加させます。これにより、生物学的サンプルの転写状態を正確に把握するために重要な低発現ターゲットの検出が可能になります。さらに、RNA Exome におけるエクソンを考慮した設計手法により、一般的な設計手法では見失われかねないアイソフォームやジャンクションを検出することが可能になります。この包括的なシーケンシングソリューションにより、ヒトトランスクリプトームのタンパク質コード配列の RNA シーケンス解析用に極めて複雑かつ均一なシーケンシングリードが生成されます。

ヒトトランスクリプトーム用の設計

  • 35.8 Mb の塩基、19,708 種類の遺伝子、63,215 種類のアイソフォームをターゲット化
  • Gencode および RefSeq から得られる配列情報で構築
  • 全トランスクリプトームに対して、1.8 倍超のエンリッチメント

RNA 用に構築されたターゲットエンリッチメント

  • タンパク質コーディング領域、融合遺伝子、アイソフォーム用にエクソンを考慮したプローブ
  • より多くのサンプルを処理できるよう、サンプルあたりのリード数を低減
  • FFPE および低 RNA インプットに対応

より少ないリードで、より多くをターゲットに

Twist RNA Exome は、下図の通り、FFPE およびユニバーサル・ヒトリファレンス RNA を用いた場合の両方で、さまざまな RNA インプットに対して、より少ないリード数でより多くのターゲットを検出しています。All libraries were prepared with the Twist RNA Library Prep

RNA Fusion

融合遺伝子は多くの場合、さまざまながん種で、発がん性のドライバー変異として作用します。融合遺伝子を迅速かつ正確に検出することによって、臨床的対応が促され、治療方針の決定を後押しします。Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit は RNA ベースのエンリッチメントパネルであり、融合遺伝子を調べるために、従来の方法よりも標的を絞った感度の高いアプローチを提供するものです。

本パネルには、約 30 種のがんに関連付けられている 160 種類の融合遺伝子が含まれています。The fusion genes were selected by CeGaT, a leading genetic diagnostic and sequencing company located in Europe. この設計は、既知の融合遺伝子を検出するためだけでなく、新規の融合遺伝子を同定するためにも使用されるものです。

本パネルは、完全なエンドツーエンドのワークフローで卓越したパフォーマンスを実現するために、Twist RNA Library Prep Kit と共に使用するよう最適化され、検証されたものです。RNA ベースのエンリッチメントによる高いキャプチャ効率によって、検出感度が向上しています。本パネルは、治療法の決定や、新規融合遺伝子の発見に基づく腫瘍の分類に役立つ、腫瘍サンプルのスクリーニングに最適です。*

RNA 融合遺伝子を確実に濃縮

  • CeGaT との提携による、専門的なコンテンツ設計
  • Twist RNA Library Prep キットで最適化されたワークフロー
  • Twist コアエンリッチメントテクノロジーでキャプチャ効率を最大化

パネルの設計

  • 160 fusion associated genes with 66 genes in the breakpoint design
  • 7394 Probes
  • さまざまながん種を網羅

*注:The Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB is ISO-13485 certified.

RNA シーケンシング(RNA Fusion)で分子キメラをターゲット化
RNA-seq の力を引き出す:Twist ソリューションによる最適化
RNA シーケンシングにおける最新の応用例

cDNA ライブラリを用いた転写産物バリアント濃縮用 RNA エクソームパネル

Twist RNA-Seq Workflows ソリューション
Twist RNA Exome 製品シート

FFPE サンプルからのバリアントコール用ターゲット RNA シーケンシングワークフローの NSCLC における評価

遺伝子発現および新規融合のための効率的かつエクソンを考慮した RNA キャプチャ

Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel:融合遺伝子リスト
Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel:融合遺伝子ターゲット
Twist RNA Exome

RNA Exome Flyer

Twist Purification Beads 安全データシート
Twist RNA Exome 安全データシート
Twist RNA Library Prep Kit 安全データシート
Twist rRNA and Globin Depletion Kit 安全データシート

UMI Adapter System を用いた Twist RNA Library Preparation
Universal Adapter System を用いた Twist RNA Library Preparation
UMI Adapter System を用いた Twist rRNA and Globin Depletion および RNA Library Preparation
Universal Adapter System を用いた Twist rRNA and Globin Depletion および RNA Library Preparation
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