RNA-Seq ライブラリ調製の概要
Twist の RNA ライブラリ調製ワークフローは、サンプルからライブラリ構築までをわずか 5 時間で完了できるよう最適化されています。全トランスクリプトームライブラリは、網羅的な解析のためのシーケンシングがダイレクトに可能です。RNA Exome、RNA Fusion、または NGS のカバレッジの照準をコーディング領域に絞ったカスタム設計 RNA エンリッチメントパネル用の当社ターゲットエンリッチメントパネルを用いた、Twist RNA ターゲットエンリッチメントワークフローへのインプットとしても利用可能です。単一のアッセイで遺伝子発現解析、融合の検出、コーディングバリアントの同定が可能になります。
RNA-Seq ライブラリ調製ワークフロー
トータル RNA を 1 ng ～ 1 µg の範囲でインプットとして用いてワークフローを開始します。オプションのリボソーム RNA およびグロビン除去モジュールを使用して、不要な RNA 種を除去することも可能です。RNA は断片化された後に cDNA に逆転写され、シングルステップの第 2 鎖合成とポリアデニル化が行われます。時間を節約、手順が効率化されています。最後に、Twist の高品質 UMI またはユニバーサルアダプター（UDI）を用いたライゲーションとその後の増幅により、ライブラリを構築します。
このプロトコルでは、RNA の変換、Twist UMI を用いた cDNA ライブラリ調製など、ターゲットエンリッチメント用のシーケンシングライブラリを構築する手順について詳細にご説明します。
このプロトコルでは、RNA の変換、Twist UDI を用いた cDNA ライブラリ調製など、ターゲットエンリッチメント用のシーケンシングライブラリを構築する手順について詳細にご説明します。
RNA-Seq ライブラリ調製の概要
Twist の RNA ライブラリ調製ワークフローは、サンプルからライブラリ構築までをわずか 5 時間で完了できるよう最適化されています。全トランスクリプトームライブラリは、網羅的な解析のためのシーケンシングがダイレクトに可能です。RNA Exome、RNA Fusion、または NGS のカバレッジの照準をコーディング領域に絞ったカスタム設計 RNA エンリッチメントパネル用の当社ターゲットエンリッチメントパネルを用いた、Twist RNA ターゲットエンリッチメントワークフローへのインプットとしても利用可能です。単一のアッセイで遺伝子発現解析、融合の検出、コーディングバリアントの同定が可能になります。
RNA-Seq ライブラリ調製ワークフロー
トータル RNA を 1 ng ～ 1 µg の範囲でインプットとして用いてワークフローを開始します。オプションのリボソーム RNA およびグロビン除去モジュールを使用して、不要な RNA 種を除去することも可能です。RNA は断片化された後に cDNA に逆転写され、シングルステップの第 2 鎖合成とポリアデニル化が行われます。時間を節約、手順が効率化されています。最後に、Twist の高品質 UMI またはユニバーサルアダプター（UDI）を用いたライゲーションとその後の増幅により、ライブラリを構築します。
このプロトコルでは、RNA の変換、Twist UMI を用いた cDNA ライブラリ調製など、ターゲットエンリッチメント用のシーケンシングライブラリを構築する手順について詳細にご説明します。
このプロトコルでは、RNA の変換、Twist UDI を用いた cDNA ライブラリ調製など、ターゲットエンリッチメント用のシーケンシングライブラリを構築する手順について詳細にご説明します。
RNA Exome
Twist RNA Exome は Twist RNA Library Prep および Twist Target Enrichment と共に使用することができ、FFPE を含むさまざまなソースから抽出された RNA から、トランスクリプトーム解析データを生成できる信頼性の高いツールです。RNA Exome は、同じ数の遺伝子を検出するのに必要なシーケンシングリードの数を低減しつつ、シグナルを増加させます。これにより、生物学的サンプルの転写状態を正確に把握するために重要な低発現ターゲットの検出が可能になります。さらに、RNA Exome におけるエクソンを考慮した設計手法により、一般的な設計手法では見失われかねないアイソフォームやジャンクションを検出することが可能になります。この完全型シーケンシング・ソリューションによって、ヒトトランスクリプトームのタンパク質コード配列について RNA シーケンシングを行うために、非常に複雑かつ均一なシーケンシングリードを作製することができます。
より少ないリードで、より多くをターゲットに
Twist RNA Exome は、下図の通り、FFPE およびユニバーサル・ヒトリファレンス RNA を用いた場合の両方で、さまざまな RNA インプットに対して、より少ないリード数でより多くのターゲットを検出しています。すべてのライブラリは、Twist RNA Library Prep で調製されています。
RNA Exome
Twist RNA Exome は Twist RNA Library Prep および Twist Target Enrichment と共に使用することができ、FFPE を含むさまざまなソースから抽出された RNA から、トランスクリプトーム解析データを生成できる信頼性の高いツールです。RNA Exome は、同じ数の遺伝子を検出するのに必要なシーケンシングリードの数を低減しつつ、シグナルを増加させます。これにより、生物学的サンプルの転写状態を正確に把握するために重要な低発現ターゲットの検出が可能になります。さらに、RNA Exome におけるエクソンを考慮した設計手法により、一般的な設計手法では見失われかねないアイソフォームやジャンクションを検出することが可能になります。この完全型シーケンシング・ソリューションによって、ヒトトランスクリプトームのタンパク質コード配列について RNA シーケンシングを行うために、非常に複雑かつ均一なシーケンシングリードを作製することができます。
より少ないリードで、より多くをターゲットに
Twist RNA Exome は、下図の通り、FFPE およびユニバーサル・ヒトリファレンス RNA を用いた場合の両方で、さまざまな RNA インプットに対して、より少ないリード数でより多くのターゲットを検出しています。すべてのライブラリは、Twist RNA Library Prep で調製されています。
RNA Fusion
融合遺伝子は多くの場合、さまざまながん種で、発がん性のドライバー変異として作用します。融合遺伝子を迅速かつ正確に検出することによって、臨床的対応が促され、治療方針の決定を後押しします。Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit は RNA ベースのエンリッチメントパネルであり、融合遺伝子を調べるために、従来の方法よりも標的を絞った感度の高いアプローチを提供するものです。
本パネルには、約 30 種のがんに関連付けられている 160 種類の融合遺伝子が含まれています。この融合遺伝子は、遺伝子診断およびシーケンシング分野で欧州を代表する企業である CeGaT によって選定されたものです。この設計は、既知の融合遺伝子を検出するためだけでなく、新規の融合遺伝子を同定するためにも使用されるものです。
本パネルは、完全なエンドツーエンドのワークフローで卓越したパフォーマンスを実現するために、Twist RNA Library Prep Kit と共に使用するよう最適化され、検証されたものです。RNA ベースのエンリッチメントによる高いキャプチャ効率によって、検出感度が向上しています。本パネルは、治療法の決定や、新規融合遺伝子の発見に基づく腫瘍の分類に役立つ、腫瘍サンプルのスクリーニングに最適です。*
パネルの設計
- 160 種類の融合遺伝子（うち 66 種類はブレイクポイント設計における遺伝子）
- 7394 種類のプローブ
- さまざまながん種を網羅
*注：Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel, 3 MB は、ISO-13485 認証取得済みです。
お客様の声
RNA Fusion
CeGaTでは、クライアントの皆様に包括的で、安価な腫瘍診断を提供したいと考えています。Twist ターゲットエンリッチメントテクノロジーは堅牢なワークフローであり、ラボにおけるハイスループットなワークフローにおいて、80 を超える治療対応可能な融合遺伝子変異を有する患者由来サンプルについて正確な解析を可能にします。アンプリコンベースのワークフローに伴うアレルドロップアウトの問題を回避することができます。私たち自身による検証で、このパネルを用いたことで、臨床的に対処可能な結果が得られ、治療の決定に役立つことが分かりました。**
Florian Battke 博士、CeGaT GmbH 開発担当ディレクター
** 免責事項：本結果は、取得された研究機関に固有のものであり、他の研究機関の結果を必ずしも反映しない可能性があります。
RNA Fusion
融合遺伝子は多くの場合、さまざまながん種で、発がん性のドライバー変異として作用します。融合遺伝子を迅速かつ正確に検出することによって、臨床的対応が促され、治療方針の決定を後押しします。Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit は RNA ベースのエンリッチメントパネルであり、融合遺伝子を調べるために、従来の方法よりも標的を絞った感度の高いアプローチを提供するものです。
本パネルには、約 30 種のがんに関連付けられている 160 種類の融合遺伝子が含まれています。この融合遺伝子は、遺伝子診断およびシーケンシング分野で欧州を代表する企業である CeGaT によって選定されたものです。この設計は、既知の融合遺伝子を検出するためだけでなく、新規の融合遺伝子を同定するためにも使用されるものです。
本パネルは、完全なエンドツーエンドのワークフローで卓越したパフォーマンスを実現するために、Twist RNA Library Prep Kit と共に使用するよう最適化され、検証されたものです。RNA ベースのエンリッチメントによる高いキャプチャ効率によって、検出感度が向上しています。本パネルは、治療法の決定や、新規融合遺伝子の発見に基づく腫瘍の分類に役立つ、腫瘍サンプルのスクリーニングに最適です。*
パネルの設計
- 160 種類の融合遺伝子（うち 66 種類はブレイクポイント設計における遺伝子）
- 7394 種類のプローブ
- さまざまながん種を網羅
*注：Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel, 3 MB は、ISO-13485 認証取得済みです。
お客様の声
RNA Fusion
CeGaTでは、クライアントの皆様に包括的で、安価な腫瘍診断を提供したいと考えています。Twist ターゲットエンリッチメントテクノロジーは堅牢なワークフローであり、ラボにおけるハイスループットなワークフローにおいて、80 を超える治療対応可能な融合遺伝子変異を有する患者由来サンプルについて正確な解析を可能にします。アンプリコンベースのワークフローに伴うアレルドロップアウトの問題を回避することができます。私たち自身による検証で、このパネルを用いたことで、臨床的に対処可能な結果が得られ、治療の決定に役立つことが分かりました。**
Florian Battke 博士、CeGaT GmbH 開発担当ディレクター
** 免責事項：本結果は、取得された研究機関に固有のものであり、他の研究機関の結果を必ずしも反映しない可能性があります。
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製品シート
アプリケーションノート
テクニカルノート
データファイル
安全データシート
プロトコル
プロトコル
Universal Adapter System を用いた Twist rRNA and Globin Depletion および RNA Library Preparation
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Universal Adapter System を用いた Twist rRNA and Globin Depletion および RNA Library Preparation
