CNV 検出を改善
エクソームシーケンス解析は、ゲノムのタンパク質コード領域(ヒトゲノムにおける全塩基数のおよそ 1 ~ 2%)を解析する強力な手法です。そのため全ゲノムシーケンス解析より効率的に遺伝子解析を行うことができますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数多型(CNV)の検出が難しい場合があります。
CNV は多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしていますが、標準的なエクソームシーケンス解析では CNV を高い信頼性で同定するのに必要な等間隔のプローブが不足しています。
Twist CNV Backbone Spike-in Panels は、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することで CNV 検出を改善できるよう設計されています。これらのパネルは 100 kb、50 kb、25 kb という 3 種類の解像度で利用可能なため、研究者は目的に合わせて CNV 解析を微調整できます。
CNV Backbone Spike-in Panels をエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちのエクソームパネルに混ぜ、Twist の標準ターゲットエンリッチメントプロトコルに従うだけです。
必要な CNV 解像度をご選択ください
CNV Backbone Spike-in Panel: |
25 kb |
50 kb |
100 kb |
|
パネル設計サイズ(Mb) |
8.32 |
3.33 |
1.39 |
|
コールされた SNV・INDEL 数 |
265138 |
207765 |
181956 |
|
コールされたすべての CNV 数 |
472 |
446 |
411 |
|
50 kb 未満の CNV 数 |
417 |
385 |
361 |
|
Mean Target Coverage |
150 |
171 |
161 |
表1. Twist CNV Backbone Spike-in Panels のデータ例。 CNV を含むことがわかっている特性解析済みのサンプルセット (1) と、12 名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000 で 2 × 150 リードのシーケンシングを実施しました。Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Spike-in にスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとの SNV・INDEL・CNV の平均コール数とシーケンシング深度を測定しました。CNV コールは市販のソフトウェアソリューション (2) を用いて行いました。
(1) Coriell Institute の CNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。
CNV 検出を改善
エクソームシーケンス解析は、ゲノムのタンパク質コード領域(ヒトゲノムにおける全塩基数のおよそ 1 ~ 2%)を解析する強力な手法です。そのため全ゲノムシーケンス解析より効率的に遺伝子解析を行うことができますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数多型(CNV)の検出が難しい場合があります。
CNV は多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしていますが、標準的なエクソームシーケンス解析では CNV を高い信頼性で同定するのに必要な等間隔のプローブが不足しています。
Twist CNV Backbone Spike-in Panels は、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することで CNV 検出を改善できるよう設計されています。これらのパネルは 100 kb、50 kb、25 kb という 3 種類の解像度で利用可能なため、研究者は目的に合わせて CNV 解析を微調整できます。
CNV Backbone Spike-in Panels をエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちのエクソームパネルに混ぜ、Twist の標準ターゲットエンリッチメントプロトコルに従うだけです。
必要な CNV 解像度をご選択ください
CNV Backbone Spike-in Panel: |
25 kb |
50 kb |
100 kb |
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パネル設計サイズ(Mb) |
8.32 |
3.33 |
1.39 |
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コールされた SNV・INDEL 数 |
265138 |
207765 |
181956 |
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コールされたすべての CNV 数 |
472 |
446 |
411 |
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50 kb 未満の CNV 数 |
417 |
385 |
361 |
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Mean Target Coverage |
150 |
171 |
161 |
表1. Twist CNV Backbone Spike-in Panels のデータ例。 CNV を含むことがわかっている特性解析済みのサンプルセット (1) と、12 名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000 で 2 × 150 リードのシーケンシングを実施しました。Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Spike-in にスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとの SNV・INDEL・CNV の平均コール数とシーケンシング深度を測定しました。CNV コールは市販のソフトウェアソリューション (2) を用いて行いました。
(1) Coriell Institute の CNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。
110756
Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110757
Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit110758
Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110759
Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit110760
Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110761
Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit104132
Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit104134
Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit104136
Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit105034
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions105035
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions105036
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。
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Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110757
Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit110758
Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110759
Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit110760
Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit110761
Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit104132
Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit104134
Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit104136
Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit105034
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions105035
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions105036
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。
プロトコル
Library Preparation EF 2.0 with Enzymatic Fragmentation and Twist Universal Adapter System
