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概要

CNV 検出を改善

エクソームシーケンス解析は、ゲノムのタンパク質コード領域(ヒトゲノムにおける全塩基数のおよそ 1 ~ 2%)を解析する強力な手法です。そのため全ゲノムシーケンス解析より効率的に遺伝子解析を行うことができますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数多型(CNV)の検出が難しい場合があります。

CNV は多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしていますが、標準的なエクソームシーケンス解析では CNV を高い信頼性で同定するのに必要な等間隔のプローブが不足しています。

Twist CNV Backbone Spike-in Panels は、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することで CNV 検出を改善できるよう設計されています。これらのパネルは 100 kb、50 kb、25 kb という 3 種類の解像度で利用可能なため、研究者は目的に合わせて CNV 解析を微調整できます。

CNV Backbone Spike-in Panels をエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちのエクソームパネルに混ぜ、Twist の標準ターゲットエンリッチメントプロトコルに従うだけです。

CNV の解像度を微調整
CNV の解像度を微調整
100 kb(低解像度)、50 kb(中解像度)、25 kb(高解像度)から選択可能
遺伝子間領域に戦略的にプローブをタイリングすることで、CNV 検出を強化
エクソームパネルに容易にスパイクインするだけで、全エクソームシーケンス解析を改善
シームレスな統合
Twist エクソームソリューションとのシームレスな統合
Twist Exome 2.0 + Comprehensive Spike-in Panel との併用を想定して設計
2 反応(16 サンプル)と 12 反応(96 サンプル)のサイズでご利用可能

必要な CNV 解像度をご選択ください

CNV Backbone Spike-in Panel:
25 kb
50 kb
100 kb

パネル設計サイズ(Mb)

8.32

3.33

1.39

コールされた SNV・INDEL 数

265138

207765

181956

コールされたすべての CNV 数

472

446

411

50 kb 未満の CNV 数

417

385

361

Mean Target Coverage

150

171

161

 

表1. Twist CNV Backbone Spike-in Panels のデータ例。 CNV を含むことがわかっている特性解析済みのサンプルセット (1) と、12 名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000 で 2 × 150 リードのシーケンシングを実施しました。Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Spike-in にスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとの SNV・INDEL・CNV の平均コール数とシーケンシング深度を測定しました。CNV コールは市販のソフトウェアソリューション (2) を用いて行いました。
 

(1) Coriell Institute の CNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。 

CNV 検出を改善

エクソームシーケンス解析は、ゲノムのタンパク質コード領域(ヒトゲノムにおける全塩基数のおよそ 1 ~ 2%)を解析する強力な手法です。そのため全ゲノムシーケンス解析より効率的に遺伝子解析を行うことができますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数多型(CNV)の検出が難しい場合があります。

CNV は多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしていますが、標準的なエクソームシーケンス解析では CNV を高い信頼性で同定するのに必要な等間隔のプローブが不足しています。

Twist CNV Backbone Spike-in Panels は、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することで CNV 検出を改善できるよう設計されています。これらのパネルは 100 kb、50 kb、25 kb という 3 種類の解像度で利用可能なため、研究者は目的に合わせて CNV 解析を微調整できます。

CNV Backbone Spike-in Panels をエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちのエクソームパネルに混ぜ、Twist の標準ターゲットエンリッチメントプロトコルに従うだけです。

CNV の解像度を微調整
CNV の解像度を微調整
100 kb(低解像度)、50 kb(中解像度)、25 kb(高解像度)から選択可能
遺伝子間領域に戦略的にプローブをタイリングすることで、CNV 検出を強化
エクソームパネルに容易にスパイクインするだけで、全エクソームシーケンス解析を改善
シームレスな統合
Twist エクソームソリューションとのシームレスな統合
Twist Exome 2.0 + Comprehensive Spike-in Panel との併用を想定して設計
2 反応(16 サンプル)と 12 反応(96 サンプル)のサイズでご利用可能

必要な CNV 解像度をご選択ください

CNV Backbone Spike-in Panel:
25 kb
50 kb
100 kb

パネル設計サイズ(Mb)

8.32

3.33

1.39

コールされた SNV・INDEL 数

265138

207765

181956

コールされたすべての CNV 数

472

446

411

50 kb 未満の CNV 数

417

385

361

Mean Target Coverage

150

171

161

 

表1. Twist CNV Backbone Spike-in Panels のデータ例。 CNV を含むことがわかっている特性解析済みのサンプルセット (1) と、12 名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000 で 2 × 150 リードのシーケンシングを実施しました。Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Spike-in にスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとの SNV・INDEL・CNV の平均コール数とシーケンシング深度を測定しました。CNV コールは市販のソフトウェアソリューション (2) を用いて行いました。
 

(1) Coriell Institute の CNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。 

ご注文
高解像度:

110756

Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110757

Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
中解像度:

110758

Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110759

Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
低解像度:

110760

Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110761

Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
エクソームパネル

104132

Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit

104134

Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit

104136

Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit

105034

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions

105035

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions

105036

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions

*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。 

高解像度:

110756

Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110757

Twist 25kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
中解像度:

110758

Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110759

Twist 50kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
低解像度:

110760

Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 2 Reaction kit

110761

Twist 100kb CNV Backbone Spike-in Panel, 12 Reaction kit
エクソームパネル

104132

Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit

104134

Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit

104136

Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit

105034

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions

105035

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions

105036

Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions

*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。 

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