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Twist Bioscience本社
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080
3,000 を超えるユニークデュアルインデックスを用いた NGS のスループット向上
AGBT 2022 でのポスター発表
市販されているユニークデュアルインデックス（UDI）のプライマーペアの数は依然として限られており、1,536 組を超える UDI ペアの市販品はほとんどありません。シーケンシング能力が増加し続ける時代において、これは不必要にサンプルのスループットを制限し、サンプルあたりのコストを増加させることになります。こうした制限に対処するため、 Twist Bioscience は、大規模な実験においてより高いサンプルスループットを可能にする一連の新しい 3,072 組の UDI を開発しました。
バーコードとバーコードの相互作用は指数関数的であるため、大規模なバーコードのセットを設計することは困難な場合があります。Twist の設計手法には、（i）洗練されたインデックスデザイン、（ii）インデックスペアを、塩基とカラーチャンネルのバランスがとれたビンにサブセット、（iii）複数のシーケンシングプラットフォームにおける各インデックスペアの実証的な検証、が含まれます。このアプローチにより、本稿で紹介している大規模かつ高性能な UDI プライマーのセットを作製することができました。
