融合遺伝子は、元来独立していた2つの遺伝子のコーディング領域が結合して発生する遺伝子構造変異の結果物であり、がん発生の主要な要因となります。融合遺伝子の多くのイベントが臨床上関連性があると分類されており、前立腺がんのTMPRSS2-ERGなどの診断上、および非小細胞がんのCD74-ROS1やEML4-ALKなどの治療上の療法のどちらの標的ともなり得ます。早期発見の臨床上の利点があることが考えられることから、このような融合遺伝子のRNA転写をバイオマーカーとして使用してがんを検出する好感度かつ正確な診断アッセイの開発は大きな関心を集めています。このような診断用アッセイの開発における大きな障壁は、アッセイ開発と分析検証で使用する、信頼性が高く再生可能な融合遺伝子ポジティブコントロールがないことです。

 ここでは、選択されたRNAバックグラウンドにスパイクする、またはスタンドアロンのポジティブコントロールとして使用するために設計された、高度に多重化されたポジティブコントロールであるTwist Pan-cancer RNA Fusion Controlの開発とパフォーマンスについてご説明します。Twist Pan-cancer RNA Fusion Controlでは、分析検証とアッセイ開発のために、80以上の一般的ながんや希少がんの多様な標的が用意されています。合成RNAは、RNA 5′-の750塩基と融合ジャンクションの3′の既知かつ確立されている融合部位を中心に設計されており、ショートリードのシーケンシングとqPCR実験のどちらにも適しています。プールされた合成融合RNAは定量化され、プールされ、類似のモル比に正規化され、NGSにより均一性が解析され、高精度なプール濃度を確立するためにddPCRされます。最後に、融合検出NGS実験では、融合イベントの90%リコールレート（QC中は100%リコールレート）を記録し、これはパネルの寄与とバイオインフォマティクスに基づく検出方法、さらにコントロールの重要性を示しています。

 Pan-cancer RNA Fusion Controlは、スパイクインまたはスタンドアロンのポジティブコントロールとして機能するように設計されており、Twist Targeted Enrichment for Gene Expressionソリューション内の臨床上関連性のあるターゲットエンリッチメント（TE）パネルと特異的にペアを作ることができます。このRNA融合のコントロールサンプルポジティブは、qPCRワークフローとNGSワークフローの両方に適用し、パネル・プローブセットを検証したり、検出限界を確立したり、進行中のアッセイのパフォーマンスをモニターしたりすることができます。Twist Pan-cancer RNA Fusion Controlは、様々ながん関連融合転写に対する標準物質を求めるアッセイ開発者にとって、最適なワンストップソリューションです。