Depuis dix ans, les techniques de séquençage haut-débit ont montré l’incroyable complexité du transcriptome humain, révélant une nouvelle classe d’ARN : les longs ARN non codants (lncARN). Depuis, leur expression a été démontré comme spécifique au type cellulaire ou aux variations pathologiques, et c’est notamment le cas du cancer où ils sont fortement dérégulés. Cependant, les mécanismes par lesquelles ils agissent dans le développement tumoral restent peu caractérisés. Aussi, ce projet vise à faire une caractérisation fonctionnelle des lncARN dans la transition épithélio-mésenchymateuse (TEM), un processus biologique associé à la métastase.A partir d’un modèle unique de TEM (Castro-Vega et al, 2013), l’analyse transcriptomique de fractions subcellulaires (cytoplasme et chromatine) ont permis d’identifier une signature de lncARN différentiellement exprimés dans les cellules épithéliales ou mésenchymateuses. Leur expression et localisation subcellulaire a ensuite été confirmé. Aussi, l’annotation de ces nouveaux transcrits a été validée par l’analyse des marques d’histones associées à leur régulation.Dans le but de déterminer quels lncARN identifiés sont fonctionnels dans la TEM, un crible d’activation par CRISPR (CRISPRa à l’échelle du génome a été mis au point en collaboration avec Neville Sanjana (NYU) pour activer l’expression de lncARN et définir leur rôle au travers de deux phénotypes associés à la TEM : les capacités d’invasion des cellules et les variations d’expression d’un marqueur de surface associée à l’identité épithéliale (EpCAM).En plus du crible, un nouveau lncARN a été identifié dans les cellules mésenchymateuses et sa caractérisation fonctionnelle a montré que son expression conduit à une perte de certains marqueurs épithéliaux ainsi qu’une augmentation drastique des capacités migratoires, lorsqu’il est surexprimé dans les cellules épithéliales.Pour résumer, de multiples approches haut-débit ont été utilisées pour caractériser le transcriptome non-codant associé à la transition épithélio-mésenchymateuse et ont permis d’identifier de nouveaux longs ARN non codants impliqués dans sa régulation.