Un panel d'exomes ARN utilisé pour enrichir les variants de transcription à l'aide de banques d'ADNc

Le séquençage de l'ARN total permet d'afficher de manière relativement impartiale l'état transcriptionnel d'une population de cellules. Cependant, la plupart des expériences de séquençage de l'ARN total doivent faire face à un grand nombre de lectures qui ne sont pas utiles pour l'analyse de l'expression des gènes. Nous présentons ici des expériences de séquençage par capture à l'aide du nouveau RNA Exome panel de Twist, qui utilise une nouvelle stratégie de conception pour cibler spécifiquement chaque isoforme codant pour une protéine dans Gencode v41 Basic. Nous évaluons les performances de l'exome ARN sur l'ARN dégradé, dans les applications d'expression différentielle et dans sa capacité à capturer de nouveaux variants de transcription. Dans l'ensemble, nous apportons la preuve que la solution d'enrichissement ciblé Twist pour l'expression des gènes est un moyen efficace de dresser le profil de l'expression des gènes et de détecter les fusions de gènes.

Traité dans cette affiche
Description de la nouvelle stratégie de conception tenant compte des exons
Données de performance pour l'exome ARN sur des échantillons d'ARN dégradés et à faible débit de masse
Performance dans l'expression différentielle et dans l'application de détection des variantes de fusion
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