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PRÉSENTATION DÉTECTION DE VIRUS ANALYSE DES DONNÉES COMMANDES ET SPÉCIFICATIONS RESSOURCES
PRÉSENTATION

La pandémie de Coronavirus a suscité une réponse rapide des équipes de recherche et de traitement du monde entier. Ces équipes de chercheurs ont besoin d’outils génomiques solides et fiables pour classifier et caractériser les échantillons de virus. Twist propose des panels d’enrichissement de cibles pour NGS « Uniquement à usage de recherche » (RUO) pour la détection et la caractérisation du virus SARS-CoV-2. Le panel cible environ 30 kb de génome viral avec environ 1 000 sondes, conçues contre le génome du SARS-CoV-2 (GenBank : MN908947.3).

Détection
Détection extrêmement précise
Détection de seulement 10 copies de matériel viral avec un enrichissement > 100 000.
Séquençage
Plus d’informations sur les séquences
Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus.
Capacité d’identifier les mutations virales
surveillance
Utilisation pour le contrôle et la surveillance de l’environnement
Évaluation de l’évolution virale dans le temps
Suivi de l’origine des souches et des schémas de transmission
Quand la détection ne suffit pas

Présentation de l’analyse NGS du SARS-CoV-2 - Le protocole RUO est une analyse hautement sensible d’hybridation d’acide nucléique basée sur capture et réservée à la recherche qui est utilisée pour la détection, la caractérisation et la surveillance environnementale du virus du SARS-CoV-2. Il s’appuie sur la capacité unique de Twist Bioscience à rapidement développer des panels spécifiques à des virus par synthèse d’ADN et sur le logiciel d’analyse exhaustive de données et les capacités de production de rapports (COVID-DX (v1.0)) de Biotia. 

  • Niveau de détection sensible de seulement 800 copies virales par ml dans chaque spécimen 
  • Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus. 
  • Capacité d’identifier les nouvelles mutations virales 
  • Le rapport analytique du logiciel RUO fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour la surveillance épidémiologique  
     

Twist avec le logiciel d’analyse Biotia

 

La pandémie de Coronavirus a suscité une réponse rapide des équipes de recherche et de traitement du monde entier. Ces équipes de chercheurs ont besoin d’outils génomiques solides et fiables pour classifier et caractériser les échantillons de virus. Twist propose des panels d’enrichissement de cibles pour NGS « Uniquement à usage de recherche » (RUO) pour la détection et la caractérisation du virus SARS-CoV-2. Le panel cible environ 30 kb de génome viral avec environ 1 000 sondes, conçues contre le génome du SARS-CoV-2 (GenBank : MN908947.3).

Détection
Détection extrêmement précise
Détection de seulement 10 copies de matériel viral avec un enrichissement > 100 000.
Séquençage
Plus d’informations sur les séquences
Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus.
Capacité d’identifier les mutations virales
surveillance
Utilisation pour le contrôle et la surveillance de l’environnement
Évaluation de l’évolution virale dans le temps
Suivi de l’origine des souches et des schémas de transmission
Quand la détection ne suffit pas

Présentation de l’analyse NGS du SARS-CoV-2 - Le protocole RUO est une analyse hautement sensible d’hybridation d’acide nucléique basée sur capture et réservée à la recherche qui est utilisée pour la détection, la caractérisation et la surveillance environnementale du virus du SARS-CoV-2. Il s’appuie sur la capacité unique de Twist Bioscience à rapidement développer des panels spécifiques à des virus par synthèse d’ADN et sur le logiciel d’analyse exhaustive de données et les capacités de production de rapports (COVID-DX (v1.0)) de Biotia. 

  • Niveau de détection sensible de seulement 800 copies virales par ml dans chaque spécimen 
  • Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus. 
  • Capacité d’identifier les nouvelles mutations virales 
  • Le rapport analytique du logiciel RUO fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour la surveillance épidémiologique  
     

Twist avec le logiciel d’analyse Biotia

 

DÉTECTION DE VIRUS

NGS pour la détection des virus

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet une identification spécifique et à haut débit des infections dans les échantillons, notamment le sang, les écouvillons nasaux, les matières fécales, etc. Dans le cas d’infections virales, cependant, le séquençage direct peut représenter un enjeu en raison de la concentration extrêmement faible des virus d’intérêt et de la présence d’un bruit de fond élevé provenant de l’hôte La capture de cible qui fait appel à des sondes d’hybridation basées sur l’ADN pour isoler des séquences spécifiques à partir d’un échantillon génomique mixte, peut augmenter la sensibilité et la spécificité des recherches basées sur le NGS.

Haute sensibilité grâce à une conception efficace

La capture de cible hautement sensible et précise de Twist permet une détection efficace de l’ARN viral. Nous démontrons la capacité de l’enrichissement ciblé à capturer et à détecter le génome viral à des nombres variables de copies virales ajoutées à l’ARN de référence humain. À une charge virale élevée (environ 1 million de copies), le génome complet est récupéré même avec seulement 25 000 lectures. Alors que pour un nombre de copies plus faible, la couverture de grandes parties du modèle viral est maintenue. Aucune lecture du contrôle négatif ne correspond à la matrice virale, même en utilisant 8 millions de lectures mappées, ce qui démontre que notre détection à 10 copies représente une véritable capture et non une contamination de fond.  Pour en savoir plus, consultez la note de l’application.

*Avec COVID-Dx, 1 million de lectures sont nécessaires pour l’analyse.

NGS SARS-CoV-2 Panel de recherche Couverture du génome
Flux de travail facile de l’ARN purifié au séquençage

Le panel de recherche Twist SARS-CoV-2 est fourni avec un protocole simple à suivre depuis les échantillons d’ARN purifiés jusqu’au séquençage avec des composants facilement disponibles.

Flux de travail du panel de recherche SARS-CoV-2 par NGS

NGS pour la détection des virus

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet une identification spécifique et à haut débit des infections dans les échantillons, notamment le sang, les écouvillons nasaux, les matières fécales, etc. Dans le cas d’infections virales, cependant, le séquençage direct peut représenter un enjeu en raison de la concentration extrêmement faible des virus d’intérêt et de la présence d’un bruit de fond élevé provenant de l’hôte La capture de cible qui fait appel à des sondes d’hybridation basées sur l’ADN pour isoler des séquences spécifiques à partir d’un échantillon génomique mixte, peut augmenter la sensibilité et la spécificité des recherches basées sur le NGS.

Haute sensibilité grâce à une conception efficace

La capture de cible hautement sensible et précise de Twist permet une détection efficace de l’ARN viral. Nous démontrons la capacité de l’enrichissement ciblé à capturer et à détecter le génome viral à des nombres variables de copies virales ajoutées à l’ARN de référence humain. À une charge virale élevée (environ 1 million de copies), le génome complet est récupéré même avec seulement 25 000 lectures. Alors que pour un nombre de copies plus faible, la couverture de grandes parties du modèle viral est maintenue. Aucune lecture du contrôle négatif ne correspond à la matrice virale, même en utilisant 8 millions de lectures mappées, ce qui démontre que notre détection à 10 copies représente une véritable capture et non une contamination de fond.  Pour en savoir plus, consultez la note de l’application.

*Avec COVID-Dx, 1 million de lectures sont nécessaires pour l’analyse.

NGS SARS-CoV-2 Panel de recherche Couverture du génome
Flux de travail facile de l’ARN purifié au séquençage

Le panel de recherche Twist SARS-CoV-2 est fourni avec un protocole simple à suivre depuis les échantillons d’ARN purifiés jusqu’au séquençage avec des composants facilement disponibles.

Flux de travail du panel de recherche SARS-CoV-2 par NGS
ANALYSE DES DONNÉES

Biotia Analysis

Le panel de recherche Twist SARS-CoV-2 a été associé à des réactifs et des analyses supplémentaires pour créer une solution de bout en bout, de la collecte des échantillons à l’analyse tertiaire, aboutissant à l’analyse NGS SARS-CoV-2.

Le logiciel Biotia COVID-DX (v1.0) permet d’obtenir un rapport axé sur la recherche qui comprend la séquence complète du virus SARS-CoV-2, ce qui permet de mieux comprendre les mutations, les variations génétiques et l’évolution du virus lors de sa transmission. Les fichiers FASTQ (résultats du séquençage) peuvent être générés dans les laboratoires et soumis à Biotia COVID-DX (v1.0), un logiciel basé sur le cloud, pour générer des rapports destinés à la recherche uniquement. L’achat de tout kit d’analyse NGS SARS-CoV-2 comprend des crédits pour l’analyse bio-informatique COVID-DX (v1.0) de chaque échantillon. 

Pour recevoir des crédits d’analyse Biotia, il suffit de s’inscrire sur le portail des utilisateurs Biotia via www.biotia.io et d’entrer le numéro de commande unique qui vous a été envoyé par courriel après avoir passé votre commande. Ces crédits donnent accès à des analyses d’échantillons grâce au système de génération de rapports du logiciel.

Identification des variants génétiques

Les variants génétiques sont déterminés en comparant la souche testée au génome de référence du SARS-CoV-2 (NC_045512.2) et en indiquant l’emplacement/site du gène, l’altération et les notes explicatives, le cas échéant. 

 

SARS-CoV-2 détecté Gène Site (bp) Altération Valeur de référence
Oui GORF1ab 241 T Non détecté
Oui ORF1ab 478 T Non détecté
Oui ORF1ab 3 037 T Non détecté
Oui ORF1ab 14408* T Non détecté
Oui ORF1ab 18877 T Non détecté
Oui S 23403 G Non détecté
Oui 3a 25563 T Non détecté
Oui 3’UTR 29759 C Non détecté

 

Les résultats des séquences sont cartographiés sur l’ensemble du génome.

Le pourcentage du génome du SARS-CoV-2 récupéré dans votre échantillon testé et les variants génétiques identifiés par rapport au génome de référence sont indiqués. La proportion de variants génétiques connus des souches de SARS-CoV-2 provenant du monde entier est indiquée (en bas).

Les résultats des séquences sont cartographiés sur l’ensemble du génome.
Analyse phylogénétique et suivi de la surveillance.

L’échantillon testé est plus étroitement lié au clade 20 A.

Ce clade est présent de manière très fréquente parmi les échantillons séquencés aux États-Unis, en Belgique et en France.

Analyse phylogénétique et suivi de la surveillance.

Biotia Analysis

Le panel de recherche Twist SARS-CoV-2 a été associé à des réactifs et des analyses supplémentaires pour créer une solution de bout en bout, de la collecte des échantillons à l’analyse tertiaire, aboutissant à l’analyse NGS SARS-CoV-2.

Le logiciel Biotia COVID-DX (v1.0) permet d’obtenir un rapport axé sur la recherche qui comprend la séquence complète du virus SARS-CoV-2, ce qui permet de mieux comprendre les mutations, les variations génétiques et l’évolution du virus lors de sa transmission. Les fichiers FASTQ (résultats du séquençage) peuvent être générés dans les laboratoires et soumis à Biotia COVID-DX (v1.0), un logiciel basé sur le cloud, pour générer des rapports destinés à la recherche uniquement. L’achat de tout kit d’analyse NGS SARS-CoV-2 comprend des crédits pour l’analyse bio-informatique COVID-DX (v1.0) de chaque échantillon. 

Pour recevoir des crédits d’analyse Biotia, il suffit de s’inscrire sur le portail des utilisateurs Biotia via www.biotia.io et d’entrer le numéro de commande unique qui vous a été envoyé par courriel après avoir passé votre commande. Ces crédits donnent accès à des analyses d’échantillons grâce au système de génération de rapports du logiciel.

Identification des variants génétiques

Les variants génétiques sont déterminés en comparant la souche testée au génome de référence du SARS-CoV-2 (NC_045512.2) et en indiquant l’emplacement/site du gène, l’altération et les notes explicatives, le cas échéant. 

 

SARS-CoV-2 détecté Gène Site (bp) Altération Valeur de référence
Oui GORF1ab 241 T Non détecté
Oui ORF1ab 478 T Non détecté
Oui ORF1ab 3 037 T Non détecté
Oui ORF1ab 14408* T Non détecté
Oui ORF1ab 18877 T Non détecté
Oui S 23403 G Non détecté
Oui 3a 25563 T Non détecté
Oui 3’UTR 29759 C Non détecté

 

Les résultats des séquences sont cartographiés sur l’ensemble du génome.

Le pourcentage du génome du SARS-CoV-2 récupéré dans votre échantillon testé et les variants génétiques identifiés par rapport au génome de référence sont indiqués. La proportion de variants génétiques connus des souches de SARS-CoV-2 provenant du monde entier est indiquée (en bas).

Les résultats des séquences sont cartographiés sur l’ensemble du génome.
Analyse phylogénétique et suivi de la surveillance.

L’échantillon testé est plus étroitement lié au clade 20 A.

Ce clade est présent de manière très fréquente parmi les échantillons séquencés aux États-Unis, en Belgique et en France.

Analyse phylogénétique et suivi de la surveillance.
Commandes et spécifications
UGS PRODUIT - PRÉP. BANQUE + RÉACTIFS + PANEL DE RECHERCHE + BIOTIA

104796

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 16 échantillons

104797

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 96 échantillons

104799

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 768 échantillons
CODE PRODUIT - PANEL DE RECHERCHE + BIOTIA

103564

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 réactions, Kit

103566

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 réactions, Kit

103567

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 réactions, Kit
CODE PRODUIT - PANEL DE RECHERCHE

102016

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 2 réactions, Kit

102017

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 12 réactions, Kit

102018

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 96 réactions, Kit

Les contrôles synthétiques SARS-CoV-2 ARN de Twist sont destinés à la recherche uniquement et sont soumis à des restrictions d’utilisation supplémentaires, comme indiqué dans les Conditions d’approvisionnement de Twist.

UGS PRODUIT - PRÉP. BANQUE + RÉACTIFS + PANEL DE RECHERCHE + BIOTIA

104796

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 16 échantillons

104797

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 96 échantillons

104799

Analyse NGS du SARS-CoV-2 Twist - RUO, 768 échantillons
CODE PRODUIT - PANEL DE RECHERCHE + BIOTIA

103564

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 réactions, Kit

103566

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 réactions, Kit

103567

Twist SARS-CoV-2 Panel de recherche + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 réactions, Kit
CODE PRODUIT - PANEL DE RECHERCHE

102016

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 2 réactions, Kit

102017

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 12 réactions, Kit

102018

Panel de recherche SARS-CoV-2 Twist, 96 réactions, Kit

Les contrôles synthétiques SARS-CoV-2 ARN de Twist sont destinés à la recherche uniquement et sont soumis à des restrictions d’utilisation supplémentaires, comme indiqué dans les Conditions d’approvisionnement de Twist.

RESSOURCES