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PRÉSENTATION
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Présentation 

Voici Twist Alliance, une collection de panels d’enrichissement ciblé de qualité conçus en partenariat avec des institutions scientifiques de premier plan. 

Combinant la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist avec l’expertise sectorielle approfondie de nos partenaires scientifiques, les panels Twist Alliance sont prêts à l’emploi pour accélérer vos recherches. Pourquoi consacrer du temps à concevoir des panels quand des experts l’ont déjà fait pour vous ?

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Voici Twist Alliance, une collection de panels d’enrichissement ciblé de qualité conçus en partenariat avec des institutions scientifiques de premier plan. 

Combinant la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist avec l’expertise sectorielle approfondie de nos partenaires scientifiques, les panels Twist Alliance sont prêts à l’emploi pour accélérer vos recherches. Pourquoi consacrer du temps à concevoir des panels quand des experts l’ont déjà fait pour vous ?

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Découvrir nos panels

Alliant l’expertise de plusieurs disciplines pour un enrichissement ciblé de meilleure qualité, les panels Twist Alliance sont conçus pour vous donner une longueur d’avance dans des domaines allant du diagnostic du cancer au dépistage des porteurs. Si aucun des panels ne correspond à vos besoins, sachez que chacun d’entre eux peut être personnalisé avec une couverture adaptée. Êtes-vous intéressé par un partenariat avec nous afin de commercialiser un nouveau panel ? Nous contacter

Vous éviter le cycle conception, construction, test, apprentissage.

Panel SNP de la diversité Twist Alliance

Les outils traditionnels de génotypage présentent un problème récurrent : leur biais pour un petit nombre d’ethnies ; ce qui génère des parts importantes de l’humanité sous-représentées dans les processus de génotypage par séquençage (GBS). À titre d’exemple, les plateformes de microréseaux n’offrent qu’un contenu fixe mis à jour occasionnellement, ce qui aggrave ce défi.

Les chercheurs peuvent résoudre ces inefficacités et inégalités par le biais de processus NGS basés sur la capture de cibles avec des panels de sondes conçus pour plus de diversité et de flexibilité.

Dans le cadre du portefeuille croissant de Twist sur le GBS ciblé, le panel SNP de la diversité Twist offre aux chercheurs une nouvelle référence flexible et neutre sur le plan ethnique à utiliser pour le GBS.

Les scientifiques peuvent utiliser le panel comme panel de génotypage autonome ou comme spike-in dans le panel Twist Human Comprehensive Exome. Sa conception est également personnalisable : des sondes supplémentaires couvrant des régions d’intérêt peuvent être synthétisées sur la plateforme de synthèse d’ADN de Twist.

Le contenu du panel SNP de la diversité Twist a été élaboré en partenariat avec les responsables du Regeneron Genetics Center. Conçu pour s’intégrer aux flux de travail existants de traitement entièrement automatisé des exomes, ce panel fournit des appels de base et des variants imputés.

Les imputations de génotypes peuvent être calculées à l’aide d’outils open source disponibles. Veuillez contacter le service clientèle afin de recevoir une copie de notre guide d’imputation et commencer à utiliser les outils d’analyse d’imputation.
 

Remarque : Le contenu du panel SNP de la diversité n’a pas été entièrement validé par le flux de travail complet de Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

SONDES

640k

SNP COUVERTS

1.4M

SENSIBILITÉ

Imputation de la plupart des variants jusqu’à un MAF de 0,1 % max.

Informations relatives aux commandes

104374

Panel SNP de la diversité Twist, 2 réactions

104375

Panel SNP de la diversité Twist, 12 réactions

104376

Panel SNP de la diversité Twist, 96 réactions

104393

Panel SNP de la diversité Twis, kit complet de 16 échantillons avec Standard Hyb

104394

Panel SNP de la diversité Twist, kit complet de 96 échantillons avec Standard Hy

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb

L’analyse de méthylation par séquençage est un outil sensible visant à détecter et retracer l’origine des cellules cancéreuses. Mais comme tout projet de séquençage, il inclut un compromis entre l’étendue et la profondeur de la couverture. Si vous souhaitez vous concentrer sur les schémas de méthylation spécifiques au cancer, ce panel est fait pour vous. Les experts d’AnchorDx se sont associés à Twist pour créer un panel d’enrichissement ciblé personnalisé axé principalement sur des cibles pertinentes de 31 cancers différents. 

Le Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb offre une couverture approfondie de cibles cliniques qui permettent d’étudier les schémas de méthylation pertinents pour la détection précoce et le diagnostic du cancer à partir d’échantillons de tumeurs et de biopsies liquides. Conçu en collaboration avec les experts d’AnchorDx et à l’aide de la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist, ce panel offre un taux de ciblage et une uniformité élevés. Il a été validé avec le processus de méthylation Twist à l’aide d’échantillons de biopsie liquide de cancer du sein, de cancer colorectal et de cancer du poumon non à petites cellules.

 

Conception du panel

  • 31 types de cancer, 47 entités pathologiques, d’après la base de données TCGA
  • 13 090 sondes 
  • 126 000 sites CpG concernés
  • ~12 000 régions différentiellement méthylées (DMR)
  • 9 000 sur 12 000 (74 %) se chevauchent avec les îlots CpG

Remarque : Le panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb n’est pas certifié ISO 13485

Informations relatives aux commandes

104694

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 2 réactions

104695

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 12 réactions

104696

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 96 réactions
Processus de méthylation Twist

101976

Kit NEBNext® EM-seq™ pour l’analyse de méthylation par séquençage ciblé Twist, 96 échantillons*

103557

Activateur de méthylation, 12 réactions

100578

Twist Universal Blockers, 12 réactions

100983

Kit de billes de purification et de liaison Twist, 12 réactions

101174

Kit Fast Hybridization and Wash Twist 12 réactions

103496

Procédé d’analyse de méthylation par séquençage ciblé de Twist, 96 x 12 réactions

*Des tailles de 2 et 12 réactions sont également disponibles pour l’enrichissement

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb

Le panel Twist Alliance Clinical Research Exome contribue à soutenir la plateforme génomique du Broad Institute et a été conçu à partir de données validées provenant d’échantillons de patients. Le panel s’appuie sur la plateforme NGS flexible de Twist pour personnaliser le contenu facilement et rapidement, ce qui permet d’obtenir une étude complète de l’exome avec un enrichissement supplémentaire des zones du génome cliniquement pertinentes liées au cancer ainsi qu’aux maladies rares et héréditaires. En tirant parti de l’uniformité des sondes Twist NGS, qui est la meilleure de sa catégorie, l’analyse offre un coût par échantillon et une efficacité de débit que Broad a pu exploiter pour traiter plus de 250 000 échantillons à ce jour, ce qui la maintient à la pointe du séquençage de l’exome.

La conception complète de ce panel comprend l’exome Twist Core, le génome mitochondrial ainsi que d’autres régions codantes et non codantes validées d’intérêt comme les gènes ACMG73, une couverture supplémentaire de régions provenant d’OMIM et de COSMIC, et des cibles spécifiques définies par Broad. 

Remarque : Le contenu du Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb n’a pas été entièrement validé par le processus Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist. 

Remarque : Le panel Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb n’est pas certifié ISO 13845.

 

Informations relatives aux commandes

104032

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 2 réactions

104033

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 12 réactions

104034

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 96 réactions

Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb

Lorsque les tests de routine ne permettent pas de poser un diagnostic, les médecins se tournent souvent vers les panels de séquençage de l’ADN pour obtenir des réponses, surtout en cas de suspicion de maladie héréditaire. Mais sans les conseils d’un expert, il peut être difficile de savoir quel est le panel approprié.
S’appuyant sur des décennies d’expérience en génomique clinique, Victorian Clinical Genetics Services (VCGS) s’est associé à Twist pour concevoir un panel de diagnostic (Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb) couvrant l’ensemble de l’exome, dont une couverture étendue aux gènes cliniquement pertinents (mendéliome). Lors de la conception de ce panel, une attention particulière a été accordée à la couverture supplémentaire des locus cliniquement pertinents qui se situent en dehors des régions codantes des gènes traditionnellement ciblées par les exomes (c.-à-d, les locus pathogènes connus dans les régions non codantes).
Le panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb est le meilleur de sa catégorie, très uniforme, et permet de rationaliser l’identification des allèles liés à des maladies héréditaires, que ce soit par le biais du dépistage des porteurs ou des tests pré/post nataux.

Remarque : Le contenu du panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb n’a pas été entièrement validé par le processus Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

Remarque : Le panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb n’est pas certifié ISO 13845.

Nombre total de sondes

425.4K

Inclut le kit Twist Comprehensive Exome de

394 100 sondes

et le contenu élaboré par le VCGS de

31 300 sondes

Informations relatives aux commandes

104282

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 2 réactions

104283

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 12 réactions

104284

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 96 réactions

Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures

Understanding the genetic variation between dog breeds is critical to understanding genetic regulation of traits as well as the basis and progression of disease in dogs. Consequently, comprehensive gene panels such as exomes are pivotal in improving veterinary diagnostics and the associated clinical medicine. These types of NGS panels will also accelerate research into developing a deeper understanding of canine cancers and potential therapeutics.

The Twist Alliance Canine Exome developed in collaboration with the Broad Institute’s Karlsson lab provides just the right tool for canine genomic research. In addition, canine genomic research has also been found to have benefits for human medical research due to genetic similarities found between human and canine tumors such as CNVs, differential gene expressions, and structural chromosome abnormalities1.

The Twist Alliance Canine exome panel was designed with the following objectives in mind

  1. Covers coding exons of canine genes
  2. Enable comparative genomic studies between canine and human genomes
  3. Includes regions of known importance in human cancers
  4. Allows for cost-effective deep sequencing

The panel contains more than 17k Genes/targets based on CanFam3.1, with additional coverage of genes/targets that are implicated in canine cancer. 
 

Gènes

Associated
COSMIC
mutations

Gènes Associated
COSMIC
mutations
Gènes Associated
COSMIC
mutations
ABL1 19 HRAS 26 TET2 16
AKT1 6 MPL 0 SCAT 3
ERBB2 19 SMAD4 31 STAT5B 4
GNAS 12 ATM 24 DNMT3A 6
MET 18 FBXW7 25 STAT3 6
RB1 18 IDH1 15 CREBBP 9
CCR4 3 NOTCH1 20 RHOA 1
MYC 5 SMARCB1 11 CHEK2 5
EGFR 123 BRAF 77 PRDM1 6
GNAQ 6 FGFR1 2 CDKN2A 108
KRAS 63 IDH2 12 FGFR3 17
PTPN11 28 NPM1 28 JAK3 6
CD28 3 SMO 5 PDGFRA 26
PLCG1 3 CDH1 7 STK11 22
ALK 8 FGFR2 8 CTNNB1 73
ERBB4 13 JAK2 5 GNA11 5
HNF1A 10 NRAS 35 KIT 139
MLH1 1 SRC 1 PTEN 146
RET 17 JAK1 12 VHL 124
APC 164 IL7R 4 CSF1R 8
EZH2 11 IL2RG 3 FLT3 30
TP53 1087 TNFAIP3 9 KDR 11
FYN 3 PIK3CA 97    


The above table shows 50 such targets along with COSMIC mutations associated with each of these genes (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5978258/) - these genes were tiled 2x for higher coverage. FOXA1 and TERT promoter were tiled at 4x. All other regions were tiled at 1x, as per our standard practices.

With curated content from the leading canine cancer researchers in the world combined with Twist's robust panel performance, the Twist Alliance Canine Exome provides the most optimal tool for researchers studying canine diseases as well as rare human diseases.

1 Overgaard,N.H.,Fan,T.M.,Schachtschneider,K.M.,Principe,D.R.,Schook,L.B.,& Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

Remarque : The Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB is not ISO-13485 certified.

Informations relatives aux commandes

105305

Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 2 Reactions, Kit

105306

Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 12 Reactions, Kit

105307

Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 96 Reactions, Kit