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PRÉSENTATION
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Présentation 

Voici Twist Alliance, une collection de panels d’enrichissement ciblé de qualité conçus en partenariat avec des institutions scientifiques de premier plan. 

Combinant la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist avec l’expertise sectorielle approfondie de nos partenaires scientifiques, les panels Twist Alliance sont prêts à l’emploi pour accélérer vos recherches. Pourquoi consacrer du temps à concevoir des panels quand des experts l’ont déjà fait pour vous ?

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Voici Twist Alliance, une collection de panels d’enrichissement ciblé de qualité conçus en partenariat avec des institutions scientifiques de premier plan. 

Combinant la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist avec l’expertise sectorielle approfondie de nos partenaires scientifiques, les panels Twist Alliance sont prêts à l’emploi pour accélérer vos recherches. Pourquoi consacrer du temps à concevoir des panels quand des experts l’ont déjà fait pour vous ?

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Découvrir nos panels

Alliant l’expertise de plusieurs disciplines pour un enrichissement ciblé de meilleure qualité, les panels Twist Alliance sont conçus pour vous donner une longueur d’avance dans des domaines allant du diagnostic du cancer au dépistage des porteurs. Si aucun des panels ne correspond à vos besoins, sachez que chacun d’entre eux peut être personnalisé avec une couverture adaptée. Êtes-vous intéressé par un partenariat avec nous afin de commercialiser un nouveau panel ? Nous contacter

Vous éviter le cycle conception, construction, test, apprentissage.

Panel SNP de la diversité Twist Alliance

Les outils traditionnels de génotypage présentent un problème récurrent : leur biais pour un petit nombre d’ethnies ; ce qui génère des parts importantes de l’humanité sous-représentées dans les processus de génotypage par séquençage (GBS). À titre d’exemple, les plateformes de microréseaux n’offrent qu’un contenu fixe mis à jour occasionnellement, ce qui aggrave ce défi.

Les chercheurs peuvent résoudre ces inefficacités et inégalités par le biais de processus NGS basés sur la capture de cibles avec des panels de sondes conçus pour plus de diversité et de flexibilité.

Dans le cadre du portefeuille croissant de Twist sur le GBS ciblé, le panel SNP de la diversité Twist offre aux chercheurs une nouvelle référence flexible et neutre sur le plan ethnique à utiliser pour le GBS.

Les scientifiques peuvent utiliser le panel comme panel de génotypage autonome ou comme spike-in dans le panel Twist Human Comprehensive Exome. Sa conception est également personnalisable : des sondes supplémentaires couvrant des régions d’intérêt peuvent être synthétisées sur la plateforme de synthèse d’ADN de Twist.

Le contenu du panel SNP de la diversité Twist a été élaboré en partenariat avec les responsables du Regeneron Genetics Center. Conçu pour s’intégrer aux flux de travail existants de traitement entièrement automatisé des exomes, ce panel fournit des appels de base et des variants imputés.

Les imputations de génotypes peuvent être calculées à l’aide d’outils open source disponibles. Veuillez contacter le service clientèle afin de recevoir une copie de notre guide d’imputation et commencer à utiliser les outils d’analyse d’imputation.
 

Remarque : Le contenu du panel SNP de la diversité n’a pas été entièrement validé par le flux de travail complet de Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

SONDES

640k

SNP COUVERTS

1.4M

SENSIBILITÉ

Imputation de la plupart des variants jusqu’à un MAF de 0,1 % max.

Informations relatives aux commandes

104374

Panel SNP de la diversité Twist, 2 réactions

104375

Panel SNP de la diversité Twist, 12 réactions

104376

Panel SNP de la diversité Twist, 96 réactions

104393

Panel SNP de la diversité Twis, kit complet de 16 échantillons avec Standard Hyb

104394

Panel SNP de la diversité Twist, kit complet de 96 échantillons avec Standard Hy

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb

L’analyse de méthylation par séquençage est un outil sensible visant à détecter et retracer l’origine des cellules cancéreuses. Mais comme tout projet de séquençage, il inclut un compromis entre l’étendue et la profondeur de la couverture. Si vous souhaitez vous concentrer sur les schémas de méthylation spécifiques au cancer, ce panel est fait pour vous. Les experts d’AnchorDx se sont associés à Twist pour créer un panel d’enrichissement ciblé personnalisé axé principalement sur des cibles pertinentes de 31 cancers différents. 

Le Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb offre une couverture approfondie de cibles cliniques qui permettent d’étudier les schémas de méthylation pertinents pour la détection précoce et le diagnostic du cancer à partir d’échantillons de tumeurs et de biopsies liquides. Conçu en collaboration avec les experts d’AnchorDx et à l’aide de la plateforme de synthèse d’oligonucléotides de Twist, ce panel offre un taux de ciblage et une uniformité élevés. Il a été validé avec le processus de méthylation Twist à l’aide d’échantillons de biopsie liquide de cancer du sein, de cancer colorectal et de cancer du poumon non à petites cellules.

 

Conception du panel

  • 31 types de cancer, 47 entités pathologiques, d’après la base de données TCGA
  • 13 090 sondes 
  • 126 000 sites CpG concernés
  • ~12 000 régions différentiellement méthylées (DMR)
  • 9 000 sur 12 000 (74 %) se chevauchent avec les îlots CpG

Remarque : Le panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb n’est pas certifié ISO 13485

Informations relatives aux commandes

104694

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 2 réactions

104695

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 12 réactions

104696

Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - 1,5 Mb, 96 réactions
Processus de méthylation Twist

101976

Kit NEBNext® EM-seq™ pour l’analyse de méthylation par séquençage ciblé Twist, 96 échantillons*

103557

Activateur de méthylation, 12 réactions

100578

Twist Universal Blockers, 12 réactions

100983

Kit de billes de purification et de liaison Twist, 12 réactions

101174

Kit Fast Hybridization and Wash Twist 12 réactions

103496

Procédé d’analyse de méthylation par séquençage ciblé de Twist, 96 x 12 réactions

*Des tailles de 2 et 12 réactions sont également disponibles pour l’enrichissement

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb

Le panel Twist Alliance Clinical Research Exome contribue à soutenir la plateforme génomique du Broad Institute et a été conçu à partir de données validées provenant d’échantillons de patients. Le panel s’appuie sur la plateforme NGS flexible de Twist pour personnaliser le contenu facilement et rapidement, ce qui permet d’obtenir une étude complète de l’exome avec un enrichissement supplémentaire des zones du génome cliniquement pertinentes liées au cancer ainsi qu’aux maladies rares et héréditaires. En tirant parti de l’uniformité des sondes Twist NGS, qui est la meilleure de sa catégorie, l’analyse offre un coût par échantillon et une efficacité de débit que Broad a pu exploiter pour traiter plus de 250 000 échantillons à ce jour, ce qui la maintient à la pointe du séquençage de l’exome.

La conception complète de ce panel comprend l’exome Twist Core, le génome mitochondrial ainsi que d’autres régions codantes et non codantes validées d’intérêt comme les gènes ACMG73, une couverture supplémentaire de régions provenant d’OMIM et de COSMIC, et des cibles spécifiques définies par Broad. 

Remarque : Le contenu du Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb n’a pas été entièrement validé par le processus Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist. 

Remarque : Le panel Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb n’est pas certifié ISO 13845.

 

Informations relatives aux commandes

104032

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 2 réactions

104033

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 12 réactions

104034

Kit Twist Alliance Clinical Research Exome - 34,9 Mb, 96 réactions

Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb

Lorsque les tests de routine ne permettent pas de poser un diagnostic, les médecins se tournent souvent vers les panels de séquençage de l’ADN pour obtenir des réponses, surtout en cas de suspicion de maladie héréditaire. Mais sans les conseils d’un expert, il peut être difficile de savoir quel est le panel approprié.
S’appuyant sur des décennies d’expérience en génomique clinique, Victorian Clinical Genetics Services (VCGS) s’est associé à Twist pour concevoir un panel de diagnostic (Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb) couvrant l’ensemble de l’exome, dont une couverture étendue aux gènes cliniquement pertinents (mendéliome). Lors de la conception de ce panel, une attention particulière a été accordée à la couverture supplémentaire des locus cliniquement pertinents qui se situent en dehors des régions codantes des gènes traditionnellement ciblées par les exomes (c.-à-d, les locus pathogènes connus dans les régions non codantes).
Le panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb est le meilleur de sa catégorie, très uniforme, et permet de rationaliser l’identification des allèles liés à des maladies héréditaires, que ce soit par le biais du dépistage des porteurs ou des tests pré/post nataux.

Remarque : Le contenu du panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb n’a pas été entièrement validé par le processus Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

Remarque : Le panel Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb n’est pas certifié ISO 13845.

Nombre total de sondes

425.4K

Inclut le kit Twist Comprehensive Exome de

394 100 sondes

et le contenu élaboré par le VCGS de

31 300 sondes

Informations relatives aux commandes

104282

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 2 réactions

104283

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 12 réactions

104284

Kit Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb, 96 réactions

Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb

Réservé à l’utilisation dans le cadre de la recherche. Non destiné à être utilisé dans des procédures de diagnostic.

La compréhension des variations génétiques entre les races de chiens est essentielle pour comprendre la régulation génétique des caractéristiques ainsi que la base et la progression des maladies chez les chiens. Par conséquent, les panels de gènes complets tels que les exomes sont essentiels pour améliorer les diagnostics vétérinaires et la médecine clinique associée. Ces types de panels NGS accéléreront également la recherche visant à développer une compréhension plus approfondie des cancers canins et des thérapies potentielles.

L’exome canin de Twist Alliance, développé en collaboration avec le laboratoire Karlsson du Broad Institute, constitue l’outil idéal pour la recherche génomique canine. En outre, il a été constaté que la recherche génomique canine présente également des avantages pour la recherche médicale humaine en raison des similitudes génétiques trouvées entre les tumeurs humaines et canines, telles que les CNV, les expressions génétiques différentielles et les anomalies chromosomiques structurelles1.

Le panel d’exomes canins de Twist Alliance a été conçu en fonction des objectifs suivants :

  1. Couvrir les exons codants des gènes canins
  2. Permettre des études génomiques comparatives entre les génomes canins et humains
  3. Inclure des régions dont l’importance est connue dans les cancers humains
  4. Permettre un séquençage complet et rentable

Le panel contient plus de 17 000 gènes/cibles basés sur CanFam3.1, avec une couverture supplémentaire des gènes/cibles qui sont impliqués dans le cancer canin. 
 

Gènes

Mutations
COSMIC
associées

Gènes Mutations
COSMIC
associées
Gènes Mutations
COSMIC
associées
ABL1 19 HRAS 26 TET2 16
AKT1 6 MPL 0 SCAT 3
ERBB2 19 SMAD4 31 STAT5B 4
GNAS 12 ATM 24 DNMT3A 6
MET 18 FBXW7 25 STAT3 6
RB1 18 IDH1 15 CREBBP 9
CCR4 3 NOTCH1 20 RHOA 1
MYC 5 SMARCB1 11 CHEK2 5
EGFR 123 BRAF 77 PRDM1 6
GNAQ 6 FGFR1 2 CDKN2A 108
KRAS 63 IDH2 12 FGFR3 17
PTPN11 28 NPM1 28 JAK3 6
CD28 3 SMO 5 PDGFRA 26
PLCG1 3 CDH1 7 STK11 22
ALK 8 FGFR2 8 CTNNB1 73
ERBB4 13 JAK2 5 GNA11 5
HNF1A 10 NRAS 35 KIT 139
MLH1 1 SRC 1 PTEN 146
RET 17 JAK1 12 VHL 124
APC 164 IL7R 4 CSF1R 8
EZH2 11 IL2RG 3 FLT3 30
TP53 1087 TNFAIP3 9 KDR 11
FYN 3 PIK3CA 97    


Le tableau ci-dessus présente 50 de ces cibles ainsi que les mutations COSMIC associées à chacun de ces gènes (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5978258/) - ces gènes ont été mis en mosaïque 2 fois pour une meilleure couverture. FOXA1 et le promoteur TERT ont été mis en mosaïque à 4 fois. Toutes les autres régions ont été mises en mosaïque à 1x, conformément à nos pratiques standard.

Grâce au contenu sélectionné par les plus grands chercheurs en cancérologie canine au monde et à la performance remarquable du panel Twist, l’exome canin Twist Alliance constitue l’outil le plus approprié pour les chercheurs qui étudient les maladies canines ainsi que les maladies humaines rares.

1 Overgaard,N.H.,Fan,T.M.,Schachtschneider,K.M.,Principe,D.R.,Schook,L.B.,& Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

Remarque : Le panel Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb n’est pas certifié ISO 13845.

Informations relatives aux commandes

105305

Kit Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 2 réactions

105306

Kit Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 12 réactions

105307

Kit Twist Alliance Canine Exome - 40,5 Mb, 96 réactions