Optimisation des codons

Pour conserver l’expression protéique sauvage :

• Nous évitons d’utiliser des codons rares (ceux dont la fréquence est < 8 %).
• Nous nous assurons que les séquences ne comportent pas de structures en épingle à cheveux (ΔG < -8) dans les 48 premières paires de bases des séquences résultantes.
• Nous vérifions les deux brins pour nous assurer qu’ils ne contiennent pas de site de restriction enzymatique que vous nous avez demandé d’éviter.
• Nous évitons d’introduire des séquences de promoteurs internes dans les séquences d’expression en évitant de créer des sites de liaison sigma70 forts.
• Nous évitons les séquences qui créent des sites de liaison de ribosome forts (GGAGG et TAAGGAG).
• Nous évitons les séquences qui créent des séquences de terminaison (TTTTT ou AAAAA).

Pour améliorer la probabilité de réussite de la fabrication :

• Nous n’introduisons pas de répétitions d’une longueur supérieure à 20 paires de bases.
• Nous évitons les suites homonucléotidiques de 10 bases ou plus.
• Nous évitons les séquences ajustées qui créent un pourcentage global de GC inférieur à 25 % ou supérieur à 65 % et les fenêtres de GC locales (50 bp) de moins de 35 % ou plus de 65 %.

Veuillez noter que l’optimisation des codons est utile pour améliorer les chances de réussite de la synthèse, pas de l’expression protéique.  

À l’heure actuelle, nous ne sommes pas en mesure de synthétiser des gènes évalués comme étant Impossibles. Plusieurs facteurs font que notre algorithme évalue un gène comme étant Impossible et les paramètres particuliers sont spécifiques à la séquence du gène. Notre algorithme exclusif a été développé en utilisant l’apprentissage machine. Outre l’apprentissage machine, notre algorithme tient compte des facteurs suivants :

• Pourcentage de GC entre 25 et 65 %
• Longueur max. d’homopolymère < 10
• Faible homologie

Une combinaison unique de ce qui précède aboutit à une évaluation de la séquence de gènes spécifique comme étant Impossible.

La liste suivante répertorie les organismes pris en charge pour l’optimisation des codons sur notre site Web :

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

Si vous ne voyez pas votre organisme spécifique, contactez [email protected] pour obtenir de l’aide. 

Pour conserver l’expression protéique sauvage :

• Nous évitons d’utiliser des codons rares (ceux dont la fréquence est < 8 %).
• Nous nous assurons que les séquences ne comportent pas de structures en épingle à cheveux (ΔG < -8) dans les 48 premières paires de bases des séquences résultantes.
• Nous vérifions les deux brins pour nous assurer qu’ils ne contiennent pas de site de restriction enzymatique que vous nous avez demandé d’éviter.
• Nous évitons d’introduire des séquences de promoteurs internes dans les séquences d’expression en évitant de créer des sites de liaison sigma70 forts.
• Nous évitons les séquences qui créent des sites de liaison de ribosome forts (GGAGG et TAAGGAG).
• Nous évitons les séquences qui créent des séquences de terminaison (TTTTT ou AAAAA).

Pour améliorer la probabilité de réussite de la fabrication :

• Nous n’introduisons pas de répétitions d’une longueur supérieure à 20 paires de bases.
• Nous évitons les suites homonucléotidiques de 10 bases ou plus.
• Nous évitons les séquences ajustées qui créent un pourcentage global de GC inférieur à 25 % ou supérieur à 65 % et les fenêtres de GC locales (50 bp) de moins de 35 % ou plus de 65 %.

Veuillez noter que l’optimisation des codons est utile pour améliorer les chances de réussite de la synthèse, pas de l’expression protéique.  

À l’heure actuelle, nous ne sommes pas en mesure de synthétiser des gènes évalués comme étant Impossibles. Plusieurs facteurs font que notre algorithme évalue un gène comme étant Impossible et les paramètres particuliers sont spécifiques à la séquence du gène. Notre algorithme exclusif a été développé en utilisant l’apprentissage machine. Outre l’apprentissage machine, notre algorithme tient compte des facteurs suivants :

• Pourcentage de GC entre 25 et 65 %
• Longueur max. d’homopolymère < 10
• Faible homologie

Une combinaison unique de ce qui précède aboutit à une évaluation de la séquence de gènes spécifique comme étant Impossible.

La liste suivante répertorie les organismes pris en charge pour l’optimisation des codons sur notre site Web :

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

Si vous ne voyez pas votre organisme spécifique, contactez [email protected] pour obtenir de l’aide.