Pour l’optimisation des codons, quelles sont les étapes suivies pour préserver les niveaux d’expression des protéines sauvages ?

Pour conserver l’expression protéique sauvage :

  • Nous évitons d’utiliser des codons rares (ceux dont la fréquence est < 8 %).
  • Nous nous assurons que les séquences ne comportent pas de structures en épingle à cheveux (ΔG < -8) dans les 48 premières paires de bases des séquences résultantes.
  • Nous vérifions les deux brins pour nous assurer qu’ils ne contiennent pas de site de restriction enzymatique que vous nous avez demandé d’éviter.
  • Nous évitons d’introduire des séquences de promoteurs internes dans les séquences d’expression en évitant de créer des sites de liaison sigma70 forts.
  • Nous évitons les séquences qui créent des sites de liaison de ribosome forts (GGAGG et TAAGGAG).
  • Nous évitons les séquences qui créent des séquences de terminaison (TTTTT ou AAAAA).

Pour améliorer la probabilité de réussite de la fabrication :

  • Nous n’introduisons pas de répétitions d’une longueur supérieure à 20 paires de bases.
  • Nous évitons les suites homonucléotidiques de 10 bases ou plus.
  • Nous évitons les séquences ajustées qui créent un pourcentage global de GC inférieur à 25 % ou supérieur à 65 % et les fenêtres de GC locales (50 bp) de moins de 35 % ou plus de 65 %.

Veuillez noter que l’optimisation des codons est utile pour améliorer les chances de réussite de la synthèse, pas de l’expression protéique.  

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