Kit de préparation de banque 96-Plex Twist

Le kit est configuré pour traiter jusqu’à 96 échantillons dans chaque lot. Les puits vides de la plaque « A » ne peuvent pas être conservés pour un lot ultérieur. Un remplissage incomplet de la plaque diminuerait donc votre rentabilité. 

Si vous souhaitez traiter moins de 96 échantillons à la fois, nous vous recommandons de remplir le reste de la plaque avec des répliques d’échantillons, ce qui garantirait une confiance encore plus grande dans les résultats du séquençage.  

Le kit est compatible avec les plateformes Illumina. Il prépare des banques double brin avec des adaptateurs Illumina pleine longueur, destinées au séquençage à extrémité simple ou appariée. Pour l’instant, les banques finales ne sont pas compatibles avec d’autres technologies de séquençage.

Nos kits 96-Plex ont une date d’expiration d’un an à compter de la date de fabrication. 

Oui. Dans ce cas, l’index de 6 nucléotides Illumina small RNA TruSeq i7, qui identifie la plaque, ne doit pas être lu. Soit vous n’effectuez pas de lecture d’indexation, soit vous utilisez l’option « --use-bases-mask » pour ignorer la lecture d’indexation 6nt. Cela devrait permettre d’obtenir un seul ensemble de FASTQ pour l’ensemble du cycle de séquençage. Consultez le guide de démux pour plus d’informations.

Les séquences d’adaptateur TruSeq doivent être utilisées pour le rognage des adaptateurs pendant le démultiplexage au niveau de la plaque d’Illumina bcl2fastq2/bclconvert. L’outil fgbio demux vous permettra de couper le code-barres en ligne sur les R1 et les aléas synthétiques sur les lectures pendant le démultiplexage au niveau de l’échantillon.

Pour l’instant, les boîtes et les composants individuels ne sont pas disponibles à l’achat.

Le kit contient deux plaques d’amorces à utiliser pendant la réaction « A ». La plaque à GC élevé comporte des amorces aléatoires réglées pour une teneur en GC >50 %, tandis que la plaque à GC faible comporte des amorces réglées pour une teneur en GC <50 %. Les utilisateurs peuvent optimiser leur flux de travail en utilisant l’une ou l’autre de ces plaques, ou en les combinant dans un rapport de 1:1 pour un CGR de 40 à 60 %. 

Pas cette fois.

Utilisez la concentration de chargement recommandée par défaut pour la plateforme de séquençage que vous utilisez. La molarité doit être déterminée à l’aide de l’analyse de gamme de la crête cible principale du bioanalyseur Agilent. Diluez en fonction de cette quantification, et non de la taille de la crête en mode ou de l’estimation de la molarité par défaut.  

Le démultiplexage des banques Twist 96-Plex diffère du processus standard. Les codes-barres des échantillons individuels sont alignés en tant que partie de R1, au lieu de l’emplacement standard i5. Pour cette raison, les outils bcl2fastq2 et BCLconvert d’Illumina ne reconnaissent pas le code-barres de l’échantillon individuel et combinent plutôt tous les puits ensemble dans un seul fichier FASTQ au niveau de la plaque pendant le démultiplexage, basé sur l’indice i7 unique. 

Pour remédier à cela, les utilisateurs de 96-Plex doivent suivre un processus de démux en deux étapes. Tout d’abord, les fichiers BCL par cycle doivent être convertis en FASTQ au niveau de la plaque, puis suivis d’une seconde conversion des fichiers FASTQ au niveau de la plaque en fichiers FASTQ spécifiques aux échantillons. Nous recommandons d’utiliser le logiciel open source fgbio DemuxFastqs pour produire des FASTQ par échantillon. Consultez le guide de démultiplexage sur le site Web de Twist pour plus d’informations.

Le kit de préparation de banque Twist 96-Plex est disponible sur le site de commerce électronique de Twist. Dans l’application SARS, recherchez 104951 ou 104950 ; cela fera apparaître le kit de préparation de banque Twist 96-Plex, 4x96 échantillons (4 300 $) ou 10x96 échantillons (9 600 $).

Le kit fournit tous les réactifs nécessaires pour préparer jusqu’à 960 banques prêtes pour le séquençage. Toutefois, les clients devront fournir des équipements de laboratoire et des réactifs courants tels que des embouts de pipette, un support magnétique et de l’EDTA. Une liste complète est disponible dans le protocole.  

Le client est également responsable de la fourniture de ressources informatiques pour le démultiplexage. Twist fournit un guide pour effectuer le démultiplexage des échantillons.

Nous proposons deux configurations de taille de kit.

Le premier est suffisant pour 960 échantillons. Le kit contient suffisamment de réactions pour dix plaques de 96 plaques. Il n’est pas nécessaire d’utiliser le kit en une seule fois, mais il est recommandé d’utiliser au moins une plaque par cycle de séquençage.

Notre toute dernière configuration est un kit de configuration 4x96 qui peut faire 384 échantillons. Ce kit offre les mêmes avantages en termes de flux de travail et de coût par échantillon que le kit 10x96, mais offre un prix global et un volume d’échantillons inférieurs qui peuvent convenir davantage aux nouveaux clients cherchant à essayer le produit ou aux clients ayant des projets discrets impliquant moins de 960 échantillons. 

Vous pouvez trouver plus d’informations sur le produit sur le site Web de Twist, y compris des liens vers la fiche produit, le protocole et le guide de démultiplexage. 

Oui, mais le démultiplexage doit être effectué indépendamment, un pour chaque type de banque. Consultez le guide de démultiplexage pour obtenir des instructions spécifiques.

La quantité d’entrée recommandée est de 50ng, ce qui devrait produire environ 200ng de banque finale. Ce résultat variera en fonction des conditions de sélection de la taille des billes utilisées. Il est recommandé d’utiliser de l’ADN de poids moléculaire élevé comme entrée. Nous recommandons d’éviter les échantillons dégradés, tels que les FFPE, avec ce kit.

Le protocole de préparation de la banque 96-Plex est disponible sur le site Web de Twist. 

Comme le mécanisme de saut d’index est lié à l’échange d’adaptateur, les bibliothèques 96-Plex ne seront probablement pas affectées puisqu’elles utilisent un code-barres en ligne. En outre, l’étape finale de sélection de la taille à base de billes pendant la préparation de la banque doit minimiser tout adaptateur libre dans la banque finale.

Le kit est configuré pour traiter jusqu’à 96 échantillons dans chaque lot. Les puits vides de la plaque « A » ne peuvent pas être conservés pour un lot ultérieur. Un remplissage incomplet de la plaque diminuerait donc votre rentabilité. 

Si vous souhaitez traiter moins de 96 échantillons à la fois, nous vous recommandons de remplir le reste de la plaque avec des répliques d’échantillons, ce qui garantirait une confiance encore plus grande dans les résultats du séquençage.  

Le kit est compatible avec les plateformes Illumina. Il prépare des banques double brin avec des adaptateurs Illumina pleine longueur, destinées au séquençage à extrémité simple ou appariée. Pour l’instant, les banques finales ne sont pas compatibles avec d’autres technologies de séquençage.

Nos kits 96-Plex ont une date d’expiration d’un an à compter de la date de fabrication. 

Oui. Dans ce cas, l’index de 6 nucléotides Illumina small RNA TruSeq i7, qui identifie la plaque, ne doit pas être lu. Soit vous n’effectuez pas de lecture d’indexation, soit vous utilisez l’option « --use-bases-mask » pour ignorer la lecture d’indexation 6nt. Cela devrait permettre d’obtenir un seul ensemble de FASTQ pour l’ensemble du cycle de séquençage. Consultez le guide de démux pour plus d’informations.

Les séquences d’adaptateur TruSeq doivent être utilisées pour le rognage des adaptateurs pendant le démultiplexage au niveau de la plaque d’Illumina bcl2fastq2/bclconvert. L’outil fgbio demux vous permettra de couper le code-barres en ligne sur les R1 et les aléas synthétiques sur les lectures pendant le démultiplexage au niveau de l’échantillon.

Pour l’instant, les boîtes et les composants individuels ne sont pas disponibles à l’achat.

Le kit contient deux plaques d’amorces à utiliser pendant la réaction « A ». La plaque à GC élevé comporte des amorces aléatoires réglées pour une teneur en GC >50 %, tandis que la plaque à GC faible comporte des amorces réglées pour une teneur en GC <50 %. Les utilisateurs peuvent optimiser leur flux de travail en utilisant l’une ou l’autre de ces plaques, ou en les combinant dans un rapport de 1:1 pour un CGR de 40 à 60 %. 

Pas cette fois.

Utilisez la concentration de chargement recommandée par défaut pour la plateforme de séquençage que vous utilisez. La molarité doit être déterminée à l’aide de l’analyse de gamme de la crête cible principale du bioanalyseur Agilent. Diluez en fonction de cette quantification, et non de la taille de la crête en mode ou de l’estimation de la molarité par défaut.  

Le démultiplexage des banques Twist 96-Plex diffère du processus standard. Les codes-barres des échantillons individuels sont alignés en tant que partie de R1, au lieu de l’emplacement standard i5. Pour cette raison, les outils bcl2fastq2 et BCLconvert d’Illumina ne reconnaissent pas le code-barres de l’échantillon individuel et combinent plutôt tous les puits ensemble dans un seul fichier FASTQ au niveau de la plaque pendant le démultiplexage, basé sur l’indice i7 unique. 

Pour remédier à cela, les utilisateurs de 96-Plex doivent suivre un processus de démux en deux étapes. Tout d’abord, les fichiers BCL par cycle doivent être convertis en FASTQ au niveau de la plaque, puis suivis d’une seconde conversion des fichiers FASTQ au niveau de la plaque en fichiers FASTQ spécifiques aux échantillons. Nous recommandons d’utiliser le logiciel open source fgbio DemuxFastqs pour produire des FASTQ par échantillon. Consultez le guide de démultiplexage sur le site Web de Twist pour plus d’informations.

Le kit de préparation de banque Twist 96-Plex est disponible sur le site de commerce électronique de Twist. Dans l’application SARS, recherchez 104951 ou 104950 ; cela fera apparaître le kit de préparation de banque Twist 96-Plex, 4x96 échantillons (4 300 $) ou 10x96 échantillons (9 600 $).

Le kit fournit tous les réactifs nécessaires pour préparer jusqu’à 960 banques prêtes pour le séquençage. Toutefois, les clients devront fournir des équipements de laboratoire et des réactifs courants tels que des embouts de pipette, un support magnétique et de l’EDTA. Une liste complète est disponible dans le protocole.  

Le client est également responsable de la fourniture de ressources informatiques pour le démultiplexage. Twist fournit un guide pour effectuer le démultiplexage des échantillons.

Nous proposons deux configurations de taille de kit.

Le premier est suffisant pour 960 échantillons. Le kit contient suffisamment de réactions pour dix plaques de 96 plaques. Il n’est pas nécessaire d’utiliser le kit en une seule fois, mais il est recommandé d’utiliser au moins une plaque par cycle de séquençage.

Notre toute dernière configuration est un kit de configuration 4x96 qui peut faire 384 échantillons. Ce kit offre les mêmes avantages en termes de flux de travail et de coût par échantillon que le kit 10x96, mais offre un prix global et un volume d’échantillons inférieurs qui peuvent convenir davantage aux nouveaux clients cherchant à essayer le produit ou aux clients ayant des projets discrets impliquant moins de 960 échantillons. 

Vous pouvez trouver plus d’informations sur le produit sur le site Web de Twist, y compris des liens vers la fiche produit, le protocole et le guide de démultiplexage. 

Oui, mais le démultiplexage doit être effectué indépendamment, un pour chaque type de banque. Consultez le guide de démultiplexage pour obtenir des instructions spécifiques.

La quantité d’entrée recommandée est de 50ng, ce qui devrait produire environ 200ng de banque finale. Ce résultat variera en fonction des conditions de sélection de la taille des billes utilisées. Il est recommandé d’utiliser de l’ADN de poids moléculaire élevé comme entrée. Nous recommandons d’éviter les échantillons dégradés, tels que les FFPE, avec ce kit.

Le protocole de préparation de la banque 96-Plex est disponible sur le site Web de Twist. 

Comme le mécanisme de saut d’index est lié à l’échange d’adaptateur, les bibliothèques 96-Plex ne seront probablement pas affectées puisqu’elles utilisent un code-barres en ligne. En outre, l’étape finale de sélection de la taille à base de billes pendant la préparation de la banque doit minimiser tout adaptateur libre dans la banque finale.