Aumento del rendimiento de la NGS con >3000 índices dobles únicos

Presentación del póster en AGBT 2022

El número de pares de cebadores de índice dual único (UDI) disponibles en el mercado sigue siendo limitado, con pocas ofertas comerciales que superen los 1536 pares de UDI. En una época en la que la capacidad de secuenciación es cada vez mayor, esto limita innecesariamente el rendimiento de las muestras y aumenta el coste por muestra. Para hacer frente a estas limitaciones, Twist ha desarrollado un nuevo conjunto de 3072 UDI que permite un mayor rendimiento de las muestras en experimentos de gran tamaño. 

El diseño de conjuntos grandes de códigos de barras puede ser complicado debido a la naturaleza exponencial de las interacciones entre códigos de barras. El enfoque de diseño de Twist incluye (i) un diseño sofisticado de los índices, (ii) la subdivisión de los pares de índices en grupos equilibrados en cuanto a bases y canales de color, y (iii) la validación empírica de cada par de índices en múltiples plataformas de secuenciación. Este enfoque permitió generar un conjunto amplio y eficaz de cebadores UDI, que se describen aquí.

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