Le modèle contient de nombreux variants difficiles à détecter, notamment des variants structurels et des INDELS allant de 1 pb à 30 pb. La détection des variants individuels peut dépendre de l'aligneur et du paramètre d'alignement utilisés par le client. Ces variants difficiles à détecter sont destinés aux clients expérimentés qui utilisent leur pipeline. Il s’agit donc simplement d’en avoir une bonne compréhension. Les SNV et les petits INDELS (par exemple, 5 pb ou moins) sont plus simples à détecter par les clients.