cfDNA Pan-cancer

Une fois préparé dans une banque avec des indices, il n'y aura pas de problème à regrouper ce contrôle avec des échantillons de patients pour un séquençage simultané.

Les 456 variants sont stockés dans un seul tube.

L’imitation de l’ADN acellulaire (cfDNA) résiduel de type sauvage est dérivé de la lignée cellulaire et traité avec notre méthode brevetée pour imiter de près le profil de fragmentation de l’ADN acellulaire naturel, qui se caractérise par un pic mononucléosomique net et un pic dinucléosomique secondaire.

Twist a effectué une recherche bibliographique pour établir une liste de variants associés au cancer, soigneusement sélectionnés et cliniquement pertinents (c'est-à-dire pouvant faire l'objet d'une action), et a également utilisé la base de données COSMIC comme référence, où des entrées correspondantes sont disponibles. Elle inclut les nombreux variants prévalents dans les tumeurs solides de l'adulte. Les 456 variants sont présents dans 85 gènes uniques. Twist annote également séparément l'ensemble des variants cliniquement pertinents (>140 de variants).

La configuration des variants, leurs séquences de référence précise et alternative sont répertoriées sur le site web de Twist.

Cette suppression se produit dans le gène ATM dans un contexte génomique avec 10 Ts consécutifs. Ces Ts consécutifs font du locus une séquence « glissante », où l'ADN polymérase répliquant une copie du génome peut voir le brin modèle glisser par rapport au brin synthétisé, ce qui mène à un INDEL.

Il est fort probable que le même effet se produise par le même mécanisme lorsqu'une polymérase PCR copie la séquence pendant la PCR de préparation de la banque. Ainsi, ce locus est particulièrement susceptible de former spontanément la séquence de variant en raison du cycle de PCR au cours de la préparation ordinaire de la banque.

Lorsque l'allèle n'est pas du tout présent, tout échantillon génomique humain (y compris le modèle de référence pan-cancer) présentera une VAF élevée pour cette mutation en raison d'une erreur de PCR. (In pan-cancer 0% VAF, it shows up at a higher VAF than 99.8% of other variant sites in the standard.) Ainsi, le bruit résiduel est plus élevé en raison du contexte génomique, ce qui signifie que la limite de blanc (LoB) de ce variant est probablement plus élevée que celle d'autres loci en raison du concours de séquences.

Lorsque l'allèle est présent, la véritable fréquence de l'allèle sera ajoutée « en plus » du niveau de bruit du locus, ce qui signifie que ce variant aura probablement une limite de détection (LoD) plus élevée que d'autres sites de variants.

L'utilisation d'adaptateurs UMI (comme les adaptateurs Twist UMI) et l'exécution d'une réduction de consensus et/ou d’une réduction d'un duplex peuvent contribuer à réduire le bruit à ce locus dû à une erreur de PCR lors de la préparation de la banque.

Le modèle contient de nombreux variants difficiles à détecter, notamment des variants structurels et des INDELS allant de 1 pb à 30 pb. La détection des variants individuels peut dépendre de l'aligneur et du paramètre d'alignement utilisés par le client. Ces variants difficiles à détecter sont destinés aux clients expérimentés qui utilisent leur pipeline. Il s’agit donc simplement d’en avoir une bonne compréhension. SNVs and small INDELs (e.g. 5 bp or smaller) are more straightforward for customers to detect.

Les contrôles d’ADN acellulaire Twist sont de l’ADN double brin. Il s'agit d'un mélange de molécules synthétiques d'ADN tumoral circulant (ctDNA) conçues et imprimées avec la technologie Twist et ajoutées à l'ADN acellulaire résiduel pour former chaque niveau spécifique de VAF.

Twist effectue le séquençage de l'exome entier pour l'ADN acellulaire (cfDNA) résiduel et utilise une capture de cible sur le matériel de 5 %, en plus d'une ddPCR sur les VAF intermédiaires.

Les fragments de variants sont des molécules d'ADN double brin aux extrémités arrondies.

Twist a testé le matériel comme étant un modèle approprié dans les protocoles de préparation de banques non fragmentées pour la réparation de l'extrémité et la ligature d’A-tail (ERAT), ainsi que dans les protocoles d'amplicon, tels que la ddPCR et la qPCR. Les performances du modèle de référence Pan-cancer v2 sont similaires à celles de v1, et à celles de tout autre ADNds utilisé dans la préparation de banques.

Twist exécute des NGS à enrichissement ciblé sur la VAF de 0 % et de 5 % pour garantir la non-détection et la détection, respectivement, de tous les sites de variants. En outre, six sites de tous les niveaux de VAF sont confirmés par ddPCR.

L’ADN acellulaire est généré au cours d’un processus biologique hautement spécifique qui produit un profil de longueur de fragment caractéristique. Par conséquent, nous recommandons de préparer une banque qui ne modifie en rien le profil de taille : en utilisant le « kit de préparation de banque par fragmentation mécanique de Twist » sans traitement de fragmentation supplémentaire. Les tailles d’insertion de nos banques sont superbes lorsque nous utilisons cette méthode. Nous utilisons fréquemment les adaptateurs Twist UMI sur les échantillons d’ADN acellulaire, et ils fonctionnent très bien pour le consensus duplex et pour obtenir de bonnes évaluations des taux de mutation.

Le kit complet en contient 7. Si un tube individuel fait 3 ug, il s'agit d'un tube unique. La configuration en 2 tubes de 300 ng comporte 2 tubes.

Twist recommande de commencer avec 30 ng d'entrée initiale. 20 à 30 ng est une plage typique pour les analyses de biopsie liquide.

Les 456 variants sont tous confirmés par NGS (pour les VAF 0 % et 5 %), et les 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 % et 2 % sont générés à partir d’un mélange de stocks de 0 % et 5 %. Nous avons sélectionné un ensemble de six variants représentatifs et pertinents à travers des VAF de 0 % à 5 % pour la ddPCR, montrant des formulations quantitatives et une dilution en série continue.

Twist recommande d’utiliser le « Low-EDTA TE », qui est composé de 10 mM Tris pH 8, 0,1 mM EDTA. Si l'EDTA doit être évité pour des raisons de compatibilité avec les étapes en aval, le tampon d'élution Qiagen (Tris-HCl 10 mM, pH 8) peut être utilisé.

L'ADN acellulaire (cfDNA) Twist provient d'une lignée cellulaire immortalisée, ce qui nous permet de créer de grands lots de production avec des génotypes et des performances constantes d'un lot à l'autre.

L'ADN non amplifié haute fidélité Twist de l'ADN acellulaire (cfDNA) résiduel est dérivé de notre processus de fragmentation exclusif, et nous avons observé un taux de mutation extrêmement faible par rapport au matériel concurrent.

Une fois préparé dans une banque avec des indices, il n'y aura pas de problème à regrouper ce contrôle avec des échantillons de patients pour un séquençage simultané.

Les 456 variants sont stockés dans un seul tube.

L’imitation de l’ADN acellulaire (cfDNA) résiduel de type sauvage est dérivé de la lignée cellulaire et traité avec notre méthode brevetée pour imiter de près le profil de fragmentation de l’ADN acellulaire naturel, qui se caractérise par un pic mononucléosomique net et un pic dinucléosomique secondaire.

Twist a effectué une recherche bibliographique pour établir une liste de variants associés au cancer, soigneusement sélectionnés et cliniquement pertinents (c'est-à-dire pouvant faire l'objet d'une action), et a également utilisé la base de données COSMIC comme référence, où des entrées correspondantes sont disponibles. Elle inclut les nombreux variants prévalents dans les tumeurs solides de l'adulte. Les 456 variants sont présents dans 85 gènes uniques. Twist annote également séparément l'ensemble des variants cliniquement pertinents (>140 de variants).

La configuration des variants, leurs séquences de référence précise et alternative sont répertoriées sur le site web de Twist.

Cette suppression se produit dans le gène ATM dans un contexte génomique avec 10 Ts consécutifs. Ces Ts consécutifs font du locus une séquence « glissante », où l'ADN polymérase répliquant une copie du génome peut voir le brin modèle glisser par rapport au brin synthétisé, ce qui mène à un INDEL.

Il est fort probable que le même effet se produise par le même mécanisme lorsqu'une polymérase PCR copie la séquence pendant la PCR de préparation de la banque. Ainsi, ce locus est particulièrement susceptible de former spontanément la séquence de variant en raison du cycle de PCR au cours de la préparation ordinaire de la banque.

Lorsque l'allèle n'est pas du tout présent, tout échantillon génomique humain (y compris le modèle de référence pan-cancer) présentera une VAF élevée pour cette mutation en raison d'une erreur de PCR. (In pan-cancer 0% VAF, it shows up at a higher VAF than 99.8% of other variant sites in the standard.) Ainsi, le bruit résiduel est plus élevé en raison du contexte génomique, ce qui signifie que la limite de blanc (LoB) de ce variant est probablement plus élevée que celle d'autres loci en raison du concours de séquences.

Lorsque l'allèle est présent, la véritable fréquence de l'allèle sera ajoutée « en plus » du niveau de bruit du locus, ce qui signifie que ce variant aura probablement une limite de détection (LoD) plus élevée que d'autres sites de variants.

L'utilisation d'adaptateurs UMI (comme les adaptateurs Twist UMI) et l'exécution d'une réduction de consensus et/ou d’une réduction d'un duplex peuvent contribuer à réduire le bruit à ce locus dû à une erreur de PCR lors de la préparation de la banque.

Le modèle contient de nombreux variants difficiles à détecter, notamment des variants structurels et des INDELS allant de 1 pb à 30 pb. La détection des variants individuels peut dépendre de l'aligneur et du paramètre d'alignement utilisés par le client. Ces variants difficiles à détecter sont destinés aux clients expérimentés qui utilisent leur pipeline. Il s’agit donc simplement d’en avoir une bonne compréhension. SNVs and small INDELs (e.g. 5 bp or smaller) are more straightforward for customers to detect.

Les contrôles d’ADN acellulaire Twist sont de l’ADN double brin. Il s'agit d'un mélange de molécules synthétiques d'ADN tumoral circulant (ctDNA) conçues et imprimées avec la technologie Twist et ajoutées à l'ADN acellulaire résiduel pour former chaque niveau spécifique de VAF.

Twist effectue le séquençage de l'exome entier pour l'ADN acellulaire (cfDNA) résiduel et utilise une capture de cible sur le matériel de 5 %, en plus d'une ddPCR sur les VAF intermédiaires.

Les fragments de variants sont des molécules d'ADN double brin aux extrémités arrondies.

Twist a testé le matériel comme étant un modèle approprié dans les protocoles de préparation de banques non fragmentées pour la réparation de l'extrémité et la ligature d’A-tail (ERAT), ainsi que dans les protocoles d'amplicon, tels que la ddPCR et la qPCR. Les performances du modèle de référence Pan-cancer v2 sont similaires à celles de v1, et à celles de tout autre ADNds utilisé dans la préparation de banques.

Twist exécute des NGS à enrichissement ciblé sur la VAF de 0 % et de 5 % pour garantir la non-détection et la détection, respectivement, de tous les sites de variants. En outre, six sites de tous les niveaux de VAF sont confirmés par ddPCR.

L’ADN acellulaire est généré au cours d’un processus biologique hautement spécifique qui produit un profil de longueur de fragment caractéristique. Par conséquent, nous recommandons de préparer une banque qui ne modifie en rien le profil de taille : en utilisant le « kit de préparation de banque par fragmentation mécanique de Twist » sans traitement de fragmentation supplémentaire. Les tailles d’insertion de nos banques sont superbes lorsque nous utilisons cette méthode. Nous utilisons fréquemment les adaptateurs Twist UMI sur les échantillons d’ADN acellulaire, et ils fonctionnent très bien pour le consensus duplex et pour obtenir de bonnes évaluations des taux de mutation.

Le kit complet en contient 7. Si un tube individuel fait 3 ug, il s'agit d'un tube unique. La configuration en 2 tubes de 300 ng comporte 2 tubes.

Twist recommande de commencer avec 30 ng d'entrée initiale. 20 à 30 ng est une plage typique pour les analyses de biopsie liquide.

Les 456 variants sont tous confirmés par NGS (pour les VAF 0 % et 5 %), et les 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 % et 2 % sont générés à partir d’un mélange de stocks de 0 % et 5 %. Nous avons sélectionné un ensemble de six variants représentatifs et pertinents à travers des VAF de 0 % à 5 % pour la ddPCR, montrant des formulations quantitatives et une dilution en série continue.

Twist recommande d’utiliser le « Low-EDTA TE », qui est composé de 10 mM Tris pH 8, 0,1 mM EDTA. Si l'EDTA doit être évité pour des raisons de compatibilité avec les étapes en aval, le tampon d'élution Qiagen (Tris-HCl 10 mM, pH 8) peut être utilisé.

L'ADN acellulaire (cfDNA) Twist provient d'une lignée cellulaire immortalisée, ce qui nous permet de créer de grands lots de production avec des génotypes et des performances constantes d'un lot à l'autre.

L'ADN non amplifié haute fidélité Twist de l'ADN acellulaire (cfDNA) résiduel est dérivé de notre processus de fragmentation exclusif, et nous avons observé un taux de mutation extrêmement faible par rapport au matériel concurrent.