Cette suppression se produit dans le gène ATM dans un contexte génomique avec 10 Ts consécutifs. Ces Ts consécutifs font du locus une séquence « glissante », où l'ADN polymérase répliquant une copie du génome peut voir le brin modèle glisser par rapport au brin synthétisé, ce qui mène à un INDEL.

 

Il est fort probable que le même effet se produise par le même mécanisme lorsqu'une polymérase PCR copie la séquence pendant la PCR de préparation de la banque. Ainsi, ce locus est particulièrement susceptible de former spontanément la séquence de variant en raison du cycle de PCR au cours de la préparation ordinaire de la banque.

 

Lorsque l'allèle n'est pas du tout présent, tout échantillon génomique humain (y compris le modèle de référence pan-cancer) présentera une VAF élevée pour cette mutation en raison d'une erreur de PCR. (Dans la VAF 0 % pan-cancer, il apparaît à une VAF plus élevée que 99,8 % des autres sites de variants dans le modèle). Ainsi, le bruit résiduel est plus élevé en raison du contexte génomique, ce qui signifie que la limite de blanc (LoB) de ce variant est probablement plus élevée que celle d'autres loci en raison du concours de séquences.

 

Lorsque l'allèle est présent, la véritable fréquence de l'allèle sera ajoutée « en plus » du niveau de bruit du locus, ce qui signifie que ce variant aura probablement une limite de détection (LoD) plus élevée que d'autres sites de variants.

 

L'utilisation d'adaptateurs UMI (comme les adaptateurs Twist UMI) et l'exécution d'une réduction de consensus et/ou d’une réduction d'un duplex peuvent contribuer à réduire le bruit à ce locus dû à une erreur de PCR lors de la préparation de la banque.