De l’échantillon de salive au séquenceur en moins de 8 heures

Le blog suivant a été écrit par Scott Rabuka, et publié à l’origine sur The Genetic Link, un blog de DNA Genotek.

Une nouvelle solution à un enjeu de méthode de travail avec Twist Bioscience

Tout le monde sait que le marché mondial de la génomique a connu un essor ces dernières années. La croissance s’accompagne souvent de nouveaux défis et d’attentes plus ambitieuses. Les laboratoires de génomique peuvent en témoigner, car beaucoup d’entre eux sont en quête de solutions innovantes pour accélérer le traitement des échantillons tout en maintenant la qualité de leur travail.

Chez DNA Genotek, nous avons commencé à collaborer avec Twist Bioscience, un fabricant d’ADN synthétique, sur une solution de bout en bout visant à résoudre les procédés de laboratoire NGS, longs et coûteux. Ce blog met précisément en exergue notre travail d’amélioration du procédé pour l’isolement de l’ADN par enrichissement ciblé et le séquençage de l’exome entier.

L’objectif de cette collaboration était de parvenir à un déroulement des opérations en une seule journée, de l’échantillon au séquenceur en moins de 8 heures, et surtout de le faire sans sacrifier la qualité ou les performances.

Chez DNA Genotek, nous visions un procédé de 8 heures pour que les techniciens puissent commencer leur journée avec un échantillon de salive en main, et repartir à la fin de leur journée avec les échantillons sur un séquenceur.

Repérer le goulot d’étranglement et résoudre le problème

Nous avons commencé à observer un procédé habituel de traitement des échantillons d’ADN afin de déterminer comment améliorer le procédé d’isolement de l’ADN. Nous avons conclu que la préparation, la quantification et la normalisation des échantillons allongeaient considérablement le procédé et que nous devions réduire la durée de ces étapes pour avoir un impact significatif sur le procédé global.

Cela nécessitait le développement d’un nouveau réactif innovant. Nous y sommes parvenus et avons lancé prep•IT Q2A qui permet d’éliminer rapidement, par voie liquide, les inhibiteurs présents dans les échantillons de salive Oragene® et ORAcollect®.The protocols are adaptable for manual or automated processing with a preparation time of only 30 minutes.

While we addressed the upstream workflow, Twist focused their efforts on the downstream. Twist quickly recognized that its 16-hour hybridization was the longest step of the 2-day process and targeted it for improvement. Out of those development efforts, the new Twist Fast Hyb Kit was born. This new product was designed specifically to reduce the lengthy hybridization step to as little as 15 minutes.

Quelle a été la rapidité de cette nouvelle solution de bout en bout ?

En associant notre expertise en matière d’isolement de l’ADN de la salive au kit Twist Fast Hyb et à la technologie d’enrichissement ciblé, nous avons pu réduire de plus de 24 heures le processus global pour proposer un processus rationalisé de 8 heures.

« Le fait de disposer du procédé d’isolement en amont prepIT®-Q2A, rapide, facile à utiliser, performant et automatisable, pour les échantillons d’ADN de salive, intégré au système d’enrichissement rapide de Twist Bioscience et au séquençage ciblé en aval permet de séquencer un échantillon en une journée avec une qualité fiable. » - Bryan Hoglund, chef de produit chez Twist Bioscience.

Une autre collaboration réussie

Chez DNA Genotek, nous sommes heureux de cette collaboration avec Twist Bioscience et attendons avec impatience de voir comment nous contribuerons à la mise en œuvre de ce procédé simplifié dans votre laboratoire.

prep•IT Q2A is now available. You can find more information on the prep•IT Q2A product page or email DNA Genotek at [email protected].

Pour en savoir plus sur les solutions d’enrichissement ciblé NGS de Twist Bioscience rendez-vous ici.

Image de couverture modifiée de @unitednations sur Unsplash