De la muestra de saliva al secuenciador en menos de 8 horas

El blog siguiente está escrito por Scott Rabuka y se publicó originalmente en The Genetic Link, un blog de DNA Genotek.

Una nueva solución a un reto de flujo de trabajo con Twist Bioscience

No es ningún secreto que el mercado global de la genómica ha crecido en los últimos años. El crecimiento suele estar acompañado por retos nuevos y expectativas más altas. Los laboratorios de genómica pueden atestiguar esto, ya que muchos están en plena búsqueda de soluciones innovadoras para aumentar la velocidad a la que pueden procesar muestras al tiempo que mantienen la calidad de su trabajo.

En DNA Genotek, empezamos a colaborar con Twist Bioscience, un fabricante de ADN sintético, en una solución integral para sustituir los flujos de trabajo de laboratorio de secuenciación de última generación (NGS) laboriosos y costosos. Este blog destaca específicamente nuestros esfuerzos en cuanto a la mejora del flujo de trabajo para el aislamiento del ADN a través del enriquecimiento del objetivo y la secuenciación de exomas completos.

El objetivo de esta colaboración fue conseguir un flujo de trabajo de un único día (de la muestra al secuenciador en menos de 8 horas) y, lo que es más importante, hacerlo sin sacrificar calidad ni rendimiento.

En DNA Genotek, nuestro objetivo es un flujo de trabajo de 8 horas, de modo que los técnicos puedan comenzar el día con una muestra de saliva a mano y dejar al final de la jornada las muestras en un secuenciador.

Localización del cuello de botella y resolución del problema

Empezamos examinando un flujo de trabajo de procesamiento de muestras de ADN típico con un ojo en dónde podríamos mejorar los procesos de aislamiento del ADN. Llegamos a la conclusión de que la preparación de muestras, la cuantificación y la normalización añadían un tiempo significativo al flujo de trabajo y de que necesitaríamos reducir la duración de estos pasos para tener un impacto significativo en el flujo de trabajo general.

Esto requeriría el desarrollo de un nuevo reactivo innovador. Conseguimos nuestro objetivo y lanzamos prep•IT Q2A, que permite la eliminación rápida y con base líquida de los inhibidores de las muestras de saliva de Oragene® y ORAcollect®. The protocols are adaptable for manual or automated processing with a preparation time of only 30 minutes.

While we addressed the upstream workflow, Twist focused their efforts on the downstream. Twist quickly recognized that its 16-hour hybridization was the longest step of the 2-day process and targeted it for improvement. Out of those development efforts, the new Twist Fast Hyb Kit was born. This new product was designed specifically to reduce the lengthy hybridization step to as little as 15 minutes.

¿Cuánto más rápida fue esta nueva solución integral?

Al unir nuestra experiencia en el ADN procedente del aislamiento de la saliva con el kit de hibridación rápida Twist y la tecnología de enriquecimiento del objetivo, pudimos recortar más de 24 horas del flujo de trabajo total para proporcionar un flujo de trabajo optimizado de 8 horas.

“Disponer del flujo de trabajo inicial de aislamiento rápido, sólido y automatizable prepIT®•Q2A para las muestras de ADN de saliva integrado en el sistema de enriquecimiento rápido Twist Bioscience y centrarnos en la secuenciación del flujo de trabajo posterior permite secuenciar una muestra en un día con una calidad fiable”.
– Bryan Hoglund, director de producto en Twist Bioscience

Otra colaboración exitosa

En DNA Genotek, estamos contentos de haber tenido la oportunidad de colaborar con Twist Bioscience y estamos ansiosos por aprender cómo podemos ayudarle a implantar este flujo de trabajo optimizado en el laboratorio.

prep•IT Q2A is now available. You can find more information on the prep•IT Q2A product page or email DNA Genotek at [email protected].

Para obtener más información sobre las soluciones de enriquecimiento del objetivo por NGS Twist Bioscience, visite esta página.

Imagen de portada modificada de @unitednations en Unsplash