Speichelprobe zum Sequenzer in weniger als 8 Stunden

Der folgende Blog wurde von Scott Rabuka geschrieben und ursprünglich auf The Genetic Link, einem Blog von DNA Genotek, gepostet.

Eine neue Lösung für eine Workflow-Herausforderung mit Twist Bioscience

Es ist kein Geheimnis, dass der globale Genomikmarkt in den letzten Jahren gewachsen ist. Wachstum geht oft mit neuen Herausforderungen und höheren Erwartungen einher. Genetische Labore können dies bestätigen, da viele derzeit nach innovativen Lösungen suchen, um die Geschwindigkeit zu erhöhen, mit der sie Proben verarbeiten und gleichzeitig ihre Arbeitsqualität erhalten können.

DNA Genotek kollaborierte mit Twist Bioscience, einem Hersteller von synthetischer DNA, um eine End-to-End-Lösung für zeitaufwändige und kostspielige NGS-Laborabläufe zu entwickeln. Dieser Blog beschreibt unsere Arbeit zur Verbesserung des Workflows für die DNA-Isolierung durch gezielte Anreicherung und Sequenzierung des gesamten Exoms.

Ziel dieser Zusammenarbeit war es, einen eintägigen Workflow zu entwickeln – Probe zum Sequenzer in weniger als 8 Stunden – und das ohne Qualitäts- oder Leistungseinbußen.

DNA Genotek zielte auf einen 8-stündigen Workflow ab, damit Techniker ihren Arbeitstag mit einer Speichelprobe in der Hand beginnen und den Arbeitstag mit den Proben auf einem Sequenzer beenden konnten.

Identifizieren des Engpasses und Beheben des Problems

Wir begannen mit der Untersuchung eines typischen Workflows für die DNA-Probenverarbeitung, um herauszufinden, wo wir den DNA-Isolierungsprozess verbessern könnten. Wir kamen zu dem Schluss, dass der Workflow durch die Probenvorbereitung, -quantifizierung und -normalisierung erheblich verlängert wurde und dass wir diese Schritte verkürzen müssten, um einen entscheidenden Einfluss auf den gesamten Workflow zu haben.

Dies erforderte die Entwicklung eines innovativen neuen Reagens, was uns gelungen ist. Wir brachten prep•IT Q2A auf den Markt, ein Produkt, das eine schnelle, flüssigkeitsbasierte Entfernung von Inhibitoren in Speichelproben von Oragene® und ORAcollect® ermöglicht. The protocols are adaptable for manual or automated processing with a preparation time of only 30 minutes.

While we addressed the upstream workflow, Twist focused their efforts on the downstream. Twist quickly recognized that its 16-hour hybridization was the longest step of the 2-day process and targeted it for improvement. Out of those development efforts, the new Twist Fast Hyb Kit was born. This new product was designed specifically to reduce the lengthy hybridization step to as little as 15 minutes.

Wie viel schneller war diese neue End-to-End-Lösung?

Durch die Zusammenführung unserer DNA-Expertise aus der Speichelisolierung und dem Twist Fast Hyb Kit sowie der gezielten Anreicherungstechnologie konnten wir den gesamten Workflow um mehr als 24 Stunden verkürzen und einen optimierten 8-Stunden-Workflow erzielen.

„Durch die Integration des schnellen, benutzerfreundlichen, robusten, vorgelagerten und automatisierbaren prepIT®•Q2A Isolationsworkflows für DNA-Speichelproben in das schnelle Anreicherungssystem von Twist Bioscience und die gezielte nachgelagerte Sequenzierung kann eine Probe an einem Tag mit zuverlässiger Qualität sequenziert werden.“ – Bryan Hoglund, Produktmanager bei Twist Bioscience.

Eine weitere erfolgreiche Zusammenarbeit

DNA Genotek freut sich über diese Gelegenheit zur Zusammenarbeit mit Twist Bioscience. Auch freuen wir uns darauf zu erfahren, wie wir diesen optimierten Workflow in Ihrem Labor implementieren können.

prep•IT Q2A is now available. You can find more information on the prep•IT Q2A product page or email DNA Genotek at [email protected].

Weitere Informationen über Twist Bioscience Lösungen zur NGS-Zielanreicherung finden Sie hier.

Titelbild adaptiert von @unitednations auf Unsplash