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ÜBERSICHT VIRUSNACHWEIS DATENANALYSE BESTELLEN UND SPEZIFIKATIONEN RESSOURCEN
ÜBERSICHT

The Coronavirus pandemic led to a rapid response from the viral research and therapeutics community around the world. Diese Forschungsteams benötigen robuste und zuverlässige genomische Werkzeuge zur Klassifizierung und Charakterisierung von Virusproben. Twist bietet NGS-Zielanreicherungs-Panels für den Nachweis und die Charakterisierung des SARS-CoV-2-Virus an. Das Panel zielt auf ein 30 kb großes Virusgenom mit circa 1.000 Sonden ab, welches gegen das SARS-CoV-2-Genom (GenBank: MN908947.3) entwickelt wurde.

Nachweis
Hochsensibler Nachweis
Nachweis von nur 10 Kopien des viralen Materials mit einer Anreicherung von > 100.000
Sequenzierung
Mehr Sequenzinformationen
Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung
Fähigkeit, virale Mutationen zu erkennen
Überwachung
Anwendung zur Umweltüberwachung
Beurteilung der Virusevolution im Laufe der Zeit
Nachverfolgung der Herkunft des Stamms und von Übertragungsmustern
When Detection Isn't Enough

Einführung des SARS-CoV-2 NGS-Assay – RUO: Ein hochempfindlicher Capture-basierter Nukleinsäurehybridisierungs-Assay, der ausschließlich für Forschungszwecke verwendet wird und zum Nachweis, zur Charakterisierung und zur Umweltüberwachung des SARS-CoV-2-Virus verwendet wird.. Er nutzt die einzigartige Fähigkeit von Twist, schnell virusspezifische Panels durch DNA-Synthese zu entwickeln, sowie die umfassende Datenanalyse-Software und Berichtsfunktionen von Biotia (COVID-DX (v1.0)). 

  • Empfindlicher Nachweis von bis zu 800 Viruskopien pro ml in jeder Probe 
  • Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung 
  • Fähigkeit, neuartige virale Mutationen zu erkennen 
  • Der RUO-Software-Analysebericht bietet Varianten-Typisierung und phylogenetische Analyse für die epidemiologische Überwachung  
     

Twist mit Biotia-Analysesoftware

 

The Coronavirus pandemic led to a rapid response from the viral research and therapeutics community around the world. Diese Forschungsteams benötigen robuste und zuverlässige genomische Werkzeuge zur Klassifizierung und Charakterisierung von Virusproben. Twist bietet NGS-Zielanreicherungs-Panels für den Nachweis und die Charakterisierung des SARS-CoV-2-Virus an. Das Panel zielt auf ein 30 kb großes Virusgenom mit circa 1.000 Sonden ab, welches gegen das SARS-CoV-2-Genom (GenBank: MN908947.3) entwickelt wurde.

Nachweis
Hochsensibler Nachweis
Nachweis von nur 10 Kopien des viralen Materials mit einer Anreicherung von > 100.000
Sequenzierung
Mehr Sequenzinformationen
Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung
Fähigkeit, virale Mutationen zu erkennen
Überwachung
Anwendung zur Umweltüberwachung
Beurteilung der Virusevolution im Laufe der Zeit
Nachverfolgung der Herkunft des Stamms und von Übertragungsmustern
When Detection Isn't Enough

Einführung des SARS-CoV-2 NGS-Assay – RUO: Ein hochempfindlicher Capture-basierter Nukleinsäurehybridisierungs-Assay, der ausschließlich für Forschungszwecke verwendet wird und zum Nachweis, zur Charakterisierung und zur Umweltüberwachung des SARS-CoV-2-Virus verwendet wird.. Er nutzt die einzigartige Fähigkeit von Twist, schnell virusspezifische Panels durch DNA-Synthese zu entwickeln, sowie die umfassende Datenanalyse-Software und Berichtsfunktionen von Biotia (COVID-DX (v1.0)). 

  • Empfindlicher Nachweis von bis zu 800 Viruskopien pro ml in jeder Probe 
  • Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung 
  • Fähigkeit, neuartige virale Mutationen zu erkennen 
  • Der RUO-Software-Analysebericht bietet Varianten-Typisierung und phylogenetische Analyse für die epidemiologische Überwachung  
     

Twist mit Biotia-Analysesoftware

 

VIRUSNACHWEIS

NGS für Virusnachweis

NGS bietet eine spezifische Hochdurchsatz-Identifizierung von Infektionen in verschiedenen Probentypen, einschließlich Blutproben, Nasenabstrichen, Stuhlproben usw. Im Fall von Virusinfektionen kann die direkte Sequenzierung aufgrund der niedrigen Konzentration des Virus von Interesse und des Vorhandenseins eines intensiven Backgrounds des Wirts allerdings eine Herausforderung darstellen. Das Target Enrichment, bei dem DNA-basierte Hybridisierungssonden verwendet werden, um bestimmte Sequenzen aus einer gemischten genomischen Probe zu isolieren, kann die NGS-Sensitivität und -Spezifität erhöhen.

Hohe Empfindlichkeit durch effizientes Design

Twist’s highly sensitive and accurate target capture enables efficient viral RNA detection. We demonstrate target enrichment’s ability to capture and detect the viral genome at varying numbers of viral copies spiked into human reference RNA. At high viral load (approximately 1 million copies), the complete genome is recovered even with only 25,000 reads*. While at lower copy numbers, coverage of large portions of the viral template is maintained. No reads from the negative control map to the viral template even when using 8 million mapped reads, demonstrating our detection at 10 copies represents true capture and not background contamination. Find out more in the App Note.

*When using COVID-Dx, 1 million reads are necessary for analytics.

NGS SARS-CoV-2 Research Panel Genom-Abdeckung
Einfacher Workflow aus gereinigter RNA zur Sequenzierung

Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wird mit einem einfach zu befolgenden Protokoll aus gereinigten RNA-Proben zur Sequenzierung mit leicht erhältlichen Komponenten geliefert.

NGS SARS-CoV-2 Research Panel Workflow

NGS für Virusnachweis

NGS bietet eine spezifische Hochdurchsatz-Identifizierung von Infektionen in verschiedenen Probentypen, einschließlich Blutproben, Nasenabstrichen, Stuhlproben usw. Im Fall von Virusinfektionen kann die direkte Sequenzierung aufgrund der niedrigen Konzentration des Virus von Interesse und des Vorhandenseins eines intensiven Backgrounds des Wirts allerdings eine Herausforderung darstellen. Das Target Enrichment, bei dem DNA-basierte Hybridisierungssonden verwendet werden, um bestimmte Sequenzen aus einer gemischten genomischen Probe zu isolieren, kann die NGS-Sensitivität und -Spezifität erhöhen.

Hohe Empfindlichkeit durch effizientes Design

Twist’s highly sensitive and accurate target capture enables efficient viral RNA detection. We demonstrate target enrichment’s ability to capture and detect the viral genome at varying numbers of viral copies spiked into human reference RNA. At high viral load (approximately 1 million copies), the complete genome is recovered even with only 25,000 reads*. While at lower copy numbers, coverage of large portions of the viral template is maintained. No reads from the negative control map to the viral template even when using 8 million mapped reads, demonstrating our detection at 10 copies represents true capture and not background contamination. Find out more in the App Note.

*When using COVID-Dx, 1 million reads are necessary for analytics.

NGS SARS-CoV-2 Research Panel Genom-Abdeckung
Einfacher Workflow aus gereinigter RNA zur Sequenzierung

Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wird mit einem einfach zu befolgenden Protokoll aus gereinigten RNA-Proben zur Sequenzierung mit leicht erhältlichen Komponenten geliefert.

NGS SARS-CoV-2 Research Panel Workflow
DATENANALYSE

Biotia-Analyse

Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wurde mit zusätzlichen Reagenzien und Analysen kombiniert, um mit dem SARS-CoV-2-NGS-Assay eine durchgängige Lösung von der Probennahme bis zur Drittanalyse zu schaffen.

Die Software Biotia COVID-DX (v1.0) bietet einen forschungsorientierten Bericht, der die vollständige Sequenz des SARS-CoV-2-Virus enthält und ein besseres Verständnis von Mutationen, genetischen Variationen und der Entwicklung des Virus während seiner Übertragung ermöglicht. FASTQ-Dateien (Sequenzierungs-Output) können in Laboren erstellt werden und an Biotia COVID-DX (v1.0), eine cloudbasierte Software, übermittelt werden, um Berichte zu erstellen, die nur für die Forschung bestimmt sind. Der Kauf jedes SARS-CoV-2-NGS-Assay-Kits enthält einen Kredit zur Bioinformatikanalyse jeder Probe durch COVID-DX (v1.0). 

Um Biotia-Analysekredite zu erhalten, registrieren Sie sich einfach über das Biotia-Benutzerportal über www.biotia.io und geben Sie die Bestellnummer ein, die Ihnen nach Ihrer Bestellung per E-Mail zugeschickt wurde. Diese Kredite gewähren Ihnen Zugriff, um Proben durch die Berichterstellungskomponente der Software laufen zu lassen.

Genetische Varianten identifiziert

Genetische Varianten werden durch das Ausrichten des Teststamms auf das SARS-CoV-2-Referenzgenom (NC_045512.2) bestimmt und unter Verwendung von Informationen zu Genlokalität/-position, ‑veränderung und Literaturhinweisen, falls diese erforderlich sind. 

 

Ermitteltes SARS-CoV-2 Gen Position (bp) Veränderung Referenzwert
Ja GORF1ab 241 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 478 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 3.037 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 14408* T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 18877 T Nicht festgestellt
Ja S 23403 G Nicht festgestellt
Ja 3a 25563 T Nicht festgestellt
Ja 3’UTR 29759 C Nicht festgestellt

 

Die Sequenzergebnisse werden auf das gesamte Genom übertragen.

Der Prozentsatz des SARS-CoV-2-Genoms, der aus Ihrer Testprobe gewonnen werden kann, und die genetischen Varianten, die im Vergleich zum Referenzgenom identifiziert werden, sind indiziert. Der Anteil der bekannten genetischen Varianten von SARS-CoV-2-Stämmen aus aller Welt ist dargestellt (unten).

Die Sequenzergebnisse werden auf das gesamte Genom übertragen.
Phylogenetische Analyse und Überwachungs-Monitoring.

Die Testprobe ist am engsten mit Clade 20A verwandt

Dieser Clade wurde am häufigsten in sequenzierten Proben aus den USA, Belgien und Frankreich gefunden

Phylogenetische Analyse und Überwachungs-Monitoring.

Biotia-Analyse

Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wurde mit zusätzlichen Reagenzien und Analysen kombiniert, um mit dem SARS-CoV-2-NGS-Assay eine durchgängige Lösung von der Probennahme bis zur Drittanalyse zu schaffen.

Die Software Biotia COVID-DX (v1.0) bietet einen forschungsorientierten Bericht, der die vollständige Sequenz des SARS-CoV-2-Virus enthält und ein besseres Verständnis von Mutationen, genetischen Variationen und der Entwicklung des Virus während seiner Übertragung ermöglicht. FASTQ-Dateien (Sequenzierungs-Output) können in Laboren erstellt werden und an Biotia COVID-DX (v1.0), eine cloudbasierte Software, übermittelt werden, um Berichte zu erstellen, die nur für die Forschung bestimmt sind. Der Kauf jedes SARS-CoV-2-NGS-Assay-Kits enthält einen Kredit zur Bioinformatikanalyse jeder Probe durch COVID-DX (v1.0). 

Um Biotia-Analysekredite zu erhalten, registrieren Sie sich einfach über das Biotia-Benutzerportal über www.biotia.io und geben Sie die Bestellnummer ein, die Ihnen nach Ihrer Bestellung per E-Mail zugeschickt wurde. Diese Kredite gewähren Ihnen Zugriff, um Proben durch die Berichterstellungskomponente der Software laufen zu lassen.

Genetische Varianten identifiziert

Genetische Varianten werden durch das Ausrichten des Teststamms auf das SARS-CoV-2-Referenzgenom (NC_045512.2) bestimmt und unter Verwendung von Informationen zu Genlokalität/-position, ‑veränderung und Literaturhinweisen, falls diese erforderlich sind. 

 

Ermitteltes SARS-CoV-2 Gen Position (bp) Veränderung Referenzwert
Ja GORF1ab 241 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 478 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 3.037 T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 14408* T Nicht festgestellt
Ja ORF1ab 18877 T Nicht festgestellt
Ja S 23403 G Nicht festgestellt
Ja 3a 25563 T Nicht festgestellt
Ja 3’UTR 29759 C Nicht festgestellt

 

Die Sequenzergebnisse werden auf das gesamte Genom übertragen.

Der Prozentsatz des SARS-CoV-2-Genoms, der aus Ihrer Testprobe gewonnen werden kann, und die genetischen Varianten, die im Vergleich zum Referenzgenom identifiziert werden, sind indiziert. Der Anteil der bekannten genetischen Varianten von SARS-CoV-2-Stämmen aus aller Welt ist dargestellt (unten).

Die Sequenzergebnisse werden auf das gesamte Genom übertragen.
Phylogenetische Analyse und Überwachungs-Monitoring.

Die Testprobe ist am engsten mit Clade 20A verwandt

Dieser Clade wurde am häufigsten in sequenzierten Proben aus den USA, Belgien und Frankreich gefunden

Phylogenetische Analyse und Überwachungs-Monitoring.
Bestellung und Spezifikationen
PRODUCT SKUS - LIBRARY PREP + REAGENTS + RESEARCH PANEL + BIOTIA

104796

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 16 Samples

104797

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 96 Samples

104799

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 768 Samples
PRODUkT SKUS – RESEARCH PANEL + BIOTIA

103564

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 Reaktionen, Kit

103566

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 Reaktionen, Kit

103567

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 Reaktionen, Kit
PRODUkT SKUS – RESEARCH PANEL

102016

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 2 Reaktionen, Kit

102017

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 12 Reaktionen, Kit

102018

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 96 Reaktionen, Kit

Die Twist Synthetic SARS–CoV-2-RNA-Kontrollen sind nur für Forschungszwecke bestimmt und unterliegen zusätzlichen Nutzungsbeschränkungen, wie in den Twist Bioscience Lieferbedingungen dargelegt.

PRODUCT SKUS - LIBRARY PREP + REAGENTS + RESEARCH PANEL + BIOTIA

104796

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 16 Samples

104797

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 96 Samples

104799

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 768 Samples
PRODUkT SKUS – RESEARCH PANEL + BIOTIA

103564

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 Reaktionen, Kit

103566

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 Reaktionen, Kit

103567

Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 Reaktionen, Kit
PRODUkT SKUS – RESEARCH PANEL

102016

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 2 Reaktionen, Kit

102017

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 12 Reaktionen, Kit

102018

Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 96 Reaktionen, Kit

Die Twist Synthetic SARS–CoV-2-RNA-Kontrollen sind nur für Forschungszwecke bestimmt und unterliegen zusätzlichen Nutzungsbeschränkungen, wie in den Twist Bioscience Lieferbedingungen dargelegt.

RESSOURCEN