Enzymatic Fragmentation 2.0 Library Prep Kit

The on-target rate for the Twist EF 2.0 Library Prep Kit is equivalent to the on-target rate achieved with the Twist EF 1.0 Library Prep Kit. Hier wird ein Vergleich der Fraktion eines On-Target-Aufrufs unter verschiedenen Hybridisierungsbedingungen dargestellt.

Das Target Enrichment wurde mit dem Twist Core Exome Panel und dem Twist Universal Adapter System durchgeführt. Die Sequenzierung wurde mit den NextSeq® 550 oder 2000 Plattformen durchgeführt. Die Daten wurden auf das 150-fache der Zielgröße herunterreduziert und mit Picard Metrics analysiert. Die Fehlerbalken stellen die Standardabweichung zwischen den Replikaten dar.

During library preparation, minimizing inappropriate DNA ligation or recombination reduces chimera-derived sequencing errors. The upgraded Twist EF 2.0 Library Prep Kit provides a significantly decreased fraction of chimera reads, shown here against the Twist EF 1.0 Library Prep Kit. It also shows equivalent chimera rates compared to library preparation with mechanical fragmentation.

NGS libraries were generated with the Twist EF 1.0 Library Prep Kit, Twist EF 2.0 Library Prep Kit, or Twist Mechanical Fragmentation Library Prep Kit. Das Target Enrichment wurde mit dem Twist Core Exome Panel und dem Twist Universal Adapter System durchgeführt. Die Sequenzierung wurde mit der NextSeq® 2000 Plattform durchgeführt. Die Daten wurden auf das 150-Fache der Zielgröße herunterreduziert und mit der Picard-Metrik PCT_CHIMERAS angegeben. Die Fehlerbalken stellen die Standardabweichung zwischen den Replikaten dar.

Wiederholbare Performance gewährleistet die Zuversicht bei den Ergebnissen. When experimental conditions are held constant, the Twist EF 2.0 Library Prep Kit produces a robust, consistent DNA library fragment size. Hier werden 8 verschiedene Elektropherogramme von NGS-Libraries gezeigt, die mit dem Kit erzeugt wurden. Die Überlappung der Fluoreszenzkurven zeigen die Einheitlichkeit der Libraryvorbereitung, die bei jedem Lauf erreicht werden kann.

NGS libraries were generated with the Twist EF 2.0 Library Prep Kit and Twist's Universal Adapter system. 50 ng of high-quality gDNA was fragmented for 20 minutes at 37°C. 6 cycles of PCR were utilized for amplification. Die Proben wurden mit einem Agilent DNA 7500 Assay analysiert und die Ergebnisse wurden mit der Expert 2100-Software überlagert.

With the Twist EF 2.0 Library Prep Kit, DNA library fragment size can be tuned to your specific needs by simply adjusting fragmentation time.

Hier werden vier Elektropherogramme von NGS-Libraries dargestellt, die mit verschiedenen Fragmentierungszeiten generiert wurden. NGS libraries were generated with the Twist EF 2.0 Library Prep Kit and Twist's Universal Adapter System. 50 ng of high-quality gDNA was fragmented for various times at 37°C. 6 cycles of PCR were utilized for amplification. Samples were analyzed with an Agilent DNA 7500 assay, and results were overlaid in Expert 2100 software.

Fehler während der Amplifikation sind unvermeidbar, müssen aber nicht gängig sein. The upgraded Twist EF 2.0 Library Prep Kit includes the Equinox Master Mix, featuring a high-fidelity hot-start enzyme. Im Vergleich zu der zuvor empfohlenen und viel verwendeten Polymerase weist der Equinox Master Mix eine geringere Fehlerrate mit weniger falsch eingefügten Basen auf. Das bedeutet eine akkuratere Amplifikation und letztendlich Sequenzierungsdaten, denen Sie vertrauen können.

Mit einem proprietären NGS-basierten Assay wurde das Auftreten von Basen-Fehlpaarungen über zahlreiche Paare von nicht übereinstimmenden Basen gemessen. Die dargestellten Werte repräsentieren die durchschnittliche Fehlerrate aller Fehlpaarungen.