Twist RNA Sequenzierungs-Workflow-Lösungen

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Übersicht über die RNA-Seq Libraryvorbereitung

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). Die gesamten Transkriptom-Librarys können für eine umfassende Analyse direkt sequenziert werden. Sie können auch als Input für den Twist RNA Target Enrichment Workflow mit unseren Target Enrichment Panels für RNA Exom, RNA Fusion oder kundenspezifischen RNA Enrichment Panels verwendet werden, die die NGS-Abdeckung auf kodierende Regionen fokussieren und so Genexpressionsanalysen, Fusionsdetektion und die Identifizierung von kodierenden Varianten mit einem einzigen Assay ermöglichen (rechts).

RNA-Seq Libraryvorbereitungs-Workflow

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. Die RNA wird fragmentiert und dann revers in cDNA transkribiert, gefolgt von einer einstufigen 2-Strang-Synthese und A-Tailing, was Zeit und Verfahrensschritte spart. Schließlich werden die Librarys durch Ligierung von hochwertigen Twist UMIs oder Universaladaptern (UDIs) und anschließende Amplifikation erstellt.

RNA LP – Produktblatt

Dieses Produktblatt hebt die Fähigkeiten des Twist RNA-Exoms hervor und liefert wichtige Informationen, um bei der Genomsequenzierung hervorragende Ergebnisse zu erzielen.

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RNA LP mit UMI-Protokoll

This protocol details the steps to build sequencing libraries for target enrichment including converting RNA and preparing cDNA libraries with Twist UMIs.

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RNA LP mit UDI-Protokoll

Protocol for RNA library preparation using universal adapter system.

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RNA-Exom

Das Twist RNA-Exom bietet zusammen mit Twist RNA Library Prep und Twist Target Enrichment ein zuverlässiges Werkzeug zur Generierung von Transkriptom-Sequenzierungsdaten aus RNA, die aus verschiedenen Quellen, einschließlich FFPE, extrahiert wurde. RNA Exom erhöht das Signal und erfordert gleichzeitig weniger Sequenzierungs-Reads für die gleiche Anzahl nachgewiesener Gene. Dies ermöglicht den Nachweis schwach exprimierender Ziele, die für ein genaues Bild des Transkriptionszustands der biologischen Probe entscheidend sind. Darüber hinaus lässt der Exon-bewusste Designansatz des RNA-Exoms die Möglichkeit offen, Isoformen und Verbindungen nachzuweisen, die sonst bei typischen Designansätzen verloren gehen könnten. Diese vollständige Sequenzierungslösung kann hochkomplexe und einheitliche Sequenzierungs-Reads für die RNA-Sequenzierungsanalyse der proteinkodierenden Sequenzen des menschlichen Transkriptoms erzeugen.

Entwickelt für das menschliche Transkriptom

Ziel sind 35,8-MB-Basen, 19.708 Gene und 63.215 Isoformen
Erstellt mit Sequenzen aus Gencode und RefSeq
Mehr als 1,8-fache Anreicherung des gesamten Transkriptoms

Für RNA erstelltes Target Enrichment

Exon-bewusstes Sondendesign für proteinkodierende Regionen, Fusionen und Isoformen
Weniger Reads pro Probe für mehr Proben
Kompatibel mit FFPE und geringem RNA-Input

Mehr Targets, weniger Reads

Twist RNA-Exom erkennt mehr Ziele mit weniger Reads über eine Reihe von RNA-Inputs mit FFPE und universeller menschlicher Referenz-RNA. All libraries were prepared with the Twist RNA Library Prep

RNA LP – Produktblatt

Dieses Produktblatt hebt die Fähigkeiten des Twist RNA-Exoms hervor und liefert wichtige Informationen, um bei der Genomsequenzierung hervorragende Ergebnisse zu erzielen.

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RNA LP mit UMI-Protokoll

This protocol details the steps to build sequencing libraries for target enrichment including converting RNA and preparing cDNA libraries with Twist UMIs.

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RNA LP mit UDI-Protokoll

Protocol for RNA library preparation using universal adapter system.

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RNA-Fusion

Genfusionen wirken häufig als onkogene Treibermutationen bei einer Vielzahl von Krebsarten. Ihre schnelle und genaue Erkennung kann klinische Maßnahmen beeinflussen und Behandlungsentscheidungen vorantreiben. Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit ist ein RNA-basiertes Anreicherungspanel und bietet eine verbesserte zielgerichtete und empfindliche Methode zur Untersuchung von Genfusionen als herkömmliche Methoden.

Dieses Panel umfasst 160 Fusionsgene, die mit etwa 30 Krebsarten assoziiert sind. The fusion genes were selected by CeGaT, a leading genetic diagnostic and sequencing company located in Europe. Das Design dient nicht nur dem Nachweis bekannter Genfusionen, sondern wird auch zur Identifizierung neuer Genfusionen verwendet.

Das Panel ist für die Verwendung mit dem Twist RNA Library Prep Kit optimiert und validiert, um einen kompletten End-to-End-Workflow mit außergewöhnlicher Leistung zu gewährleisten. Eine hohe Capture-Effizienz mit der RNA-basierten Anreicherung erhöht die Nachweisempfindlichkeit. Dieses Panel ist ideal für das Screening onkologischer Proben geeignet, um Behandlungsoptionen zu inspirieren oder neue Fusionen für die Tumorklassifizierung nachzuweisen.*