Identifizierung von weit verbreiteten humanen Atemwegspathogenen mit einem einzigen Test

Die 41.047 Sonden in diesem Panel, die aus der GenBank-Datenbank zusammengestellt wurden, werden es Forschern ermöglichen, COVID-19-Symptome von denen anderer Atemwegserkrankungen, sowohl Influenza- als auch Nicht-Influenza-bezogen, zu trennen. Das Twist Respiratory Panel ermöglicht die Anreicherung dieser viralen Sequenzen zur hoch aufgelösten NGS. Dies führt zu einem hochempfindlichen Nachweis von nur 100 Kopien viralen Materials mit einer mehr als 5000-fachen Anreicherung, selbst bei schwierigen Proben, und einer Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach der Anreicherung.

Identifizierung der viralen Standards aus verschiedenen Virusfamilien

Each Twist Synthetic Viral Control was spiked into 50 ng of human carrier RNA at 1,000,000 copies prior to cDNA synthesis. Für jeden Standard zeigen wir den prozentualen Anteil der viralen On-Target-Reads, das Fold Enrichment vor der Eingabe, den Median der Abdeckung über das Genom, den prozentualen Anteil der Basen mit mindestens 30-facher Abdeckung und die Vorlagenlänge. Virusgenome sind nach Vorlagenlänge (kleinstes bis längstes) unter allen Genomsegmenten angeordnet. In den meisten Fällen fanden wir heraus, dass über 70 Prozent der Reads von Virusgenomen in diesen Libraries stammten, was eine mindestens 2500-fache Anreicherung gegenüber dem zugefügten Inhalt darstellt.

Multiplex für höheren Durchsatz und geringere Kosten

Ein Vergleich des Prozentsatzes der viralen On-Target-Reads, die durch eine synthetische Viruskontrolle von Twist bei verschiedenen Virustitern erfasst wurden, unter Verwendung einer Multiplex- und Singleplex-Hybridisierungsreaktion. Die erste Grafik zeigt Vergleiche zwischen einer Multiplex- und Singleplex-Hybridisierungsreaktion unter Verwendung von 1.000.000 Kopien pro Library. Die zweite Grafik zeigt einen ähnlichen Vergleich zwischen 100, 10.000 und 1.000.000 Kopien pro Library. Jede Viruskontrolle wurde mit dem Twist Standard Target Enrichment-Workflow und dem Twist Respiratory Virus Research Panel erfasst. Diese Daten zeigen, dass die 8-Plex-Erfassung bei Verwendung des Twist Respiratory Virus Research Panel eine vergleichbar effiziente Anreicherung wie eine Einzelplex-Erfassung ermöglicht.