Optimización del codón

Para mantener la expresión de proteínas de tipo salvaje:

• Evitamos el uso de codones raros (aquellos con una frecuencia de codones < 8 %).
• Nos aseguramos de que las secuencias no tengan horquillas fuertes (ΔG < -8) en los primeros 48 pares de bases de las secuencias resultantes.
• Verificamos ambas hebras para asegurarnos de que no contengan los sitios de corte de enzimas que nos pidió que evitáramos.
• Evitamos la introducción de secuencias promotoras internas a las secuencias de expresión evitando la creación de sitios de unión fuerte a sigma70.
• Evitamos secuencias que creen sitios de unión fuerte a ribosomas (GGAGG y TAAGGAG).
• Evitamos secuencias que creen secuencias terminadoras (TTTTT o AAAAA).

Para mejorar la probabilidad de éxito en la fabricación:

• No introduciremos ninguna repetición de más de 20 pares de bases.
• Evitamos series de homopolímeros de 10 o más bases.
• Evitamos secuencias ajustadas que crean un % de GC global de menos del 25 % o de más del 65 % y ventanas de GC locales (50 pb) de menos del 35 % o de más del 65 %.

Tenga en cuenta que la optimización de codones es útil para mejorar las posibilidades de una síntesis exitosa, no la expresión de proteínas.  

Actualmente, no podemos sintetizar genes que son calificados como imposibles. Hay varios factores que hacen que nuestro algoritmo califique un gen como imposible y los parámetros específicos son exclusivos de la secuencia del gen. Nuestro algoritmo está patentado y se ha desarrollado mediante aprendizaje automático. Además del aprendizaje automático, nuestro algoritmo tiene en cuenta los siguientes factores:

• %GC 25-65 %
• Longitud máxima del homopolímero < 10
• Baja homología

Una combinación única de lo anterior es un reflejo de la puntuación de secuencia genética específica de imposible.

Aquí hay una lista de organismos que son compatibles con la optimización de codones en nuestro sitio web:

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

Si no ve su organismo específico, contacte con [email protected] para obtener ayuda. 

Para mantener la expresión de proteínas de tipo salvaje:

• Evitamos el uso de codones raros (aquellos con una frecuencia de codones < 8 %).
• Nos aseguramos de que las secuencias no tengan horquillas fuertes (ΔG < -8) en los primeros 48 pares de bases de las secuencias resultantes.
• Verificamos ambas hebras para asegurarnos de que no contengan los sitios de corte de enzimas que nos pidió que evitáramos.
• Evitamos la introducción de secuencias promotoras internas a las secuencias de expresión evitando la creación de sitios de unión fuerte a sigma70.
• Evitamos secuencias que creen sitios de unión fuerte a ribosomas (GGAGG y TAAGGAG).
• Evitamos secuencias que creen secuencias terminadoras (TTTTT o AAAAA).

Para mejorar la probabilidad de éxito en la fabricación:

• No introduciremos ninguna repetición de más de 20 pares de bases.
• Evitamos series de homopolímeros de 10 o más bases.
• Evitamos secuencias ajustadas que crean un % de GC global de menos del 25 % o de más del 65 % y ventanas de GC locales (50 pb) de menos del 35 % o de más del 65 %.

Tenga en cuenta que la optimización de codones es útil para mejorar las posibilidades de una síntesis exitosa, no la expresión de proteínas.  

Actualmente, no podemos sintetizar genes que son calificados como imposibles. Hay varios factores que hacen que nuestro algoritmo califique un gen como imposible y los parámetros específicos son exclusivos de la secuencia del gen. Nuestro algoritmo está patentado y se ha desarrollado mediante aprendizaje automático. Además del aprendizaje automático, nuestro algoritmo tiene en cuenta los siguientes factores:

• %GC 25-65 %
• Longitud máxima del homopolímero < 10
• Baja homología

Una combinación única de lo anterior es un reflejo de la puntuación de secuencia genética específica de imposible.

Aquí hay una lista de organismos que son compatibles con la optimización de codones en nuestro sitio web:

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

Si no ve su organismo específico, contacte con [email protected] para obtener ayuda.