Diseño de la secuencia

Nuestro sitio web aceptará secuencias de aminoácidos y las convertirá en una secuencia de ADN para su síntesis. En la página de carga de secuencias, seleccione la opción Amino Acid Sequence (Secuencia de aminoácidos).

Asegúrese de que su entrada solo contenga caracteres de una letra para los aminoácidos. Solo admitimos los 20 caracteres de código estándar de una letra.

Un “ * ” al final de las secuencias de aminoácidos marca un codón de detención (no agregamos codones de detención automáticamente).

Se seleccionarán los codones utilizados con más frecuencia, en función de la tabla de uso de codones que elija.            

Si no ve su organismo específico, contacte con [email protected] para obtener ayuda.

Nota para genes clonados: No todos los vectores de expresión Twist contienen maquinaria de expresión estándar antes del punto de inserción. Recomendamos verificar la secuencia de la estructura de plásmido final haciendo clic en Download Sequences (Descargar secuencias) después de seleccionar el vector deseado.

Después de enviar sus secuencias de genes a nuestro sitio web, se calificarán automáticamente para determinar la viabilidad del ensamblaje:

Estándar: No se han encontrado errores. Se ha determinado que la secuencia del gen es de complejidad general “estándar” (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.). 

Compleja: No se han encontrado errores. Existen algunas complejidades en la secuencia (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.), pero no se prevé ningún problema para sintetizar su gen. En raras ocasiones, las secuencias pueden experimentar un aumento del tiempo de entrega o riesgo de fallo de fabricación.

Error: La secuencia del gen contiene errores. Haga clic en la secuencia para obtener más detalles sobre cómo resolverlos.

No aceptada: La secuencia contiene elementos que imposibilitan su síntesis. Vea las explicaciones detalladas que acompañan al mensaje de error o consulte las “Directrices de diseño”.

Acerca del sistema de puntuación

Nuestro sistema de puntuación adopta un modelo de aprendizaje automático que analiza y combina múltiples parámetros de secuencia (es decir, porcentaje global de GC, longitud máxima de homopolímero, longitud máxima de repetición, longitud de secuencia, densidad de repetición, etc.). Este modelo se ha entrenado utilizando nuestros datos históricos de fabricación y proporciona una estimación más precisa del resultado satisfactorio de la producción de genes y anticuerpos.

Acerca de los mensajes de PROBLEMAS

Advertencias: Se asocian con el riesgo de fallos, según la predicción del modelo de aprendizaje automático. Cuanto mayor sea el número de advertencias, mayor será la probabilidad de obtener una puntuación de “No aceptada”.

Errores: No están asociados a la complejidad de los genes y pueden solucionarse corrigiendo el diseño de estos últimos.

Los clientes tienen la opción de solicitar grupos de oligonucleótidos, fragmentos de genes y genes clonados.

El tamaño de los oligonucleótidos (ADN monocatenario lineal) en un grupo de oligonucleótidos puede variar de 20 pb a 300 pb.

Los fragmentos de genes son ADN bicatenario lineal que puede variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.

Los genes clonados son ADN bicatenario que se ha clonado en uno de los vectores Twist o en un vector personalizado proporcionado por el cliente. Los genes clonados pueden variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.

Los problemas de síntesis se deben principalmente a la presencia de estructuras repetitivas, contenido de GC extremo y homopolímeros. Utilizamos un método de aprendizaje automático para determinar la probabilidad de éxito. Por este motivo, en la mayoría de los casos no se puede apuntar a una única razón que justifique el rechazo de una secuencia. La complejidad o el rechazo suelen deberse, más bien, a una combinación de características que aportan a una secuencia un determinado nivel de complejidad. Las únicas normas de aplicación estricta son las siguientes:

• Evitar homopolímeros >= 14 bp

• No incluir CcdB (sistema de toxinas-antitoxinas de tipo II)

Si surge algún problema, recomendamos no realizar, o reducir al mínimo, las repeticiones, las regiones con contenido de GC extremo y los homopolímeros. Destacaremos las regiones más problemáticas si su secuencia es compleja, no se puede construir, o contiene secuencias que entran en conflicto con nuestros procesos internos.

Nuestro sitio web aceptará secuencias de aminoácidos y las convertirá en una secuencia de ADN para su síntesis. En la página de carga de secuencias, seleccione la opción Amino Acid Sequence (Secuencia de aminoácidos).

Asegúrese de que su entrada solo contenga caracteres de una letra para los aminoácidos. Solo admitimos los 20 caracteres de código estándar de una letra.

Un “ * ” al final de las secuencias de aminoácidos marca un codón de detención (no agregamos codones de detención automáticamente).

Se seleccionarán los codones utilizados con más frecuencia, en función de la tabla de uso de codones que elija.            

Si no ve su organismo específico, contacte con [email protected] para obtener ayuda.

Nota para genes clonados: No todos los vectores de expresión Twist contienen maquinaria de expresión estándar antes del punto de inserción. Recomendamos verificar la secuencia de la estructura de plásmido final haciendo clic en Download Sequences (Descargar secuencias) después de seleccionar el vector deseado.

Después de enviar sus secuencias de genes a nuestro sitio web, se calificarán automáticamente para determinar la viabilidad del ensamblaje:

Estándar: No se han encontrado errores. Se ha determinado que la secuencia del gen es de complejidad general “estándar” (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.). 

Compleja: No se han encontrado errores. Existen algunas complejidades en la secuencia (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.), pero no se prevé ningún problema para sintetizar su gen. En raras ocasiones, las secuencias pueden experimentar un aumento del tiempo de entrega o riesgo de fallo de fabricación.

Error: La secuencia del gen contiene errores. Haga clic en la secuencia para obtener más detalles sobre cómo resolverlos.

No aceptada: La secuencia contiene elementos que imposibilitan su síntesis. Vea las explicaciones detalladas que acompañan al mensaje de error o consulte las “Directrices de diseño”.

Acerca del sistema de puntuación

Nuestro sistema de puntuación adopta un modelo de aprendizaje automático que analiza y combina múltiples parámetros de secuencia (es decir, porcentaje global de GC, longitud máxima de homopolímero, longitud máxima de repetición, longitud de secuencia, densidad de repetición, etc.). Este modelo se ha entrenado utilizando nuestros datos históricos de fabricación y proporciona una estimación más precisa del resultado satisfactorio de la producción de genes y anticuerpos.

Acerca de los mensajes de PROBLEMAS

Advertencias: Se asocian con el riesgo de fallos, según la predicción del modelo de aprendizaje automático. Cuanto mayor sea el número de advertencias, mayor será la probabilidad de obtener una puntuación de “No aceptada”.

Errores: No están asociados a la complejidad de los genes y pueden solucionarse corrigiendo el diseño de estos últimos.

Los clientes tienen la opción de solicitar grupos de oligonucleótidos, fragmentos de genes y genes clonados.

El tamaño de los oligonucleótidos (ADN monocatenario lineal) en un grupo de oligonucleótidos puede variar de 20 pb a 300 pb.

Los fragmentos de genes son ADN bicatenario lineal que puede variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.

Los genes clonados son ADN bicatenario que se ha clonado en uno de los vectores Twist o en un vector personalizado proporcionado por el cliente. Los genes clonados pueden variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.

Los problemas de síntesis se deben principalmente a la presencia de estructuras repetitivas, contenido de GC extremo y homopolímeros. Utilizamos un método de aprendizaje automático para determinar la probabilidad de éxito. Por este motivo, en la mayoría de los casos no se puede apuntar a una única razón que justifique el rechazo de una secuencia. La complejidad o el rechazo suelen deberse, más bien, a una combinación de características que aportan a una secuencia un determinado nivel de complejidad. Las únicas normas de aplicación estricta son las siguientes:

• Evitar homopolímeros >= 14 bp

• No incluir CcdB (sistema de toxinas-antitoxinas de tipo II)

Si surge algún problema, recomendamos no realizar, o reducir al mínimo, las repeticiones, las regiones con contenido de GC extremo y los homopolímeros. Destacaremos las regiones más problemáticas si su secuencia es compleja, no se puede construir, o contiene secuencias que entran en conflicto con nuestros procesos internos.