Presentado durante la semana de las enfermedades infecciosas de 2021

Los diagnósticos y las vacunas contra las nuevas cepas del SARS-CoV-2 (SCV-2) se basan en la secuenciación del genoma viral. Los investigadores se han decantado por las secuenciaciones de captura híbrida (por ejemplo, análisis de NGS del SARS-CoV-2) y basadas en amplicones (por ejemplo, ARTIC) más rentables y muy sensibles para dirigirse de forma selectiva al genoma del SCV-2. Con el fin de demostrar las ventajas de la captura híbrida en la vigilancia vírica, hemos implantado el modelo predictivo para evaluar las áreas del genoma del SCV-2 con mayor tendencia a mutaciones que puedan afectar a la eficiencia del cebador en el paso de la PCR con multiplexación durante la secuenciación de amplicones. Hemos analizado 383 656 secuencias genómicas de aislados de variantes preocupantes (VOC) y variantes de interés (VOI) de GISAID, y hemos detectado que 101 432 virus (27 %) presentaban una disparidad ≥1 en los últimos 6 pares de bases con respecto a los extremos 3’ de los cebadores de ARTIC. Al contrario, solo 38 virus (0,01 %) presentaron suficientes mutaciones (≥10) predichas como con un efecto similar en la secuenciación de captura híbrida. Nuestro enfoque identificó 4 aislados con mutaciones excesivas en los cebadores de ARTIC, de los que fabricamos genomas sintéticos y comparamos el rendimiento de la secuenciación de amplicones de ARTIC con el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de Twist Bioscience. Para cada cepa, solo observamos pérdidas en la cobertura de la secuenciación en las bibliotecas de amplicones, pero no en la captura híbrida. Asimismo, observamos una pérdida adicional del amplicón 72 de ARTIC en dos muestras provocada por una discordancia recurrente de 1 pb en el cebador inverso. También comparamos la pérdida mediante controles de referencia invariables (control 2 de ARN sintético del SARS-CoV-2 Twist) y determinamos que la captura híbrida secuenciaba el 99,5 % de las bases a una cobertura ≥50X en comparación con el 92,1 % de la secuenciación de amplicones. Si tenemos todo en cuenta, nuestros resultados demuestran que la captura híbrida es más sólida que la variación genómica y conlleva menos pérdidas. Aunque la secuenciación de amplicones proporciona una plataforma rentable para la vigilancia vírica, se añade el coste de la pérdida de la secuenciación, que puede provocar la clasificación incorrecta de los linajes virales. Esto se agrava por la certeza de que habrá más mutaciones del SCV-2, por lo que es cuestión de tiempo que más cebadores fallen. Por lo tanto, sugerimos que la captura híbrida es un solución sólida y completa para la vigilancia vírica.