La mayoría de los patógenos virales son de ARN monocatenario, incluido el SARS-CoV-2, el virus de la pandemia de la COVID-19. Este protocolo describe la conversión de ARN en bibliotecas de ADNc para un uso posterior en el enriquecimiento del objetivo por NGS. El protocolo comienza con la creación de ADNc a partir de ARN extraído/purificado utilizando reactivos disponibles comercialmente. Luego, el ADNc se convierte en bibliotecas compatibles con Illumina TruSeq mediante el kit de preparación de bibliotecas EF Twist 2.0 con el sistema de fragmentación enzimática e índices duales únicos (UDI). Las bibliotecas de ADNc resultantes son compatibles con los protocolos de enriquecimiento del objetivo Twist. Los controles de ARN viral sintético, como los controles de ARN sintético del SARS-CoV-2 Twist, se pueden agregar a muestras de ARN de referencia para que sirvan como control positivo.