Esta deleción se produce en el gen ATM en un contexto genómico con 10 T consecutivas. Estas T consecutivas hacen que el locus sea una secuencia “deslizada”, donde la ADN polimerasa que replica una copia del genoma puede presentar un deslizamiento de la cadena de plantilla con respecto a la cadena que se está sintetizando, lo que provoca una INDEL.

 

Este mismo efecto es muy probable que ocurra por el mismo mecanismo cuando una PCR polimesara copia la secuencia durante la PCR de preparación de bibliotecas. Así, es especialmente probable que este locus forme espontáneamente la secuencia de la variante debido al ciclo de PCR durante la preparación ordinaria de bibliotecas.

 

Cuando el alelo no está presente, cualquier muestra genómica humana (incluido el estándar de referencia pantumoral) mostrará una VAF elevada para esta mutación debido al error de PCR. (En la VAF pantumoral del 0 %, se muestra a una VAF superior al 99,8 % de otros sitios de variantes en el estándar). Así, el ruido de fondo es mayor debido al contexto genómico, lo que significa que el límite de blancos (LoB) de esta variante es probablemente mayor que el de otros loci debido al contexto de la secuencia.

 

Cuando el alelo está presente, la frecuencia alélica verdadera se añadirá “sobre” el nivel de ruido del locus, lo que significa que probablemente esta variante tendrá un nivel de detección (LoD) más alto que otros sitios de variantes.

 

El uso de adaptadores UMI (como los adaptadores UMI Twist) y el colapso de consenso o colapso dúplex puede ayudar a reducir el ruido en este locus debido al error de PCR en la preparación de las bibliotecas.