Los virus mutan rápidamente y se han detectado cientos de mutaciones en el genoma del SARS-CoV-2. Algunas de estas pueden aumentar las tasas de infección como se ha comunicado recientemente para la nueva cepa B1.1.7. Las nuevas mutaciones también pueden afectar a la precisión de las pruebas diagnósticas y la eficiencia de las vacunas, y pueden estar asociadas a fenotipos clínicamente pertinentes (gravedad de la enfermedad, respuesta al tratamiento). 

La secuenciación del genoma viral completo puede revelar con facilidad nuevas mutaciones y, por lo tanto, contribuir a una mejor comprensión de la virulencia y a la reconstrucción de vías de transmisión por todo el mundo.