El nuevo estándar de referencia de las bibliotecas de ingeniería de proteínas

Lucy Xu, directora de producto de Bibliotecas de Twist Bioscience, ha resumido recientemente cómo Twist está creando nuevas bibliotecas de variantes en un seminario web titulado: “Explore el espacio de la secuencia con las bibliotecas de distribución de baja diversidad Twist Bioscience”. Este seminario web sigue el lanzamiento del nuevo producto de Twist Bioscience, las bibliotecas de distribución de baja diversidad (SOLD). Lucy comenta cómo se desarrolló esta nueva adición a la familia de bibliotecas de Twist para la ingeniería de proteínas enfocada en las enzimas, lo que ofrece una herramienta para diseñar, investigar y optimizar de forma rápida y precisa la actividad de las enzimas, la estabilidad de las proteínas o la solubilidad.

Reescritura del ADN con el poder del silicio

Twist Bioscience ha desarrollado una tecnología patentada para sintetizar ADN en una plataforma de silicio. La plataforma miniaturiza el proceso de síntesis, ya que permite la impresión de hasta un millón de oligoelemento en el mismo factor de forma que una placa de 96 pocillos.

Estos oligoelementos forman la base de muchos productos Twist. “Hemos aprovechado nuestra tecnología para crear bibliotecas de variantes de ADN de una forma rápida y barata, de forma que pueda tener las herramientas que necesita en sus manos en tan solo dos semanas”, comentó Lucy. Con acceso a un volumen enorme de oligonucleótidos de alta calidad, cada variante se fabrica base por base, de modo que la diversidad se puede incorporar de forma precisa en la región de interés. Las aplicaciones de esta tecnología incluyen la ingeniería de proteínas, la ingeniería de anticuerpos y la evolución de las enzimas, entre otras.

La biblioteca SOLD es una biblioteca de variantes combinatorias multicentro

Hasta ahora, Twist Bioscience ofrecía dos bibliotecas de variantes: Las bibliotecas de variantes de saturación de sitio (SSVL) y las bibliotecas de variantes combinatorias (CVL). En una SSVL, cada secuencia representa una única variación de aminoácido en una posición específica. Cada aminoácido de la proteína de interés puede mutarse a cada dos aminoácidos. También pueden representarse, si se desea, los coeficientes precisos de aminoácidos específicos. En una CVL, puede explorarse el conjunto combinatorio completo de variantes de aminoácidos en varias posiciones. Por lo tanto, puede explorarse una gran cantidad de espacio de la secuencia en un tramo corto de proteína.

Lucy explicó cómo las nuevas bibliotecas SOLD de Twist Bioscience cubren el vacío entre las SSVL y las CVL, ya que están explícitamente diseñadas para clientes que investiguen diferentes posiciones de variantes distribuidas por todo el gen de interés.

Con las bibliotecas SOLD, los investigadores pueden:

• Build multiple libraries of up to 108 diversity each.
• Cree bibliotecas para investigar y optimizar la actividad de las proteínas de forma rápida y efectiva mediante el diseño preciso de varias mutaciones en la secuencia de tipo salvaje, que pueden estar distribuidas por toda la proteína o localizadas en dominios específicos.
• Incorpore la variación de la longitud a las bibliotecas.

Los clientes de la biblioteca SOLD también pueden obtener asistencia en la eliminación de cargas, motivos sin especificidad y otras propiedades no deseadas de la biblioteca, con lo que se enriquecen las variantes que tienen más probabilidades de tener éxito.

Ingeniería de proteínas con biblioteca SOLD

Las bibliotecas SOLD ofrecen una enorme mejora con respecto a la mutagénesis aleatorizada, la mutagénesis dirigida y los enfoques basados en la “mezcla aleatoria del ADN” para la ingeniería de enzimas, ya que solo se incorporan a la proteína mutaciones diseñadas con precisión. Las bibliotecas SOLD permiten la distribución uniforme de cada aminoácido por posición y la eliminación de tendencias no deseadas.

Check out the webinar recording to see how Twist built a SOLD library with 26 variant positions scattered throughout the protein, each position containing 2-3 mutations, including the wild type amino acid. Specifically, you will see how the SOLD library synthesis process preserves diversity without being restricted by codon bias. You will also see how the amino acid distribution matches the original design without the need for additional screening with no unintended mutations and no dropouts!

Asegúrese de revisar la página del producto para obtener más información sobre las bibliotecas SOLD.

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