Der neue Goldstandard in Protein Engineering-Libraries

Lucy Xu, Libraries Product Manager bei Twist Bioscience, hat kürzlich in einem Webinar beschrieben, wie Twist Bioscience neue Variantenbibliotheken erstellt. Das Webinar trägt den folgenden Titel: „Explore Sequence Space With Twist Bioscience Spread Out Low Diversity Libraries“. Dieses Webinar folgt der Einführung des neuen Produkts von Twist Bioscience, Spread Out Low Diversity (SOLD) Libraries. Lucy erörterte, wie dieser Neuzugang in der Produktfamilie der Twist Bioscience Libraries für das Protein Engineering mit Schwerpunkt auf Enzyme entwickelt wurde. Es ist ein Werkzeug zum schnellen und präzisen Entwerfen, Untersuchen und Optimieren der Enzymaktivität, Proteinstabilität oder Löslichkeit.

Neudefinition von DNA mit der Kraft von Silizium

Twist Bioscience hat eine proprietäre Technologie zur Synthese von DNA auf einer Siliziumplattform entwickelt. Die Plattform verkürzt den Syntheseprozess und ermöglicht das Drucken von bis zu einer Million Oligonukleotide im gleichen Formfaktor wie eine 96-Well-Platte.

Diese Oligonukleotide bilden die Grundlage für viele Produkte von Twist Bioscience. „Wir haben unsere Technologie genutzt, um schnell und kostengünstig DNA-Variant-Libraries zu erstellen, damit Ihnen die benötigten Werkzeuge in nur zwei Wochen zur Verfügung stehen“, so Lucy. Mit dem Zugang zu einer großen Menge hochwertiger Oligonukleotide wird jede Variante von Grund auf errichtet, sodass die Vielfalt präzise in die Region von Interesse integriert werden kann. Einsatzbereiche dieser Technologie umfassen unter anderem Protein Engineering, Antikörper-Engineering und Enzymentwicklung.

SOLD ist eine Erweiterung der kombinatorischen Multi-Standort-CVL

Bisher bot Twist Bioscience zwei Variant Library-Produkte an: Site Saturation Variant Libraries (SSVLs) und Combinatorial Variant Libraries (CVLs). In einer SSVL repräsentiert jede Sequenz eine einzelne Aminosäurevariation an einer bestimmten Position. Jede Aminosäure in dem interessierenden Protein kann zu jeder anderen Aminosäure mutiert werden. Falls gewünscht, können auch genaue Verhältnisse spezifischer Aminosäuren dargestellt werden. In einer CVL kann der gesamte kombinatorische Satz von Aminosäurevarianten an mehreren Positionen untersucht werden. Daher können große Mengen an Sequenzabschnitten über einen kurzen Proteinabschnitt untersucht werden.

Lucy erklärte, wie die neuen SOLD-Bibliotheken von Twist Bioscience eine Lücke zwischen SSVLs und CVLs schließen. Sie wurden speziell für Kunden entwickelt, die mehrere Variantenpositionen untersuchen, die über das beobachtete Gen verteilt sind.

Mit SOLD-Bibliotheken können Wissenschaftler:

• Build multiple libraries of up to 108 diversity each.
• Libraries erstellen, um die Proteinaktivität schnell und effektiv zu untersuchen und zu optimieren. Sie können mehrere Mutationen über die Wildtyp-Sequenz hinweg präzise erstellen, die über das Protein verteilt oder in bestimmten Domänen lokalisiert sein können.
• Längenvariationen in Libraries integrieren

Kunden von SOLD-Bibliotheken können auch Unterstützung beim Entfernen von Verbindlichkeiten, Nicht-Spezifität und anderen unerwünschten Eigenschaften in ihrer Library erhalten, wodurch Varianten besser und wahrscheinlich erfolgreicher werden.

Protein Engineering mit SOLD-Bibliotheken

SOLD-Bibliotheken bieten eine enorme Verbesserung gegenüber der zufälligen Mutagenese, zielgerichteten Mutagenese und „DNA-Shuffling“ für das Enzym-Engineering, da nur die genau entworfenen Mutationen in das Protein eingebaut werden. SOLD-Bibliotheken ermöglichen auch die gleichmäßige Verteilung jeder Aminosäure pro Position und die Entfernung unerwünschter Verzerrungen.

Check out the webinar recording to see how Twist built a SOLD library with 26 variant positions scattered throughout the protein, each position containing 2-3 mutations, including the wild type amino acid. Specifically, you will see how the SOLD library synthesis process preserves diversity without being restricted by codon bias. You will also see how the amino acid distribution matches the original design without the need for additional screening with no unintended mutations and no dropouts!

Weitere Informationen zu SOLD-Bibliotheken finden Sie auf der Produktseite.

Für Informationen zum Bestellen einer SOLD-Bibliothek für Ihr nächstes Produkt füllen Sie bitte unser Kontaktformular aus.