Codonoptimierung

Zur Bewahrung der Wildtyp-Proteinexpression:

• Wir vermeiden die Verwendung seltener Codons (solche mit einer Codonhäufigkeit von < 8 %).
• Wir stellen sicher, dass Sequenzen in den ersten 48 Basenpaaren der resultierenden Sequenzen keine starken Sekundärstrukturen (∆G <-8) aufweisen.
• Wir überprüfen beide Stränge, um sicherzustellen, dass sie nicht die Enzymschnittstellen enthalten, die wir vermeiden sollen.
• Wir vermeiden die Einführung von Promotorsequenzen innerhalb der Expressionssequenz, indem wir die Bildung starker Sigma70-Bindungsstellen vermeiden.
• Wir vermeiden Sequenzen, die starke Ribosomenbindungsstellen erzeugen (GGAGG und TAAGGAG).
• Wir vermeiden Sequenzen, die Terminatorsequenzen (TTTTT oder AAAAA) erzeugen.

So erhöhen wir die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Herstellung:

• Wir führen keine Wiederholung ein, die länger als 20 Basenpaare ist.
• Wir vermeiden Homopolymer-Durchläufe mit 10 oder mehr Basen.
• Wir vermeiden angepasste Sequenzen, die einen globalen GC-Gehalt von weniger als 25 % oder mehr als 65 % und lokale GC-Fenster (50 bp) von weniger als 35 % oder mehr als 65 % erzeugen.

Bitte beachten Sie, dass die Codonoptimierung nützlich ist, um die Chancen auf eine erfolgreiche Synthese zu verbessern, nicht die Proteinexpression.  

Derzeit sind wir nicht in der Lage, Gene zu synthetisieren, die als nicht möglich eingestuft werden. Es gibt mehrere Faktoren, die dazu führen, dass unser Algorithmus ein Gen als nicht möglich einstuft, und die spezifischen Parameter sind für die Gensequenz eindeutig. Unser Algorithmus ist proprietär und wurde mithilfe von maschinellem Lernen entwickelt. Zusätzlich zum maschinellen Lernen berücksichtigt unser Algorithmus die folgenden Faktoren:

• %GC zwischen 25 und 65 %
• maximale Homopolymerlänge < 10
• geringe Homologie

Eine einzigartige Kombination der oben genannten Faktoren reflektiert den spezifischen Gensequenz-Score „Nicht möglich“.

Die folgende Liste enthält die Organismen, die für die Codonoptimierung auf unserer Website unterstützt werden:

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

Wenn Sie Ihren spezifischen Organismus nicht sehen, bitten Sie customersupport@twistbioscience.com um Hilfe. 

Zur Bewahrung der Wildtyp-Proteinexpression:

• Wir vermeiden die Verwendung seltener Codons (solche mit einer Codonhäufigkeit von < 8 %).
• Wir stellen sicher, dass Sequenzen in den ersten 48 Basenpaaren der resultierenden Sequenzen keine starken Sekundärstrukturen (∆G <-8) aufweisen.
• Wir überprüfen beide Stränge, um sicherzustellen, dass sie nicht die Enzymschnittstellen enthalten, die wir vermeiden sollen.
• Wir vermeiden die Einführung von Promotorsequenzen innerhalb der Expressionssequenz, indem wir die Bildung starker Sigma70-Bindungsstellen vermeiden.
• Wir vermeiden Sequenzen, die starke Ribosomenbindungsstellen erzeugen (GGAGG und TAAGGAG).
• Wir vermeiden Sequenzen, die Terminatorsequenzen (TTTTT oder AAAAA) erzeugen.

So erhöhen wir die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Herstellung:

• Wir führen keine Wiederholung ein, die länger als 20 Basenpaare ist.
• Wir vermeiden Homopolymer-Durchläufe mit 10 oder mehr Basen.
• Wir vermeiden angepasste Sequenzen, die einen globalen GC-Gehalt von weniger als 25 % oder mehr als 65 % und lokale GC-Fenster (50 bp) von weniger als 35 % oder mehr als 65 % erzeugen.

Bitte beachten Sie, dass die Codonoptimierung nützlich ist, um die Chancen auf eine erfolgreiche Synthese zu verbessern, nicht die Proteinexpression.  

Derzeit sind wir nicht in der Lage, Gene zu synthetisieren, die als nicht möglich eingestuft werden. Es gibt mehrere Faktoren, die dazu führen, dass unser Algorithmus ein Gen als nicht möglich einstuft, und die spezifischen Parameter sind für die Gensequenz eindeutig. Unser Algorithmus ist proprietär und wurde mithilfe von maschinellem Lernen entwickelt. Zusätzlich zum maschinellen Lernen berücksichtigt unser Algorithmus die folgenden Faktoren:

• %GC zwischen 25 und 65 %
• maximale Homopolymerlänge < 10
• geringe Homologie

Eine einzigartige Kombination der oben genannten Faktoren reflektiert den spezifischen Gensequenz-Score „Nicht möglich“.

Die folgende Liste enthält die Organismen, die für die Codonoptimierung auf unserer Website unterstützt werden:

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

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