¿Es posible tener solo una placa de muestras en un ciclo de secuenciación?

Sí. En este caso, el índice TruSeq i7 de ARN pequeño de 6 nucleótidos de Illumina, que identifica la placa, no se debe leer. No haga una lectura de indexación ni use la opción “--use-bases-mask” (usar máscara de bases) para ignorar la lectura de índice de 6 nt. Esto debería conllevar un único set de archivos FASTQ para el ciclo de secuenciación completo. Vea la guía de desmultiplexación para obtener más información.

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