Sequenzdesign

Unsere Website akzeptiert Aminosäuresequenzen und wandelt sie zur Synthese in eine DNA-Sequenz um. Wählen Sie auf der Seite „Sequenzen hochladen“ die Option „Aminosäuresequenz“.

Stellen Sie sicher, dass Ihre Eingabe nur aus einem Buchstaben bestehende Zeichen für Aminosäuren enthält. Unser System unterstützt nur die standardmäßigen 20 Codezeichen, die jeweils einen Buchstaben enthalten.

Das Sternchen (*) am Ende Ihrer Aminosäuresequenzen markiert ein Stoppcodon (wir fügen Stoppcodons nicht automatisch hinzu).

Basierend auf Ihrer ausgewählten Codonverwendungstabelle werden die am häufigsten verwendeten Codons ausgewählt.            

Wenn Sie Ihren spezifischen Organismus nicht sehen, bitten Sie [email protected] um Hilfe.

Hinweis zu Clonal Genes: Nicht alle Expressionsvektoren von Twist enthalten vor der Insertionsstelle einen Standard-Expressionsmechanismus. Wir empfehlen, die Sequenz Ihres endgültigen Plasmidkonstrukts zu überprüfen, indem Sie nach Auswahl des gewünschten Vektors auf „Sequenzen herunterladen“ klicken.

Nachdem Sie Ihre Gensequenzen auf unserer Website eingereicht haben, wird automatisch bewertet, ob sie zusammengesetzt werden können:

Standard: Es wurden keine Fehler gefunden. Die Gensequenz weist eine „standardmäßige“ Gesamtkomplexität auf (z. B. Länge, GC-Gehalt, Homologie usw.). 

Komplex: Es wurden keine Fehler gefunden. Einige komplexe Sequenzen (z. B. Länge, GC-Gehalt, Homologie usw.) sind vorhanden, aber wir erwarten keine Probleme bei der Synthese Ihres Gens. In seltenen Fällen kann es bei Sequenzen zu einer erhöhten Bearbeitungszeit oder dem Risiko eines Herstellungsfehlers kommen.

Fehler: Gensequenz enthält Fehler. Bitte klicken Sie auf die Sequenz, um weitere Details zur Lösung zu erhalten.

Nicht akzeptiert: Die Sequenz enthält Elemente, die es uns eine Synthetisierung unmöglich machen. Bitte beachten Sie die detaillierten Erläuterungen zu den Fehlermeldungen oder den „Designleitfaden“.

Über das Scoring-System

Unser Scoring-System verwendet ein maschinelles Lernmodell, das mehrere Sequenzparameter analysiert und kombiniert (z. B. Gesamt-GC-Prozent, maximale Homopolymerlänge, maximale Wiederholungslänge, Sequenzlänge, Wiederholungsdichte usw.). Dieses Modell wurde mithilfe unserer historischen Herstellungsdaten trainiert und liefert eine genauere Abschätzung des Produktionserfolgs von Genen und Antikörperprodukten.

Über FEHLER-Meldungen

Warnhinweise: Sind mit dem Fehlerrisiko verbunden, das vom maschinellen Lernmodell vorhergesagt wird. Eine höhere Anzahl von Warnhinweisen führt mit größerer Wahrscheinlichkeit zu einem „Nicht akzeptiert“-Score.

Fehler: Sind nicht mit der Genkomplexität verbunden und können durch Korrektur des Gendesigns behoben werden.

Kunden haben die Möglichkeit, Oligo-Pools, Genfragmente und klonale Gene zu bestellen.

Oligonukleotide (lineare einzelsträngige DNAs) in einem Oligo-Pool können eine Größe von 20 bp bis 300 bp aufweisen.

Genfragmente sind lineare doppelsträngige DNAs mit einer Größe zwischen 300 bp und 5.000 bp.

Klonale Gene sind doppelsträngige DNAs, die in einen der Vektoren von Twist oder einen vom Kunden bereitgestellten benutzerdefinierten Vektor kloniert wurden. Klonale Gene können eine Länge von 300 bp bis 5.000 bp aufweisen.

Syntheseprobleme werden hauptsächlich durch sich wiederholende Strukturen, extremen GC-Gehalt und Homopolymere verursacht. Wir verwenden maschinelle Lernverfahren, um die Erfolgschance zu bestimmen. Daher gibt es meistens nicht nur einen Grund für die Ablehnung einer Sequenz. Vielmehr sind Komplexität oder Ablehnung auf eine Kombination von Merkmalen zurückzuführen, die eine Sequenz zu einem bestimmten Komplexitätsniveau bringen. Die einzigen harten Regeln sind die folgenden:

• Vermeidung von Homopolymeren >= 14 bp

• Ausschluss von CcdB (Typ-II-Toxin-Antitoxin-System)

Wenn Sie auf ein Problem stoßen, empfehlen wir, Wiederholungen, Regionen mit extremem GC-Gehalt und Homopolymeren zu entfernen oder zu minimieren. Wir werden problematische Regionen hervorheben, wenn Ihre Sequenz komplex, unverbindlich ist oder Sequenzen enthält, die mit unseren internen Prozessen in Konflikt stehen.

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Stellen Sie sicher, dass Ihre Eingabe nur aus einem Buchstaben bestehende Zeichen für Aminosäuren enthält. Unser System unterstützt nur die standardmäßigen 20 Codezeichen, die jeweils einen Buchstaben enthalten.

Das Sternchen (*) am Ende Ihrer Aminosäuresequenzen markiert ein Stoppcodon (wir fügen Stoppcodons nicht automatisch hinzu).

Basierend auf Ihrer ausgewählten Codonverwendungstabelle werden die am häufigsten verwendeten Codons ausgewählt.            

Wenn Sie Ihren spezifischen Organismus nicht sehen, bitten Sie [email protected] um Hilfe.

Hinweis zu Clonal Genes: Nicht alle Expressionsvektoren von Twist enthalten vor der Insertionsstelle einen Standard-Expressionsmechanismus. Wir empfehlen, die Sequenz Ihres endgültigen Plasmidkonstrukts zu überprüfen, indem Sie nach Auswahl des gewünschten Vektors auf „Sequenzen herunterladen“ klicken.

Nachdem Sie Ihre Gensequenzen auf unserer Website eingereicht haben, wird automatisch bewertet, ob sie zusammengesetzt werden können:

Standard: Es wurden keine Fehler gefunden. Die Gensequenz weist eine „standardmäßige“ Gesamtkomplexität auf (z. B. Länge, GC-Gehalt, Homologie usw.). 

Komplex: Es wurden keine Fehler gefunden. Einige komplexe Sequenzen (z. B. Länge, GC-Gehalt, Homologie usw.) sind vorhanden, aber wir erwarten keine Probleme bei der Synthese Ihres Gens. In seltenen Fällen kann es bei Sequenzen zu einer erhöhten Bearbeitungszeit oder dem Risiko eines Herstellungsfehlers kommen.

Fehler: Gensequenz enthält Fehler. Bitte klicken Sie auf die Sequenz, um weitere Details zur Lösung zu erhalten.

Nicht akzeptiert: Die Sequenz enthält Elemente, die es uns eine Synthetisierung unmöglich machen. Bitte beachten Sie die detaillierten Erläuterungen zu den Fehlermeldungen oder den „Designleitfaden“.

Über das Scoring-System

Unser Scoring-System verwendet ein maschinelles Lernmodell, das mehrere Sequenzparameter analysiert und kombiniert (z. B. Gesamt-GC-Prozent, maximale Homopolymerlänge, maximale Wiederholungslänge, Sequenzlänge, Wiederholungsdichte usw.). Dieses Modell wurde mithilfe unserer historischen Herstellungsdaten trainiert und liefert eine genauere Abschätzung des Produktionserfolgs von Genen und Antikörperprodukten.

Über FEHLER-Meldungen

Warnhinweise: Sind mit dem Fehlerrisiko verbunden, das vom maschinellen Lernmodell vorhergesagt wird. Eine höhere Anzahl von Warnhinweisen führt mit größerer Wahrscheinlichkeit zu einem „Nicht akzeptiert“-Score.

Fehler: Sind nicht mit der Genkomplexität verbunden und können durch Korrektur des Gendesigns behoben werden.

Kunden haben die Möglichkeit, Oligo-Pools, Genfragmente und klonale Gene zu bestellen.

Oligonukleotide (lineare einzelsträngige DNAs) in einem Oligo-Pool können eine Größe von 20 bp bis 300 bp aufweisen.

Genfragmente sind lineare doppelsträngige DNAs mit einer Größe zwischen 300 bp und 5.000 bp.

Klonale Gene sind doppelsträngige DNAs, die in einen der Vektoren von Twist oder einen vom Kunden bereitgestellten benutzerdefinierten Vektor kloniert wurden. Klonale Gene können eine Länge von 300 bp bis 5.000 bp aufweisen.

Syntheseprobleme werden hauptsächlich durch sich wiederholende Strukturen, extremen GC-Gehalt und Homopolymere verursacht. Wir verwenden maschinelle Lernverfahren, um die Erfolgschance zu bestimmen. Daher gibt es meistens nicht nur einen Grund für die Ablehnung einer Sequenz. Vielmehr sind Komplexität oder Ablehnung auf eine Kombination von Merkmalen zurückzuführen, die eine Sequenz zu einem bestimmten Komplexitätsniveau bringen. Die einzigen harten Regeln sind die folgenden:

• Vermeidung von Homopolymeren >= 14 bp

• Ausschluss von CcdB (Typ-II-Toxin-Antitoxin-System)

Wenn Sie auf ein Problem stoßen, empfehlen wir, Wiederholungen, Regionen mit extremem GC-Gehalt und Homopolymeren zu entfernen oder zu minimieren. Wir werden problematische Regionen hervorheben, wenn Ihre Sequenz komplex, unverbindlich ist oder Sequenzen enthält, die mit unseren internen Prozessen in Konflikt stehen.