Libraryvorbereitung

Ja, die Twist Library Prep-Kits eignen sich zur Erstellung von Libraries für die Ganz-Genom-Sequenzierung.

Da die meisten WGS-Anwendungen längere Readlängen (2x151 für die Ganz-Genom-Sequenzierung im Gegensatz zu 2x101 oder 2x76 für die Ganz-Exom-Sequenzierung) verwenden, müssen die Fragmentierungsbedingungen geändert werden, um längere Fragmentlängen zu berücksichtigen.

Bei den Kits zur enzymatischen Fragmentierung hängt die Länge von drei Faktoren ab: Zeit, Temperatur und DNA-Eingabe.

Für die mechanische Fragmentierung sollten die Bedingungen (Zeit, Leistung, Tastgrad und Zyklen pro Burst) so eingestellt werden, dass längere Fragmentlängen berücksichtigt werden.

Ja, zusätzlich zu unseren Kits zur enzymatischen Fragmentierung bietet Twist auch die folgenden Kits zur Libraryvorbereitung für die Verwendung mit der mechanischen Fragmentierung an:

100875: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101280: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

100876: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101281:  Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

Hinweis zur Libraryvorbereitung: Sie benötigen auch Adapter:

101307: Twist Universal Adapter System, 16 Proben

101308: Twist Universal Adapter System, 96 Proben– Platte A

101309: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte B

101310: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte C

101311: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte D

Unter der Annahme einer Eingabe von 50 ng DNA beträgt das Verhältnis von Adapter zu DNA ungefähr 200:1.

Twist verkauft NGS-Kit-Komponenten, um maximale Flexibilität zu ermöglichen.  Sie können eine vollständige Liste der bestellbaren Komponenten erhalten, indem Sie sich bei Ihrem Twist-Konto anmelden.  Sie können folgende Komponenten bestellen:

 Komponenten für die Libraryvorbereitung      

• PN 100253 – TWIST LIBRARY PREP EF KIT 1, 16 PROBEN    
• PN 100875 – TWIST LIBRARY PREP MF KIT 1, 16 PROBEN   
• PN 100401 – TWIST LIBRARY PREP KIT 2, 16 PROBEN                     
• PN 100572 – TWIST LIBRARY PREP EF KIT 1, 96 PROBEN    
• PN 100876 – TWIST LIBRARY PREP MF KIT 1, 96 PROBEN   
• PN 100573 – TWIST LIBRARY PREP KIT 2, 96 PROBEN                     

Kombinatorische Adapter        

• PN 100255 – 16 PROBEN 

UDI-Adapter (Unique Dual Indexed)         

• PN 101307 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 16 PROBEN    
• PN 101308 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE A           
• PN 101309 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE B
• PN 101310 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE C
• PN 101311 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE D

Blocker         

• PN 100856 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 2 REAKTIONEN   
• PN 100578 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 12 REAKTIONEN 
• PN 100767 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 96 REAKTIONEN             

*Hybridisierungsreagenzien         

• PN 101263 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 2 REAKTIONEN      
• PN 100930 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 12 REAKTIONEN    
• PN 100982 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 96 REAKTIONEN    

*Schnelle Hybridisierungsreagenzien  

• PN 101260 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 2 REAKTIONEN         
• PN 100964 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 12 REAKTIONEN       
• PN 100968 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 96 REAKTIONEN       

*Waschpuffer 

• PN 101264 – WASH BUFFERS, 2 REAKTIONEN 
• PN 100985 – WASH BUFFERS, 12 REAKTIONEN          
• PN 100846 – WASH BUFFERS, 96 REAKTIONEN          

*Schnelle Waschpuffer      

• PN 101261 – FAST WASH BUFFERS, 2 REAKTIONEN    
• PN 100971 – FAST WASH BUFFERS, 12 REAKTIONEN  
• PN 100972 – FAST WASH BUFFERS, 96 REAKTIONEN  

Aufreinigungs- und Bindungsbeads          

• PN 101262 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 2 REAKTIONEN      
• PN 100983 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 12 REAKTIONEN    
• PN 100984 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 96 REAKTIONEN   

*Hinweis:  Standardhybridisierungsreagenzien dürfen nur mit Standardwaschpuffern verwendet werden, und Schnellhybridisierungsreagenzien dürfen nur mit Schnellwaschpuffern verwendet werden.  Das Mischen von Standardhybridisierungsreagenzien mit Schnellwaschpuffern oder Schnellhybridisierungsreagenzien mit Standardwaschpuffern führt zu einer schlechten Leistung. 

Ja, Twist Adapter sind mit DNA-Fragmenten kompatibel, die entweder durch enzymatische oder mechanische Fragmentierung erzeugt wurden.

Ja, zusätzlich zu unseren Kits zur mechanischen Fragmentierung bietet Twist auch die folgenden Kits zur Libraryvorbereitung für die Verwendung mit der enzymatischen Fragmentierung an:

100253: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101059: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

100572: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101058:  Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

Hinweis zur Libraryvorbereitung: Sie benötigen auch Adapter:

101307: Twist Universal Adapter System, 16 Proben

101308: Twist Universal Adapter System, 96 Proben– Platte A

101309: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte B

101310: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte C

101311: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte D

Twist bietet komplette* Kits sowohl für die enzymatische Fragmentierung als auch für die mechanische Fragmentierung an. Beachten Sie, dass diese Kits kein Anreicherungspanel enthalten:

Enzymatische Fragmentierung            

• PN 101897 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 16x2 REAKTIONEN          
• PN 101896 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 16x2 REAKTIONEN     
• PN 101901 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 96x12 REAKTIONEN       
• PN 101900 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 96x12 REAKTIONEN    

Mechanische Fragmentierung        

• PN 101899 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 16x2 REAKTIONEN       
• PN 101898 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 16x2 REAKTIONEN    
• PN 101903 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 96x12 REAKTIONEN     
• PN 101902 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 96x12 REAKTIONEN

* Hinweis: Um Libraries generieren und amplifizieren zu können, müssen Sie KAPA® HiFi HotStart ReadyMix (Kapa Biosystems®, Nr. KK2601) oder ein gleichwertiges Produkt erwerben.

Die empfohlene durchschnittliche Zielfragmentgröße beträgt 200 bp. Dies führt zu einer durchschnittlichen Library-Größe von ungefähr 350 bp. Sie sollten jedoch Ihre Fragmentgröße entsprechend Ihrer Sequenzierungs-Read-Länge anpassen.  

Ja, die Twist Library Prep-Kits eignen sich zur Erstellung von Libraries für die Ganz-Genom-Sequenzierung.

Da die meisten WGS-Anwendungen längere Readlängen (2x151 für die Ganz-Genom-Sequenzierung im Gegensatz zu 2x101 oder 2x76 für die Ganz-Exom-Sequenzierung) verwenden, müssen die Fragmentierungsbedingungen geändert werden, um längere Fragmentlängen zu berücksichtigen.

Bei den Kits zur enzymatischen Fragmentierung hängt die Länge von drei Faktoren ab: Zeit, Temperatur und DNA-Eingabe.

Für die mechanische Fragmentierung sollten die Bedingungen (Zeit, Leistung, Tastgrad und Zyklen pro Burst) so eingestellt werden, dass längere Fragmentlängen berücksichtigt werden.

Ja, zusätzlich zu unseren Kits zur enzymatischen Fragmentierung bietet Twist auch die folgenden Kits zur Libraryvorbereitung für die Verwendung mit der mechanischen Fragmentierung an:

100875: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101280: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

100876: Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101281:  Twist Library Preparation Kit, mechanische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

Hinweis zur Libraryvorbereitung: Sie benötigen auch Adapter:

101307: Twist Universal Adapter System, 16 Proben

101308: Twist Universal Adapter System, 96 Proben– Platte A

101309: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte B

101310: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte C

101311: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte D

Unter der Annahme einer Eingabe von 50 ng DNA beträgt das Verhältnis von Adapter zu DNA ungefähr 200:1.

Twist verkauft NGS-Kit-Komponenten, um maximale Flexibilität zu ermöglichen.  Sie können eine vollständige Liste der bestellbaren Komponenten erhalten, indem Sie sich bei Ihrem Twist-Konto anmelden.  Sie können folgende Komponenten bestellen:

 Komponenten für die Libraryvorbereitung      

• PN 100253 – TWIST LIBRARY PREP EF KIT 1, 16 PROBEN    
• PN 100875 – TWIST LIBRARY PREP MF KIT 1, 16 PROBEN   
• PN 100401 – TWIST LIBRARY PREP KIT 2, 16 PROBEN                     
• PN 100572 – TWIST LIBRARY PREP EF KIT 1, 96 PROBEN    
• PN 100876 – TWIST LIBRARY PREP MF KIT 1, 96 PROBEN   
• PN 100573 – TWIST LIBRARY PREP KIT 2, 96 PROBEN                     

Kombinatorische Adapter        

• PN 100255 – 16 PROBEN 

UDI-Adapter (Unique Dual Indexed)         

• PN 101307 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 16 PROBEN    
• PN 101308 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE A           
• PN 101309 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE B
• PN 101310 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE C
• PN 101311 – TWIST UNIVERSAL ADAPTER SYSTEM, 96 PROBEN – PLATTE D

Blocker         

• PN 100856 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 2 REAKTIONEN   
• PN 100578 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 12 REAKTIONEN 
• PN 100767 – TWIST UNIVERSAL BLOCKERS, 96 REAKTIONEN             

*Hybridisierungsreagenzien         

• PN 101263 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 2 REAKTIONEN      
• PN 100930 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 12 REAKTIONEN    
• PN 100982 – HYBRIDIZATION REAGENTS, 96 REAKTIONEN    

*Schnelle Hybridisierungsreagenzien  

• PN 101260 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 2 REAKTIONEN         
• PN 100964 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 12 REAKTIONEN       
• PN 100968 – FAST HYBRIDIZATION REAGENTS, 96 REAKTIONEN       

*Waschpuffer 

• PN 101264 – WASH BUFFERS, 2 REAKTIONEN 
• PN 100985 – WASH BUFFERS, 12 REAKTIONEN          
• PN 100846 – WASH BUFFERS, 96 REAKTIONEN          

*Schnelle Waschpuffer      

• PN 101261 – FAST WASH BUFFERS, 2 REAKTIONEN    
• PN 100971 – FAST WASH BUFFERS, 12 REAKTIONEN  
• PN 100972 – FAST WASH BUFFERS, 96 REAKTIONEN  

Aufreinigungs- und Bindungsbeads          

• PN 101262 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 2 REAKTIONEN      
• PN 100983 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 12 REAKTIONEN    
• PN 100984 – PURIFICATION AND STREPTAVIDIN BEADS, 96 REAKTIONEN   

*Hinweis:  Standardhybridisierungsreagenzien dürfen nur mit Standardwaschpuffern verwendet werden, und Schnellhybridisierungsreagenzien dürfen nur mit Schnellwaschpuffern verwendet werden.  Das Mischen von Standardhybridisierungsreagenzien mit Schnellwaschpuffern oder Schnellhybridisierungsreagenzien mit Standardwaschpuffern führt zu einer schlechten Leistung. 

Ja, Twist Adapter sind mit DNA-Fragmenten kompatibel, die entweder durch enzymatische oder mechanische Fragmentierung erzeugt wurden.

Ja, zusätzlich zu unseren Kits zur mechanischen Fragmentierung bietet Twist auch die folgenden Kits zur Libraryvorbereitung für die Verwendung mit der enzymatischen Fragmentierung an:

100253: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101059: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 16 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

100572: Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen und Puffern)

101058:  Twist Library Preparation Kit, enzymatische Fragmentierung, 96 Proben (einschl. Enzymen, Puffern und Aufreinigungs-Beads)

Hinweis zur Libraryvorbereitung: Sie benötigen auch Adapter:

101307: Twist Universal Adapter System, 16 Proben

101308: Twist Universal Adapter System, 96 Proben– Platte A

101309: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte B

101310: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte C

101311: Twist Universal Adapter System, 96 Proben – Platte D

Twist bietet komplette* Kits sowohl für die enzymatische Fragmentierung als auch für die mechanische Fragmentierung an. Beachten Sie, dass diese Kits kein Anreicherungspanel enthalten:

Enzymatische Fragmentierung            

• PN 101897 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 16x2 REAKTIONEN          
• PN 101896 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 16x2 REAKTIONEN     
• PN 101901 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 96x12 REAKTIONEN       
• PN 101900 – TWIST EF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 96x12 REAKTIONEN    

Mechanische Fragmentierung        

• PN 101899 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 16x2 REAKTIONEN       
• PN 101898 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 16x2 REAKTIONEN    
• PN 101903 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND STANDARD HYB, 96x12 REAKTIONEN     
• PN 101902 – TWIST MF LIBRARY PREP + UDI UND FAST HYB, 96x12 REAKTIONEN

* Hinweis: Um Libraries generieren und amplifizieren zu können, müssen Sie KAPA® HiFi HotStart ReadyMix (Kapa Biosystems®, Nr. KK2601) oder ein gleichwertiges Produkt erwerben.

Die empfohlene durchschnittliche Zielfragmentgröße beträgt 200 bp. Dies führt zu einer durchschnittlichen Library-Größe von ungefähr 350 bp. Sie sollten jedoch Ihre Fragmentgröße entsprechend Ihrer Sequenzierungs-Read-Länge anpassen.