Diese Deletion erfolgt im Gen ATM in einem genomischen Kontext mit 10 aufeinanderfolgenden Ts. Diese aufeinanderfolgenden Ts machen den Locus zu einer „rutschigen“ Sequenz, bei der die DNA-Polymerase, die eine Kopie des Genoms repliziert, dazu führen kann, dass der Matrizenstrang relativ zu dem zu synthetisierenden Strang verrutscht, was zu einer INSERTION/DELETION führt.

 

Es besteht eine hohe Wahrscheinlichkeit, dass derselbe Effekt durch denselben Mechanismus auftritt, wenn eine PCR-Polymerase die Sequenz während der Libraryvorbereitungs-PCR kopiert. Daher ist es besonders wahrscheinlich, dass dieser Locus aufgrund des PCR-Zyklus während der normalen Libraryvorbereitung spontan die Variantensequenz bildet.

 

Wenn das Allel überhaupt nicht vorhanden ist, weist jede menschliche Genomprobe (einschließlich des Pan-Cancer Reference Standard) aufgrund eines PCR-Fehlers einen erhöhten VAF für diese Mutation auf. (Bei Pan-Cancer 0 % VAF zeigt es sich bei einem höheren VAF als 99,8 % der anderen Variantenstellen im Standard.) Daher ist das Hintergrundrauschen aufgrund des genomischen Kontexts höher, was bedeutet, dass die Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) dieser Variante aufgrund des Sequenzwettbewerbs wahrscheinlich höher ist als bei anderen Loci.

 

Wenn das Allel vorhanden ist, wird die wahre Allelfrequenz „zusätzlich“ zum Rauschpegel des Locus hinzugefügt, was bedeutet, dass diese Variante wahrscheinlich eine höhere Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) aufweist als andere Variantenstellen.

 

Die Verwendung von UMI-Adaptern (wie den Twist UMI-Adaptern) und die Ausführung von Konsenskollaps und/oder Duplexkollaps können dazu beitragen, das Rauschen an diesem Locus aufgrund von PCR-Fehlern bei der Libraryvorbereitung zu verringern.