配列設計

注文プラットフォームでは、アミノ酸配列を受け付けると合成用の DNA 配列に変換します。配列のアップロードページで、「Amino Acid Sequence」をご選択ください。

アミノ酸を１文字表記でご入力ください。注文プラットフォームでは、標準的な１文字コード 20 文字のみお使いいただけます。

アミノ酸配列の最後に「*」を付けると、それは終止コドンを意味します（終止コドンは自動的には追加されません）。

選択された Codon Usage Table に基づいて、最も頻繁に使用されるコドンが選択されます。

ご希望の生物種が見当たらない場合は、[email protected] までお問い合わせください。

Clonal Genes に関する注意点：すべての Twist 発現ベクターが、挿入点の上流に標準的な発現機構を備えているわけではありません。ご希望のベクターをご選択後、「Download Sequences」をクリックして、最終的なプラスミド構築物の配列を再確認することをお勧めします。

遺伝子配列を当社ウェブサイト上で送信されますと、アセンブリが実行可能かを自動で判定します。

Standard： エラーは見つかりませんでした。遺伝子配列は全体的に「標準的」な複雑性（長さ、GC 含量、相同性など）を持ちます。

Complex : エラーは見つかりませんでした。いくつかの複雑な配列（長さ、GC 含量、相同性など）が存在しますが、遺伝子合成に問題はないと考えられます。まれに、配列の納期が延びたり、合成失敗となるリスクがあります。

Error : 遺伝子配列にエラーが含まれています。解決方法の詳細については、その配列をクリックしてください。

Not Accepted（受け入れ不可）： その配列には、当社には合成不可能な要素が含まれています。エラーメッセージの詳細をご覧になるか、「Design Guidelines（設計ガイドライン）」をご参照ください。

スコアリングシステムについて

当社のスコアリングシステムで採用している機械学習モデルでは、複数の配列パラメータ（全体の GC 含量、最大ホモポリマー長、最大リピート長、配列長、リピート密度など）を解析し組み合わせます。このモデルは、当社の過去の製造データを用いてトレーニングしたもので、遺伝子や抗体製品の合成成功率をより正確に推定することが可能です。

ISSUE メッセージについて

Warnings:これは、機械学習モデルによって予測された失敗のリスクに関連します。警告の数が多いほど、「受け入れ不可」と判定される確率が高くなります。

Errors： これは、遺伝子の複雑さとは無関係であり、遺伝子の設計を修正することで解決できます。

Oligo Pools、Gene Fragments（二本鎖 DNA 断片）、Clonal Genes（プラスミド DNA）からご希望に応じてご注文可能です。

オリゴプールに含まれるオリゴヌクレオチド（直鎖状の一本鎖 DNA）の鎖長は、20 ～ 300 bp です。

Gene Fragments は、鎖長 300 ～ 5,000 bp の直鎖状の二本鎖 DNA です。

Clonal Genes は、Twist のベクターまたはお客様から提供されたカスタムベクターにクローニングした二本鎖 DNA です。Clonal Genes で合成可能なインサート鎖長は 300 ～ 5,000 bp です。

はい。主に反復配列、極端な GC 含量、ホモポリマーによって合成に問題が生じる場合があります。当社では、機械学習法を用いて成功の可能性を判断しています。そのため、ほとんどの場合、配列が拒否される理由は 1 つではありません。むしろ、複雑さや受け入れ拒否の要因は、配列がある特定の複雑性のカテゴリーに分類されるような、複数の要因が組み合わさって生じます。唯一の厳格なルールは次のとおりです。

• 14 bp 以上のホモポリマーを避ける。

• CcdB（II 型毒素－抗毒素系）を含めない。

問題が発生した場合、反復、極端な GC 含量の領域、ホモポリマーを除去するか、最小限に抑えることが推奨されます。配列が複雑で構築できない場合や当社の内部プロセスと競合する配列が含まれている場合、当社で問題の領域を強調表示します。

注文プラットフォームでは、アミノ酸配列を受け付けると合成用の DNA 配列に変換します。配列のアップロードページで、「Amino Acid Sequence」をご選択ください。

アミノ酸を１文字表記でご入力ください。注文プラットフォームでは、標準的な１文字コード 20 文字のみお使いいただけます。

アミノ酸配列の最後に「*」を付けると、それは終止コドンを意味します（終止コドンは自動的には追加されません）。

選択された Codon Usage Table に基づいて、最も頻繁に使用されるコドンが選択されます。

ご希望の生物種が見当たらない場合は、[email protected] までお問い合わせください。

Clonal Genes に関する注意点：すべての Twist 発現ベクターが、挿入点の上流に標準的な発現機構を備えているわけではありません。ご希望のベクターをご選択後、「Download Sequences」をクリックして、最終的なプラスミド構築物の配列を再確認することをお勧めします。

遺伝子配列を当社ウェブサイト上で送信されますと、アセンブリが実行可能かを自動で判定します。

Standard： エラーは見つかりませんでした。遺伝子配列は全体的に「標準的」な複雑性（長さ、GC 含量、相同性など）を持ちます。

Complex : エラーは見つかりませんでした。いくつかの複雑な配列（長さ、GC 含量、相同性など）が存在しますが、遺伝子合成に問題はないと考えられます。まれに、配列の納期が延びたり、合成失敗となるリスクがあります。

Error : 遺伝子配列にエラーが含まれています。解決方法の詳細については、その配列をクリックしてください。

Not Accepted（受け入れ不可）： その配列には、当社には合成不可能な要素が含まれています。エラーメッセージの詳細をご覧になるか、「Design Guidelines（設計ガイドライン）」をご参照ください。

スコアリングシステムについて

当社のスコアリングシステムで採用している機械学習モデルでは、複数の配列パラメータ（全体の GC 含量、最大ホモポリマー長、最大リピート長、配列長、リピート密度など）を解析し組み合わせます。このモデルは、当社の過去の製造データを用いてトレーニングしたもので、遺伝子や抗体製品の合成成功率をより正確に推定することが可能です。

ISSUE メッセージについて

Warnings:これは、機械学習モデルによって予測された失敗のリスクに関連します。警告の数が多いほど、「受け入れ不可」と判定される確率が高くなります。

Errors： これは、遺伝子の複雑さとは無関係であり、遺伝子の設計を修正することで解決できます。

Oligo Pools、Gene Fragments（二本鎖 DNA 断片）、Clonal Genes（プラスミド DNA）からご希望に応じてご注文可能です。

オリゴプールに含まれるオリゴヌクレオチド（直鎖状の一本鎖 DNA）の鎖長は、20 ～ 300 bp です。

Gene Fragments は、鎖長 300 ～ 5,000 bp の直鎖状の二本鎖 DNA です。

Clonal Genes は、Twist のベクターまたはお客様から提供されたカスタムベクターにクローニングした二本鎖 DNA です。Clonal Genes で合成可能なインサート鎖長は 300 ～ 5,000 bp です。

はい。主に反復配列、極端な GC 含量、ホモポリマーによって合成に問題が生じる場合があります。当社では、機械学習法を用いて成功の可能性を判断しています。そのため、ほとんどの場合、配列が拒否される理由は 1 つではありません。むしろ、複雑さや受け入れ拒否の要因は、配列がある特定の複雑性のカテゴリーに分類されるような、複数の要因が組み合わさって生じます。唯一の厳格なルールは次のとおりです。

• 14 bp 以上のホモポリマーを避ける。

• CcdB（II 型毒素－抗毒素系）を含めない。

問題が発生した場合、反復、極端な GC 含量の領域、ホモポリマーを除去するか、最小限に抑えることが推奨されます。配列が複雑で構築できない場合や当社の内部プロセスと競合する配列が含まれている場合、当社で問題の領域を強調表示します。