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概要
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概要 

Twist Alliance Panels は、主要な科学研究機関とのパートナーシップにより設計された、高品質のターゲットエンリッチメントパネルの精選コレクションです。

Twist の世界トップクラスのオリゴヌクレオチド合成プラットフォームと、提携研究機関の持つ専門知識の深さを組み合わせることで、 Twist Alliance Panels はお客様の研究を加速させるのに役立つカタログパネルをご提供します。専門家によってお客様のために設計済みのパネルを使えば、パネル設計に時間を費やす必要はありません。

提携機関募集

Twist Alliance Panel のポートフォリオにまだ含まれていないパネルを構築するにすることにご興味はありませんか?

製品化について、ぜひ当社との提携をご検討ください。

 

概要 

Twist Alliance Panels は、主要な科学研究機関とのパートナーシップにより設計された、高品質のターゲットエンリッチメントパネルの精選コレクションです。

Twist の世界トップクラスのオリゴヌクレオチド合成プラットフォームと、提携研究機関の持つ専門知識の深さを組み合わせることで、 Twist Alliance Panels はお客様の研究を加速させるのに役立つカタログパネルをご提供します。専門家によってお客様のために設計済みのパネルを使えば、パネル設計に時間を費やす必要はありません。

提携機関募集

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本パネルについて

Twist Alliance Panels は、がん診断からキャリアスクリーニングまで幅広い用途に対応するため、さまざまな分野の専門知識を結集して優れたターゲットエンリッチメントを実現し、お客様にすぐお使いいただけるよう設計されています。どのパネルもお客様のニーズに十分でない場合は、必要なところでスパイクインを用いてパネルのカスタマイズが可能です。当社との提携によって新しいパネルを製品化することにご興味がございましたら、こちらからお問い合わせください。設計、構築、評価、学習のサイクルを省略することができます。

Twist Alliance Diversity SNP Panel

従来のジェノタイピングツールでは、少数の民族に偏っていたため、Genotyping-by-Sequencing (GBS) ワークフローでは、人類の大部分が対象外となっていたという問題がありました。例えば、マイクロアレイのプラットフォームでは、固定されたコンテンツしか提供されず、時々更新されるだけなので、この問題は深刻です。

研究者は、多様性と柔軟性のために設計されたプローブパネルを備えたターゲットキャプチャベースのNGSワークフローを利用することで、これらの非効率性や不公平感を解消することができます。

このTwist Diversity SNP Panelは、Twistが提供するGBSポートフォリオの一部であり、GBSにおいて民族的に中立なゴールドスタンダードを提供しています。

このパネルは、独立したジェノタイピングパネルとして、またはTwist Human Comprehensive Exomeパネルへのスパイクインとして、自由に使用することができます。また、そのデザインはカスタマイズ可能で、興味のある領域をカバーする追加のプローブをTwist社のDNA合成プラットフォームで合成することができます。

Twist Diversity SNP Panelのコンテンツは、Regeneron Genetics Centerとの共同研究により作成されました。このパネルは、既存の全自動エクソーム処理ワークフローに統合できるように設計されており、ベースコールと検出したバリアントの情報を取得できます。

遺伝子型インピュテーションは、オープンソースのツールを使って算出することができます。インピュテーション解析ツールの利用をご希望の場合は、カスタマーサポートにお問い合わせください。インピュテーションガイドをお送りしています。
 

注:Diversity SNPパネルの コンテンツは、Twistのワークフロー全体が完全に検証されたものではありません。アッセイのセットアップに関する推奨事項については、Twistカスタマーサポートにお問い合わせください。

プローブ

640k

対象SNP

1.4M

感度

ほとんどの変異体のインピュテーションを、MAFが0.1%以下になるまで行います

注文情報

104374

Twist Diversity SNP Panel, 2 Reactions

104375

Twist Diversity SNP Panel, 12 Reactions

104376

Twist Diversity SNP Panel, 96 Reactions

104393

Twist Diversity SNP Panel, 16 samples complete kit with Standard Hyb

104394

Twist Diversity SNP Panel, 96 samples complete kit with Standard Hy

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB

メチル化シーケンスは、がん細胞の起源を検出して追跡するための高感度なツールです。しかし、他のシーケンスプロジェクトと同様に、カバーする範囲の広さと深さはトレードオフの関係にあります。がんごとのメチル化パターンに注目したい方には、このパネルがお勧めです。AnchorDxの専門家はTwistと提携し、31の異なるがんに関連するターゲットに特化したカスタムターゲットエンリッチメントパネルを作成しました。

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MBは、臨床的に注目されているターゲットを深く掘り下げており、腫瘍やリキッドバイオプシーのサンプルから、早期がんの発見・診断に関連する可能性のあるメチル化パターンを調べることができます。本パネルは、AnchorDxの専門家の協力を得て設計され、Twistの世界的なオリゴヌクレオチド合成プラットフォームを用いて構築されており、高いオンターゲット率と高い均一性を実現しています。そして、乳がん、大腸がん、非小細胞肺がんのリキッドバイオプシーサンプルを用いたTwistメチル化ワークフローで検証されています。

 

パネルの設計

  • CGAデータベースに基づき、31種類のがん、47種類の疾患
  • 13,090プローブ 
  • 126kのCpG部位が関与
  • ~12k個のメチル化度の異なる領域(DMR)
  • 12kのうち9k個(74%)がCpGアイランドと重複

注:Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MBはISO-13485認証を受けていません

注文情報

104694

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel -1.5 MB、2反応

104695

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel -1.5 MB、12反応

104696

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel -1.5 MB、96反応
Twist メチル化ワークフロー

101976

NEBNext® EM-seq™ Kit for Twist Targeted Methylation Sequencing, 96 サンプル*

103557

Twist Methylation Enhancer, 12 Reactions

100578

Twist Universal Blocker, 12 Reactions

100983

Twist Binding and Purification Beads Kit, 12 Reactions

101174

Twist Fast Hybridization and Wash Kit, 12 Reactions

103496

Twist標的メチル化シーケンシングのワークフロー、96x12反応

*2反応および12反応のサイズも、エンリッチメント用に提供されています。

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB

Twist Alliance Clinical Research Exomeは、ブロード研究所のゲノミクスプラットフォームをサポートしており、臨床患者のサンプルから検証されたデータを用いて設計されています。このパネルは、Twistの柔軟なNGSプラットフォームを活用し、コンテンツを簡単かつ迅速にカスタマイズすることができます。その結果、エクソームの包括的な調査に加えて、がんや希少疾患、遺伝性疾患に関連する臨床的に重要なゲノム領域を補足的に強化することができます。業界最高の均一性を誇るTwist NGSプローブを活用することで、サンプルあたりのコストとスループットの効率化を可能するアッセイ。Broadはこれまでに250,000以上のサンプルを処理し、エクソームシーケンスの最先端を走り続けています。

このパネルには、Twist Coreエクソーム、ミトコンドリアゲノム、ACMG73遺伝子などの有効なコード領域および非エクソン領域、OMIMやCOSMICからの領域の補足的カバレッジ、および特定のBroadが定義したターゲットが含まれています。

注:Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MBのコンテンツは、Twistのすべてのワークフローによって完全に検証されたものではありません。アッセイのセットアップに関する推奨事項については、Twistカスタマーサポートにお問い合わせください。

注:Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MBは、ISO-13485の認証を受けていません。

 

注文情報

104032

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9MB、2Reactions Kit

104033

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9MB、12Reactions Kit

104034

Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9MB、96Reactions Kit

Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB

通常の検査で診断がつかない場合、特に遺伝性疾患が疑われる場合には、医師はDNAシーケンスパネルに答えを求めることが多くあります。しかし、専門家の指導がなければ、どのパネルが適切なパネルなのかを知ることは難しいでしょう。
ビクトリア州臨床遺伝学サービス(VCGS)は、数十年にわたる臨床ゲノミクスの経験を生かし、Twist 社と提携し、エクソーム全体をカバーする(臨床的に関連する遺伝子(Mendeliome)を特にカバー)診断パネル「Twist Alliance VCGS Exome」(40.1 MB)を開発しました。本パネルの設計にあたっては、従来エクソームが対象としてきた遺伝子コード領域以外の臨床的に重要な遺伝子座(非コード領域に存在する既知の病原性遺伝子座)を確実にカバーすることに特に注意を払いました。
Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MBパネルは、業界最高の均一性の高いパネルであり、キャリアスクリーニングや出生前・出生後の検査など、遺伝性疾患に関連する対立遺伝子の同定を効率的に行うことができます。

注:Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MBのコンテンツは、Twistのすべてのワークフローによって完全に検証されたものではありません。アッセイのセットアップに関する推奨事項については、Twistカスタマーサポートにお問い合わせください。

注:Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MBは、ISO-13485の認証を受けていません。

総プローブには

425.4K

Twist Comprehensive Exome

394.1Kプローブと

VCGSによりキュレートしたコンテンツ

31.3Kプローブが含まれます

注文情報

104282

Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB、2 反応キット

104283

Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB、12 反応キット

104284

Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB、96 反応キット

Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb

研究専用です。診断用には使用できません。

イヌの種間の遺伝的変異を理解することは、イヌの形質の遺伝的調節や、病気の基礎・進行を理解する上で不可欠です。そのため、エクソームのような包括的な遺伝子パネルは、獣医学的診断とそれに関連する臨床医学を向上させる上で極めて重要な役割を果たします。このような NGS パネルは、イヌのがんをより深く理解し、治療法を開発するための研究を促進します。

Twist Alliance Canine Exome は、イヌのゲノム研究に最適なツールであり、ブロード研究所の Karlsson 研究室と共同で開発しました。また、イヌのゲノム研究は、CNV、遺伝子発現の違い、染色体構造異常など、ヒトとイヌの腫瘍に見られる遺伝子の類似性から、ヒトの医学研究にも有益であることが分かっています1。

Twist Alliance イヌエクソームパネルは、以下の目的を念頭に置いて設計されました。

  1. イヌ遺伝子のコーディング領域を含むエクソンをカバーする
  2. イヌとヒトのゲノムの比較研究を可能にする
  3. ヒトのがんにおいて重要であると知られている領域を含む
  4. 費用対効果に優れたディープシーケンシングを可能にする

パネルには CanFam3.1 に基づく 17k 以上の遺伝子/ターゲットが含まれており、さらにイヌのがんに関与する遺伝子/ターゲットも含まれています。

人工遺伝子

関連する
COSMIC
に収録の変異

人工遺伝子 関連する
COSMIC
に収録の変異
人工遺伝子 関連する
COSMIC
に収録の変異
ABL1 19 HRAS 26 TET2 16
AKT1 6 MPL 0 FAS 3
ERBB2 19 SMAD4 31 STAT5B 4
GNAS 12 ATM 24 DNMT3A 6
MET 18 FBXW7 25 STAT3 6
RB1 18 IDH1 15 CREBBP 9
CCR4 3 NOTCH1 20 RHOA 1
MYC 5 SMARCB1 11 CHEK2 5
EGFR 123 BRAF 77 PRDM1 6
GNAQ 6 FGFR1 2 CDKN2A 108
KRAS 63 IDH2 12 FGFR3 17
PTPN11 28 NPM1 28 JAK3 6
CD28 3 SMO 5 PDGFRA 26
PLCG1 3 CDH1 7 STK11 22
ALK 8 FGFR2 8 CTNNB1 73
ERBB4 13 JAK2 5 GNA11 5
HNF1A 10 NRAS 35 KIT 139
MLH1 1 SRC 1 PTEN 146
RET 17 JAK1 12 VHL 124
APC 164 IL7R 4 CSF1R 8
EZH2 11 IL2RG 3 FLT3 30
TP53 1087 TNFAIP3 9 KDR 11
FYN 3 PIK3CA 97    


上の表は、そのような 50 種類のターゲットと、これらの遺伝子のそれぞれに関連する COSMIC に収録されている変異を示しています(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5978258/)。これらの遺伝子は、より高いカバレッジのために 2X でタイル状に並べられました。FOXA1・TERT プロモーターを4Xでタイル状に並べました。それ以外の領域は、当社の標準的なやり方で、1X で並べました。

Twist の堅牢なパネル性能に加えて、世界有数のイヌのがん研究者による厳選コンテンツが含まれる Twist Alliance Canine Exome は、イヌの病気やヒトの希少な病気を研究する研究者にとって、最適なツールとなります。

1 Overgaard, N.H., Fan,T.M., Schachtschneider, K.M., Principe, D.R., Schook, L.B., & Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

注:Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB は、ISO-13485 の認証を受けていません。

注文情報

105305

Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB、2 反応キット

105306

Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB、12 反応キット

105307

Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB、96 反応キット