リキッドバイオプシーアッセイ開発用およびプロセスコントロール用の高感度合成スタンダード

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、臨床的に重要なバリアントの開発と品質モニタリングの両方で、研究者が NGS を用いたアッセイを開発するのに役立つよう生み出された包括的ツールです。さらに、研究者はこれらのリファレンススタンダードを 2 種類の不可欠な分析パラメータ、すなわち、アッセイにおける検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)を明らかにするために用いることができます。細胞株由来の野生型(WT)バックグラウンド無細胞 DNA(cfDNA)と、変異アレルを持つ合成オリゴヌクレオチドから構成されるこの標準物質は、リキッドバイオプシーアッセイ開発に必要な精度と感度を提供します。

幅広いバリアントをカバー

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、広範な循環腫瘍 DNA(ctDNA)バリアントを提供します。これらのバリアントは cfDNA 断片のサイズと分布を忠実に反映しており、現実に起こりうるシナリオを正確にシミュレートするために不可欠のツールとなります。一塩基多型(SNV)、挿入・欠失(インデル)、構造多型(SV)を含む、人工的に合成されたバリアントから構成されています。

網羅的なバリアント部位

文献から収集され、臨床的に重要なバリアントを含む、84 遺伝子に渡る 400 を超えるバリアント部位を含むこのリファレンススタンダードは、cfDNA 解析に対する包括的なアプローチを後押しします。これにより研究者は、がんに関連した広範囲に渡る遺伝的変異を検出できるようになります。

LoD と LoB の決定に役立つ

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、アッセイの分析上の検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)の決定に役立つよう慎重に設計されています。この重要な機能により、標的バリアントの最低検出限界を定義し、アッセイ感度のベースラインを確立することができます。

低いバックグラウンドエラー率

比較解析の結果、 Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、前バージョン(v1)および他社製品と比較して、有意に低いエラー率を示すことが分かりました。

適合性と汎用性

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、 Twist のターゲットエンリッチメントシステムやカスタムキャプチャパネルといった一連の製品とシームレスに統合可能です。Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 セットは、計 7 本のチューブで計 7 種類のバリアントアレル頻度(VAF)が利用できる構成となっており、チューブあたり 300 ng が含まれています。セットに含まれる VAF は、0%(WT)、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5% です。Twist は、それぞれの VAF のみで、600 ng 単位(小サイズ)または 3 μg 単位(大サイズ)でも提供しています。


主な利点

がんの原因となる病的バリアントの網羅的検出

  • 456 種類の自然発生がんバリアント
  • 臨床的に重要な 132 種類のバリアント
  • がんに関与する 84 種類の遺伝子をカバー

バックグラウンド DNA に対する並外れた感度

  • 細胞株由来非増幅 DNA から得られたバックグラウンド cfDNA
  • DNA のサイズおよびシーケンシング後のプロファイルは天然型 cfDNA を模倣

精度と柔軟性を追求した設計

    
  • 大小 7 種類のバリアントアレル頻度(VAF)から選択可能
  • VAF(%)の Digital Droplet PCR による検証
  • すべての VAF(%)が含まれる便利なセットも利用可能        

※ 研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。

Twist のリファレンススタンダードと他社製品との断片プロファイルの比較

 

ピークの最大値について、Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard v2、ネイティブ cfDNA、他社リファレンススタンダードの DNA 断片を分析しました。Twist リファレンススタンダードは、顕著なモノヌクレオソームピークとジヌクレオソームピークを含む、ネイティブ cfDNA をよく模倣したサイズ分布を有しています。

合成バリアント DNA 設計の概略図

 

広範なオーバーラップのあるバリアントのゲノム遺伝子座(星印の付いている紫色の点線)全体のバリアント DNA 分子タイルにより、高度なカバレッジ、断片多様性、DNA 分子末端に対する相対的なバリアント部位の多様性が得られます。

 

バックグラウンド変異率の比較

 

バックグラウンドにおける変異率は、ターゲットエンリッチメントを行った WT サンプルから得られる二本鎖コンセンサスリードにおいて検出される非生殖細胞変異の割合として定義されます。 Twist cfDNA v2 リファレンススタンダード、ネイティブ cfDNA、他社 DNA リファレンススタンダード、 Twist cfDNA v1 リファレンススタンダードについて、バックグラウンドの変異率を解析しました。Twist Pan-Cancer v2 のバックグラウンドエラー率は、高忠実度の製造プロセスにより、ネイティブ cfDNA と同程度であり、前バージョン v1 や他社製品よりも低くなっています。

 

インデルのサイズ分布

 

本リファレンススタンダードに含まれているインデルの挿入サイズまたは欠失サイズを、ビン幅 1 のヒストグラムで可視化しました(負は欠失、正は挿入を表しています)。一塩基多型(SNV)については示していません。幅広いサイズのインデルサンプルを含めているため、インデル検出のパフォーマンスの幅広い解析が可能です。インデルは 30 bp の欠失から 15 bp の挿入にまで及んでいます。

ターゲットエンリッチメントワークフローにおけるバリアントコール

 

リファレンススタンダードのそれぞれのバリアントアレル頻度(VAF)で NGS により検出された平均 VAF を示しています(対数スケールで表示)。Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standards は、その中に見出された 215 の一塩基多型(SNV)をターゲットとしたカスタムパネルでキャプチャし、分子バーコード(UMI)による重複除去前にカバレッジ 80,000X までシーケンシングしました。NGS により検出された平均 VAF は、試験を行った全レベルで、意図した VAF を忠実に反映しています。このことにより、アッセイのベンチマーク評価が容易になります。

 

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard V2

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard V2  バリアントリスト:.VCF 形式および Excel 形式
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FAQ
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