概要 データ 注文情報 資料
概要

リキッドバイオプシーアッセイ開発用の高感度合成リフェレンス物質とプロセスコントロール

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、臨床的に関連のあるバリアントの開発と品質モニタリングの両方において、研究者が NGS-ベースのアッセイを開発することを援助するために作成された、包括的なツールです。加えて、研究者はこれらのリファレンススタンダードを 2 つの必須な分析パラメータを規定することに活用できます:アッセイの検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)です。変異アレルを有する細胞株と合成オリゴヌクレオチド由来の野生型(WT)とバックグラウンド無細胞 DNA(cfDNA)から構成されたこのリフェレンス物質は、リキッドバイオプシーアッセイ開発に必要な精度と感度を提供します。

幅広いバリアントのカバレッジ

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、循環腫瘍 DNA(ctDNA)バリアントの広範なアレイを提供します。これらのバリアントは cfDNA 断片のサイズと分布を厳密に反映しており、実世界のシナリオを正確にシミュレートするために必須のツールとなります。それは合成印刷されたバリアントから構成され、一塩基変異(SNV)、挿入-欠失(INDEL)、構造バリアント(SV)を含みます。

包括的なバリアント部位

文献に掲載され、臨床的に関連のあるバリアントを含む、 84 遺伝子に及ぶ 400 を超えるバリアント部位を持つこのリファレンススタンダードは、cfDNA 分析に対する包括的なアプローチを推進します。研究者が、がんに関連した広範囲な遺伝的変異を検出する能力を強化します。

LoD と LoB 設定の強化

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 はアッセイの分析検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)の決定を援助するために慎重に設計されています。この重要な能力により、ターゲットバリアントの検出限界を最も低く設定し、アッセイ感度のベースラインを確立することができます。

低いバックグラウンドエラー率

比較解析の結果、Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は前のバージョン(v1)および競合他社の製品との比較検証において、有意に低いエラー率を示しています。

適合性と多様性

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、Twist の一連のターゲットエンリッチメントシステムとカスタムキャプチャパネルとシームレスに統合します。Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 セットは 7 の個別チューブから構成され、7 の異なる VAF がそれぞれチューブ当たり 300 ng 含まれています:0%(WT)、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5%。Twist はまた個別 VAF を、小サイズは 600ng、大サイズは 3ug 単位で提供します。

がんの原因となる病的バリアントの包括的検出
がんの原因となる病的バリアントの包括的検出
456 種類の自然発生がんバリアント
臨床的に関連のある 132 種類のバリアント
がんに関与する 84 種類の遺伝子をカバー
並外れたバックグラウンド DNA の感度
並外れたバックグラウンド DNA の感度
非増幅細胞株 DNA 由来のバックグラウンド cfDNA
DNA サイズおよびシーケンシング後のプロファイルは天然型 cfDNA を模倣
精度と柔軟性を追求した設計
精度と柔軟性を追求した設計
大サイズと小サイズが選択できる 7 種類の個別バリアントアレルのパーセント
VAF パーセンテージの Digital Droplet PCR による検証
すべての VAF パーセンテージを含む便利なセットも利用可能

※ 研究専用です。診断や臨床に使用することはできません。

リキッドバイオプシーアッセイ開発用の高感度合成リフェレンス物質とプロセスコントロール

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、臨床的に関連のあるバリアントの開発と品質モニタリングの両方において、研究者が NGS-ベースのアッセイを開発することを援助するために作成された、包括的なツールです。加えて、研究者はこれらのリファレンススタンダードを 2 つの必須な分析パラメータを規定することに活用できます:アッセイの検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)です。変異アレルを有する細胞株と合成オリゴヌクレオチド由来の野生型(WT)とバックグラウンド無細胞 DNA(cfDNA)から構成されたこのリフェレンス物質は、リキッドバイオプシーアッセイ開発に必要な精度と感度を提供します。

幅広いバリアントのカバレッジ

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、循環腫瘍 DNA(ctDNA)バリアントの広範なアレイを提供します。これらのバリアントは cfDNA 断片のサイズと分布を厳密に反映しており、実世界のシナリオを正確にシミュレートするために必須のツールとなります。それは合成印刷されたバリアントから構成され、一塩基変異(SNV)、挿入-欠失(INDEL)、構造バリアント(SV)を含みます。

包括的なバリアント部位

文献に掲載され、臨床的に関連のあるバリアントを含む、 84 遺伝子に及ぶ 400 を超えるバリアント部位を持つこのリファレンススタンダードは、cfDNA 分析に対する包括的なアプローチを推進します。研究者が、がんに関連した広範囲な遺伝的変異を検出する能力を強化します。

LoD と LoB 設定の強化

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 はアッセイの分析検出限界(LoD)とブランク上限(LoB)の決定を援助するために慎重に設計されています。この重要な能力により、ターゲットバリアントの検出限界を最も低く設定し、アッセイ感度のベースラインを確立することができます。

低いバックグラウンドエラー率

比較解析の結果、Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は前のバージョン(v1)および競合他社の製品との比較検証において、有意に低いエラー率を示しています。

適合性と多様性

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 は、Twist の一連のターゲットエンリッチメントシステムとカスタムキャプチャパネルとシームレスに統合します。Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 セットは 7 の個別チューブから構成され、7 の異なる VAF がそれぞれチューブ当たり 300 ng 含まれています:0%(WT)、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5%。Twist はまた個別 VAF を、小サイズは 600ng、大サイズは 3ug 単位で提供します。

がんの原因となる病的バリアントの包括的検出
がんの原因となる病的バリアントの包括的検出
456 種類の自然発生がんバリアント
臨床的に関連のある 132 種類のバリアント
がんに関与する 84 種類の遺伝子をカバー
並外れたバックグラウンド DNA の感度
並外れたバックグラウンド DNA の感度
非増幅細胞株 DNA 由来のバックグラウンド cfDNA
DNA サイズおよびシーケンシング後のプロファイルは天然型 cfDNA を模倣
精度と柔軟性を追求した設計
精度と柔軟性を追求した設計
大サイズと小サイズが選択できる 7 種類の個別バリアントアレルのパーセント
VAF パーセンテージの Digital Droplet PCR による検証
すべての VAF パーセンテージを含む便利なセットも利用可能

※ 研究専用です。診断や臨床に使用することはできません。

データ
Twist のリファレンススタンダードと競合他社製品との断片プロファイルの比較

ピークの最大高さについての Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard v2、ネイティブ cfDNA、競合他社のリファレンススタンダードの DNA 断片分析。Twist 標準は、顕著なモノヌクレオソームピークとジヌクレオソームピークを含む、ネイティブ cfDNA に匹敵するサイズ分布を持っています。

比較
合成バリアント DNA 設計の概略図

広範囲なオーバーラップのあるバリアントのゲノム遺伝子座(星のついた紫色の点線)全体のバリアント DNA 分子タイル配列が、高度のカバレッジ、断片多様性、DNA 分子の末端に相対的な場所の多様性を提供します。

 

概略図
バックグラウンド変異率の比較

バックグラウンド変異率は、ターゲットエンリッチメントを行った WT サンプルからの二本鎖コンセンサスリードの非生殖細胞系バリアンとの比率として定義されます。これは、Twist cfDNA v2 標準、ネイティブ cfDNA、競合他社の DNA 標準、Twist cfDNA v1 標準全体について実施されました。Twist Pan-Cancer v2 バックグラウンドエラー率は、高精度生産プロセスにより、ネイティブ cfDNA と同程度であり、以前の v1 と競合他社の製品よりも低くなっています。

 

バックグラウンド変異率の比較
Indel サイズ分布

リファレンススタンダードに含まれている INDEL の挿入または欠失サイズの、ヒストグラムのビン幅 1 を介した可視化では、負の数は欠失で、正の数は挿入です。SNV は示していません。幅広いサイズの INDEL サンプルを含めているため、INDEL 検出パフォーマンスの幅広い分析が可能です。INDEL は 30 bp の欠失から 15 bp の挿入にまで及びます。

Indel サイズ分布
ターゲットエンリッチメントのワークフローにおけるバリアントコール

異なるリファレンススタンダード バリアントアレル頻度(VAF)における NGS により検出された平均 VAF(対数スケールで表示)。cfDNA Pan-cancer Reference Standards は、標準と UMI 重複前のカバレッジ 80,000X 配列同定に見られたカスタムパネル標的 215 一塩基バリアント(SNV)を使って調べました。検出された NGS からの平均 VAF は、検査した全レベルで、意図した VAF を正確に反映しており、容易なアッセイ評価を推進しました。

 

バリアントコール
Twist のリファレンススタンダードと競合他社製品との断片プロファイルの比較

ピークの最大高さについての Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard v2、ネイティブ cfDNA、競合他社のリファレンススタンダードの DNA 断片分析。Twist 標準は、顕著なモノヌクレオソームピークとジヌクレオソームピークを含む、ネイティブ cfDNA に匹敵するサイズ分布を持っています。

比較
合成バリアント DNA 設計の概略図

広範囲なオーバーラップのあるバリアントのゲノム遺伝子座(星のついた紫色の点線)全体のバリアント DNA 分子タイル配列が、高度のカバレッジ、断片多様性、DNA 分子の末端に相対的な場所の多様性を提供します。

 

概略図
バックグラウンド変異率の比較

バックグラウンド変異率は、ターゲットエンリッチメントを行った WT サンプルからの二本鎖コンセンサスリードの非生殖細胞系バリアンとの比率として定義されます。これは、Twist cfDNA v2 標準、ネイティブ cfDNA、競合他社の DNA 標準、Twist cfDNA v1 標準全体について実施されました。Twist Pan-Cancer v2 バックグラウンドエラー率は、高精度生産プロセスにより、ネイティブ cfDNA と同程度であり、以前の v1 と競合他社の製品よりも低くなっています。

 

バックグラウンド変異率の比較
Indel サイズ分布

リファレンススタンダードに含まれている INDEL の挿入または欠失サイズの、ヒストグラムのビン幅 1 を介した可視化では、負の数は欠失で、正の数は挿入です。SNV は示していません。幅広いサイズの INDEL サンプルを含めているため、INDEL 検出パフォーマンスの幅広い分析が可能です。INDEL は 30 bp の欠失から 15 bp の挿入にまで及びます。

Indel サイズ分布
ターゲットエンリッチメントのワークフローにおけるバリアントコール

異なるリファレンススタンダード バリアントアレル頻度(VAF)における NGS により検出された平均 VAF(対数スケールで表示)。cfDNA Pan-cancer Reference Standards は、標準と UMI 重複前のカバレッジ 80,000X 配列同定に見られたカスタムパネル標的 215 一塩基バリアント(SNV)を使って調べました。検出された NGS からの平均 VAF は、検査した全レベルで、意図した VAF を正確に反映しており、容易なアッセイ評価を推進しました。

 

バリアントコール
注文情報
製品 SKU

107576

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 セット、300ng キット

107577

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0% (WT)、 3 ug

107578

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.1%、3 ug

107579

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.25%、3 ug

107580

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.5%、3 ug

107581

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1%、3 ug

107582

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2%、3 ug

107583

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5%、3 ug

107584

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0%、600ng

107585

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.1%、600ng

107586

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.25%、600ng

107587

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.5%、600ng

107588

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1%、600ng

107589

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2%、600ng

107590

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5%、600ng

*キットには以下の 7 種類の VAF がそれぞれ含まれています。0%(WT)、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5%(各チューブ 300 ng)

※ 研究専用です。診断や臨床に使用することはできません。

製品 SKU

107576

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 セット、300ng キット

107577

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0% (WT)、 3 ug

107578

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.1%、3 ug

107579

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.25%、3 ug

107580

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.5%、3 ug

107581

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1%、3 ug

107582

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2%、3 ug

107583

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5%、3 ug

107584

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0%、600ng

107585

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.1%、600ng

107586

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.25%、600ng

107587

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0.5%、600ng

107588

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1%、600ng

107589

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2%、600ng

107590

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5%、600ng

*キットには以下の 7 種類の VAF がそれぞれ含まれています。0%(WT)、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5%(各チューブ 300 ng)

※ 研究専用です。診断や臨床に使用することはできません。

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