タンパク質の配列空間を探索する
タンパク質の配列空間を探索する
タンパク質の配列空間を探索する
概要 データ ご注文 資料
概要

設計通り(99%)の変異を生成

タンパク質工学のスクリーニングに Single Site Variant Library(単一部位変異ライブラリ)を用いることで、タンパク質の配列空間を探索し、タンパク質の配列と機能や構造との関連性を調べることが可能です。


Twist の Site Saturation Variant Library (SSVL) の構築には、 Twist 独自のシリコンベース DNA合成プラットフォームを用いた大規模なオリゴヌクレオチド並列合成を活用しています。Twist のライブラリは NGS による検証を行うことで、目的の変異がすべて正しい比率で存在していることを確認しています。

正確に作製された変異体ライブラリ
正確に作製された変異体ライブラリ
コドン頻度の完全なコントロール(全 64 コドンが利用可能)
各部位における変異導入の高い均一性
不要なコドンや未成熟終止コドンなし
検証済みの品質
検証済みの品質
厳格な品質管理
NGS により変異導入の均一性を検証
質量分析により各変位の存在比を標準化
柔軟性
柔軟性
96 ウェルプレート(1部位/ウェル)または1本のチューブ(全部位)で納品
各部位で 1 ~ 20 種類のアミノ酸をスクリーニング
塩基ごとにライブラリの精度を実感

タンパク質の構造と機能の鍵となる残基を同定するため、 Twist Single Site Variant Libraries (SSVL)を用いて配列空間を調べる方法をご紹介します。

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設計通り(99%)の変異を生成

タンパク質工学のスクリーニングに Single Site Variant Library(単一部位変異ライブラリ)を用いることで、タンパク質の配列空間を探索し、タンパク質の配列と機能や構造との関連性を調べることが可能です。


Twist の Site Saturation Variant Library (SSVL) の構築には、 Twist 独自のシリコンベース DNA合成プラットフォームを用いた大規模なオリゴヌクレオチド並列合成を活用しています。Twist のライブラリは NGS による検証を行うことで、目的の変異がすべて正しい比率で存在していることを確認しています。

正確に作製された変異体ライブラリ
正確に作製された変異体ライブラリ
コドン頻度の完全なコントロール(全 64 コドンが利用可能)
各部位における変異導入の高い均一性
不要なコドンや未成熟終止コドンなし
検証済みの品質
検証済みの品質
厳格な品質管理
NGS により変異導入の均一性を検証
質量分析により各変位の存在比を標準化
柔軟性
柔軟性
96 ウェルプレート(1部位/ウェル)または1本のチューブ(全部位)で納品
各部位で 1 ~ 20 種類のアミノ酸をスクリーニング
塩基ごとにライブラリの精度を実感

タンパク質の構造と機能の鍵となる残基を同定するため、 Twist Single Site Variant Libraries (SSVL)を用いて配列空間を調べる方法をご紹介します。

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データ
配列空間の探索

Site Saturation Libraries は、縮重や NNK 法などのような従来のライブラリ作製法とは異なり、コドンバイアスや不要な置換を避けることができます。

TRIM は反復収量が少なく、典型的なライブラリでは完全長の生成物は 50% 未満しか得られませんが、 Twist ライブラリではより多くの使用可能な変異体が得られ、有効なライブラリサイズが大きくなります。

  エラープローンPCR 縮重 

(NNK/NNS)

Twist Site Saturation
Variantライブラリ
配列バイアスの排除 いいえ いいえ はい
利用可能なコドン数 不明 32 すべて 64
望ましくないモチーフの回避 いいえ いいえ はい
コドン最適化 いいえ いいえ はい
終止コドンの回避 いいえ はい はい

 

均一性の高い変異体ライブラリ

Site Saturation Variant Libraries により、スクリーニングアッセイにおいてタンパク質の配列空間を効率的にサンプリングすることができます。

この図は、 Twist SSVL を用いて構築した場合と、エラーを起こしやすい PCR を用いて構築した場合に、タンパク質の 65 個の部位(1つの部位につき 19 種類の意図した変異)で観察されたアミノ酸分布を示しています。バーは、異なるアミノ酸の位置を表しており、各色は観測された変異の発現頻度を示しています。Twist のライブラリでは、すべての変異は予想通りの比率で存在しています。

SSVL分布

 

配列空間の探索

Site Saturation Libraries は、縮重や NNK 法などのような従来のライブラリ作製法とは異なり、コドンバイアスや不要な置換を避けることができます。

TRIM は反復収量が少なく、典型的なライブラリでは完全長の生成物は 50% 未満しか得られませんが、 Twist ライブラリではより多くの使用可能な変異体が得られ、有効なライブラリサイズが大きくなります。

  エラープローンPCR 縮重 

(NNK/NNS)

Twist Site Saturation
Variantライブラリ
配列バイアスの排除 いいえ いいえ はい
利用可能なコドン数 不明 32 すべて 64
望ましくないモチーフの回避 いいえ いいえ はい
コドン最適化 いいえ いいえ はい
終止コドンの回避 いいえ はい はい

 

均一性の高い変異体ライブラリ

Site Saturation Variant Libraries により、スクリーニングアッセイにおいてタンパク質の配列空間を効率的にサンプリングすることができます。

この図は、 Twist SSVL を用いて構築した場合と、エラーを起こしやすい PCR を用いて構築した場合に、タンパク質の 65 個の部位(1つの部位につき 19 種類の意図した変異)で観察されたアミノ酸分布を示しています。バーは、異なるアミノ酸の位置を表しており、各色は観測された変異の発現頻度を示しています。Twist のライブラリでは、すべての変異は予想通りの比率で存在しています。

SSVL分布

 

ご注文

Site Saturation Variant Libraries のご注文を心よりお待ちしております。上記の「お見積もりはこちら」ボタンをクリックすると、簡単なフォームが表示されますので、ご記入ください。すぐに担当者からご連絡させていただき、ご注文の詳細をお伺いいたします。

すでに Twist のアカウントをお持ちの方は、ログインして、オンラインでご注文内容をご入力いただけます。
 

Site Saturation Variant Libraries のご注文を心よりお待ちしております。上記の「お見積もりはこちら」ボタンをクリックすると、簡単なフォームが表示されますので、ご記入ください。すぐに担当者からご連絡させていただき、ご注文の詳細をお伺いいたします。

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資料